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October 7, 2023 06:58
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Error message from `taxpasta merge`
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
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| ╭───────────────────── Traceback (most recent call last) ──────────────────────╮ | |
| │ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/taxpasta/infrastructure/cli/merge.py │ | |
| │ :448 in merge │ | |
| │ │ | |
| │ 445 │ │ logger.critical("Less than two profiles are without errors. No │ | |
| │ 446 │ │ raise typer.Exit(code=1) │ | |
| │ 447 │ │ | |
| │ ❱ 448 │ result = handling_app.merge_samples(samples, wide_format) │ | |
| │ 449 │ │ | |
| │ 450 │ if valid_output_format is not WideObservationTableFileFormat.BIOM: │ | |
| │ 451 │ │ result = command.execute(result) │ | |
| │ │ | |
| │ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │ | |
| │ │ add_id_lineage = False │ │ | |
| │ │ add_lineage = False │ │ | |
| │ │ add_name = False │ │ | |
| │ │ add_rank = False │ │ | |
| │ │ add_rank_lineage = False │ │ | |
| │ │ command = AddTaxInfoCommand( │ │ | |
| │ │ │ taxonomy_service=None, │ │ | |
| │ │ │ summarise_at=None, │ │ | |
| │ │ │ add_name=False, │ │ | |
| │ │ │ add_rank=False, │ │ | |
| │ │ │ add_lineage=False, │ │ | |
| │ │ │ add_id_lineage=False, │ │ | |
| │ │ │ add_rank_lineage=False │ │ | |
| │ │ ) │ │ | |
| │ │ data = [ │ │ | |
| │ │ │ ( │ │ | |
| │ │ │ │ '2613_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ PosixPath('2613_se_metaphlan4-db.metaphlan_profil… │ │ | |
| │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ ( │ │ | |
| │ │ │ │ '2612_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ PosixPath('2612_se_metaphlan4-db.metaphlan_profil… │ │ | |
| │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ ( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ 'ERR3201952_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ PosixPath('ERR3201952_se_metaphlan4-db.metaphlan_… │ │ | |
| │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ ( │ │ | |
| │ │ │ │ '2611_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ PosixPath('2611_se_metaphlan4-db.metaphlan_profil… │ │ | |
| │ │ │ ) │ │ | |
| │ │ ] │ │ | |
| │ │ handling_app = <taxpasta.application.sample_handling_application… │ │ | |
| │ │ object at 0x7f80bba3b5d0> │ │ | |
| │ │ ignore_errors = False │ │ | |
| │ │ name = '2611_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile' │ │ | |
| │ │ output = PosixPath('metaphlan_metaphlan4-db.tsv') │ │ | |
| │ │ output_format = None │ │ | |
| │ │ profile = PosixPath('2611_se_metaphlan4-db.metaphlan_profil… │ │ | |
| │ │ profiler = <SupportedProfiler.metaphlan: 'metaphlan'> │ │ | |
| │ │ profiles = [ │ │ | |
| │ │ │ │ │ | |
| │ │ PosixPath('2613_se_metaphlan4-db.metaphlan_profil… │ │ | |
| │ │ │ │ │ | |
| │ │ PosixPath('2612_se_metaphlan4-db.metaphlan_profil… │ │ | |
| │ │ │ │ │ | |
| │ │ PosixPath('ERR3201952_se_metaphlan4-db.metaphlan_… │ │ | |
| │ │ │ │ │ | |
| │ │ PosixPath('2611_se_metaphlan4-db.metaphlan_profil… │ │ | |
| │ │ ] │ │ | |
| │ │ sample_sheet = None │ │ | |
| │ │ samples = [ │ │ | |
| │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='2613_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 69129670 │ │ | |
| │ │ 1 2157 30870330 │ │ | |
| │ │ 2 28890 30870330 │ │ | |
| │ │ 3 201174 26692960 │ │ | |
| │ │ 4 1239 21846160 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 59 1852370 847240 │ │ | |
| │ │ 60 335952 707120 │ │ | |
| │ │ 61 88431 227620 │ │ | |
| │ │ 62 1776391 191180 │ │ | |
| │ │ 63 0 181382907 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [64 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='2612_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 91006100 │ │ | |
| │ │ 1 2157 8993900 │ │ | |
| │ │ 2 976 31324920 │ │ | |
| │ │ 3 201174 29874050 │ │ | |
| │ │ 4 1239 28333370 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 76 1907654 79560 │ │ | |
| │ │ 77 1944646 76140 │ │ | |
| │ │ 78 2292441 67710 │ │ | |
| │ │ 79 418240 10060 │ │ | |
| │ │ 80 0 225368470 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [81 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='ERR3201952_se_metaphlan4-db.metaphlan_profi… │ │ | |
| │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 0 100000000 │ │ | |
| │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='2611_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 100000000 │ │ | |
| │ │ 1 1239 100000000 │ │ | |
| │ │ 2 186801 100000000 │ │ | |
| │ │ 3 186802 100000000 │ │ | |
| │ │ 4 31979 100000000 │ │ | |
| │ │ 5 1485 100000000 │ │ | |
| │ │ 6 2763037 100000000 │ │ | |
| │ │ 7 0 100000000 │ │ | |
| │ │ │ ) │ │ | |
| │ │ ] │ │ | |
| │ │ samplesheet_format = None │ │ | |
| │ │ summarise_at = None │ │ | |
| │ │ taxonomy = None │ │ | |
| │ │ taxonomy_service = None │ │ | |
| │ │ valid_output_format = <WideObservationTableFileFormat.TSV: 'TSV'> │ │ | |
| │ │ wide_format = True │ │ | |
| │ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │ | |
| │ │ | |
| │ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/taxpasta/application/sample_handling │ | |
| │ _application.py:133 in merge_samples │ | |
| │ │ | |
| │ 130 │ │ │ | |
| │ 131 │ │ """ │ | |
| │ 132 │ │ if wide_format: │ | |
| │ ❱ 133 │ │ │ wide_table = SampleMergingService.merge_wide(samples) │ | |
| │ 134 │ │ │ # If any profile did not have all the same taxonomy IDs as │ | |
| │ 135 │ │ │ # table, additional zeroes were introduced. │ | |
| │ 136 │ │ │ if any( │ | |
| │ │ | |
| │ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │ | |
| │ │ samples = [ │ │ | |
| │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ name='2613_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 69129670 │ │ | |
| │ │ 1 2157 30870330 │ │ | |
| │ │ 2 28890 30870330 │ │ | |
| │ │ 3 201174 26692960 │ │ | |
| │ │ 4 1239 21846160 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 59 1852370 847240 │ │ | |
| │ │ 60 335952 707120 │ │ | |
| │ │ 61 88431 227620 │ │ | |
| │ │ 62 1776391 191180 │ │ | |
| │ │ 63 0 181382907 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [64 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ name='2612_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 91006100 │ │ | |
| │ │ 1 2157 8993900 │ │ | |
| │ │ 2 976 31324920 │ │ | |
| │ │ 3 201174 29874050 │ │ | |
| │ │ 4 1239 28333370 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 76 1907654 79560 │ │ | |
| │ │ 77 1944646 76140 │ │ | |
| │ │ 78 2292441 67710 │ │ | |
| │ │ 79 418240 10060 │ │ | |
| │ │ 80 0 225368470 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [81 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='ERR3201952_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 0 100000000 │ │ | |
| │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ name='2611_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 100000000 │ │ | |
| │ │ 1 1239 100000000 │ │ | |
| │ │ 2 186801 100000000 │ │ | |
| │ │ 3 186802 100000000 │ │ | |
| │ │ 4 31979 100000000 │ │ | |
| │ │ 5 1485 100000000 │ │ | |
| │ │ 6 2763037 100000000 │ │ | |
| │ │ 7 0 100000000 │ │ | |
| │ │ │ ) │ │ | |
| │ │ ] │ │ | |
| │ │ self = <taxpasta.application.sample_handling_application.SampleH… │ │ | |
| │ │ object at 0x7f80bba3b5d0> │ │ | |
| │ │ wide_format = True │ │ | |
| │ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │ | |
| │ │ | |
| │ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/pandera/decorators.py:754 in │ | |
| │ _wrapper │ | |
| │ │ | |
| │ 751 │ │ │ │ validated_pos, validated_kwd = validate_inputs( │ | |
| │ 752 │ │ │ │ │ instance, args, kwargs │ | |
| │ 753 │ │ │ │ ) │ | |
| │ ❱ 754 │ │ │ │ out = wrapped_(*validated_pos.values(), **validated_kw │ | |
| │ 755 │ │ │ return _check_arg("return", out) │ | |
| │ 756 │ │ | |
| │ 757 │ wrapped_fn = _wrapper(wrapped) # pylint:disable=no-value-for-para │ | |
| │ │ | |
| │ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │ | |
| │ │ _check_arg = <function check_types.<locals>._check_arg at │ │ | |
| │ │ 0x7f80bbbce3e0> │ │ | |
| │ │ args = ( │ │ | |
| │ │ │ [ │ │ | |
| │ │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='2613_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 69129670 │ │ | |
| │ │ 1 2157 30870330 │ │ | |
| │ │ 2 28890 30870330 │ │ | |
| │ │ 3 201174 26692960 │ │ | |
| │ │ 4 1239 21846160 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 59 1852370 847240 │ │ | |
| │ │ 60 335952 707120 │ │ | |
| │ │ 61 88431 227620 │ │ | |
| │ │ 62 1776391 191180 │ │ | |
| │ │ 63 0 181382907 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [64 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='2612_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 91006100 │ │ | |
| │ │ 1 2157 8993900 │ │ | |
| │ │ 2 976 31324920 │ │ | |
| │ │ 3 201174 29874050 │ │ | |
| │ │ 4 1239 28333370 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 76 1907654 79560 │ │ | |
| │ │ 77 1944646 76140 │ │ | |
| │ │ 78 2292441 67710 │ │ | |
| │ │ 79 418240 10060 │ │ | |
| │ │ 80 0 225368470 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [81 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='ERR3201952_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 0 100000000 │ │ | |
| │ │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='2611_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 100000000 │ │ | |
| │ │ 1 1239 100000000 │ │ | |
| │ │ 2 186801 100000000 │ │ | |
| │ │ 3 186802 100000000 │ │ | |
| │ │ 4 31979 100000000 │ │ | |
| │ │ 5 1485 100000000 │ │ | |
| │ │ 6 2763037 100000000 │ │ | |
| │ │ 7 0 100000000 │ │ | |
| │ │ │ │ ) │ │ | |
| │ │ │ ], │ │ | |
| │ │ ) │ │ | |
| │ │ instance = <class │ │ | |
| │ │ 'taxpasta.domain.service.sample_merging_service.Sampl… │ │ | |
| │ │ kwargs = {} │ │ | |
| │ │ validate_inputs = <function check_types.<locals>.validate_inputs at │ │ | |
| │ │ 0x7f80bbbce520> │ │ | |
| │ │ validated_kwd = {} │ │ | |
| │ │ validated_pos = { │ │ | |
| │ │ │ 'samples': [ │ │ | |
| │ │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='2613_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 69129670 │ │ | |
| │ │ 1 2157 30870330 │ │ | |
| │ │ 2 28890 30870330 │ │ | |
| │ │ 3 201174 26692960 │ │ | |
| │ │ 4 1239 21846160 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 59 1852370 847240 │ │ | |
| │ │ 60 335952 707120 │ │ | |
| │ │ 61 88431 227620 │ │ | |
| │ │ 62 1776391 191180 │ │ | |
| │ │ 63 0 181382907 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [64 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='2612_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 91006100 │ │ | |
| │ │ 1 2157 8993900 │ │ | |
| │ │ 2 976 31324920 │ │ | |
| │ │ 3 201174 29874050 │ │ | |
| │ │ 4 1239 28333370 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 76 1907654 79560 │ │ | |
| │ │ 77 1944646 76140 │ │ | |
| │ │ 78 2292441 67710 │ │ | |
| │ │ 79 418240 10060 │ │ | |
| │ │ 80 0 225368470 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [81 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='ERR3201952_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 0 100000000 │ │ | |
| │ │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ │ | |
| │ │ name='2611_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 100000000 │ │ | |
| │ │ 1 1239 100000000 │ │ | |
| │ │ 2 186801 100000000 │ │ | |
| │ │ 3 186802 100000000 │ │ | |
| │ │ 4 31979 100000000 │ │ | |
| │ │ 5 1485 100000000 │ │ | |
| │ │ 6 2763037 100000000 │ │ | |
| │ │ 7 0 100000000 │ │ | |
| │ │ │ │ ) │ │ | |
| │ │ │ ] │ │ | |
| │ │ } │ │ | |
| │ │ with_pydantic = False │ │ | |
| │ │ wrapped_ = <bound method SampleMergingService.merge_wide of │ │ | |
| │ │ <class │ │ | |
| │ │ 'taxpasta.domain.service.sample_merging_service.Sampl… │ │ | |
| │ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │ | |
| │ │ | |
| │ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/taxpasta/domain/service/sample_mergi │ | |
| │ ng_service.py:52 in merge_wide │ | |
| │ │ | |
| │ 49 │ │ """ │ | |
| │ 50 │ │ # `set_index` creates a copy of the original profile which is │ | |
| │ 51 │ │ # we do not modify existing profiles but, of course, doubles t │ | |
| │ ❱ 52 │ │ counts = [ │ | |
| │ 53 │ │ │ sample.profile.set_index( │ | |
| │ 54 │ │ │ │ keys=StandardProfile.taxonomy_id, verify_integrity=Tru │ | |
| │ 55 │ │ │ ).rename(columns={StandardProfile.count: sample.name}) │ | |
| │ │ | |
| │ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │ | |
| │ │ cls = <class │ │ | |
| │ │ 'taxpasta.domain.service.sample_merging_service.SampleMerging… │ │ | |
| │ │ samples = [ │ │ | |
| │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ name='2613_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 69129670 │ │ | |
| │ │ 1 2157 30870330 │ │ | |
| │ │ 2 28890 30870330 │ │ | |
| │ │ 3 201174 26692960 │ │ | |
| │ │ 4 1239 21846160 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 59 1852370 847240 │ │ | |
| │ │ 60 335952 707120 │ │ | |
| │ │ 61 88431 227620 │ │ | |
| │ │ 62 1776391 191180 │ │ | |
| │ │ 63 0 181382907 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [64 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ name='2612_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 91006100 │ │ | |
| │ │ 1 2157 8993900 │ │ | |
| │ │ 2 976 31324920 │ │ | |
| │ │ 3 201174 29874050 │ │ | |
| │ │ 4 1239 28333370 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 76 1907654 79560 │ │ | |
| │ │ 77 1944646 76140 │ │ | |
| │ │ 78 2292441 67710 │ │ | |
| │ │ 79 418240 10060 │ │ | |
| │ │ 80 0 225368470 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [81 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ name='ERR3201952_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 0 100000000 │ │ | |
| │ │ │ ), │ │ | |
| │ │ │ Sample( │ │ | |
| │ │ │ │ name='2611_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 100000000 │ │ | |
| │ │ 1 1239 100000000 │ │ | |
| │ │ 2 186801 100000000 │ │ | |
| │ │ 3 186802 100000000 │ │ | |
| │ │ 4 31979 100000000 │ │ | |
| │ │ 5 1485 100000000 │ │ | |
| │ │ 6 2763037 100000000 │ │ | |
| │ │ 7 0 100000000 │ │ | |
| │ │ │ ) │ │ | |
| │ │ ] │ │ | |
| │ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │ | |
| │ │ | |
| │ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/taxpasta/domain/service/sample_mergi │ | |
| │ ng_service.py:53 in <listcomp> │ | |
| │ │ | |
| │ 50 │ │ # `set_index` creates a copy of the original profile which is │ | |
| │ 51 │ │ # we do not modify existing profiles but, of course, doubles t │ | |
| │ 52 │ │ counts = [ │ | |
| │ ❱ 53 │ │ │ sample.profile.set_index( │ | |
| │ 54 │ │ │ │ keys=StandardProfile.taxonomy_id, verify_integrity=Tru │ | |
| │ 55 │ │ │ ).rename(columns={StandardProfile.count: sample.name}) │ | |
| │ 56 │ │ │ for sample in samples │ | |
| │ │ | |
| │ ╭─────────────────────────── locals ───────────────────────────╮ │ | |
| │ │ .0 = <list_iterator object at 0x7f80bbab2d70> │ │ | |
| │ │ sample = Sample( │ │ | |
| │ │ │ name='2613_se_metaphlan4-db.metaphlan_profile', │ │ | |
| │ │ │ profile= taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 69129670 │ │ | |
| │ │ 1 2157 30870330 │ │ | |
| │ │ 2 28890 30870330 │ │ | |
| │ │ 3 201174 26692960 │ │ | |
| │ │ 4 1239 21846160 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 59 1852370 847240 │ │ | |
| │ │ 60 335952 707120 │ │ | |
| │ │ 61 88431 227620 │ │ | |
| │ │ 62 1776391 191180 │ │ | |
| │ │ 63 0 181382907 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [64 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ ) │ │ | |
| │ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────╯ │ | |
| │ │ | |
| │ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/pandas/core/frame.py:5933 in │ | |
| │ set_index │ | |
| │ │ | |
| │ 5930 │ │ │ | |
| │ 5931 │ │ if verify_integrity and not index.is_unique: │ | |
| │ 5932 │ │ │ duplicates = index[index.duplicated()].unique() │ | |
| │ ❱ 5933 │ │ │ raise ValueError(f"Index has duplicate keys: {duplicates │ | |
| │ 5934 │ │ │ | |
| │ 5935 │ │ # use set to handle duplicate column names gracefully in cas │ | |
| │ 5936 │ │ for c in set(to_remove): │ | |
| │ │ | |
| │ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │ | |
| │ │ append = False │ │ | |
| │ │ arrays = [ │ │ | |
| │ │ │ 0 2 │ │ | |
| │ │ 1 2157 │ │ | |
| │ │ 2 28890 │ │ | |
| │ │ 3 201174 │ │ | |
| │ │ 4 1239 │ │ | |
| │ │ │ ... │ │ | |
| │ │ 59 1852370 │ │ | |
| │ │ 60 335952 │ │ | |
| │ │ 61 88431 │ │ | |
| │ │ 62 1776391 │ │ | |
| │ │ 63 0 │ │ | |
| │ │ Name: taxonomy_id, Length: 64, dtype: category │ │ | |
| │ │ Categories (62, Int64): [0, 2, 468, 469, ..., │ │ | |
| │ │ 2003188, 2082587, 2292893, 2887326] │ │ | |
| │ │ ] │ │ | |
| │ │ col = 'taxonomy_id' │ │ | |
| │ │ drop = True │ │ | |
| │ │ duplicates = CategoricalIndex([165179], categories=[0, 2, 468, │ │ | |
| │ │ 469, ..., 2003188, 2082587, 2292893, 2887326], │ │ | |
| │ │ ordered=False, dtype='category', name='taxonomy_id') │ │ | |
| │ │ err_msg = 'The parameter "keys" may be a column key, │ │ | |
| │ │ one-dimensional array, or a list conta'+56 │ │ | |
| │ │ found = True │ │ | |
| │ │ frame = taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 69129670 │ │ | |
| │ │ 1 2157 30870330 │ │ | |
| │ │ 2 28890 30870330 │ │ | |
| │ │ 3 201174 26692960 │ │ | |
| │ │ 4 1239 21846160 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 59 1852370 847240 │ │ | |
| │ │ 60 335952 707120 │ │ | |
| │ │ 61 88431 227620 │ │ | |
| │ │ 62 1776391 191180 │ │ | |
| │ │ 63 0 181382907 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [64 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ index = CategoricalIndex([ 2, 2157, 28890, 201174, │ │ | |
| │ │ 1239, 976, │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ 544448, 1224, 183963, 84998, │ │ | |
| │ │ 186801, 200643, │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ │ 1760, 183925, 91061, 1236, │ │ | |
| │ │ 2235, 84999, │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ 186802, 171549, 85004, 2158, │ │ | |
| │ │ 1643822, 186826, │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ 2887326, 1963270, 84107, 171552, │ │ | |
| │ │ 216572, 186803, │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ │ 31953, 2159, 1643826, 1643824, │ │ | |
| │ │ 33958, 468, │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ │ 2249, 838, 1263, 102106, │ │ | |
| │ │ 841, 1678, │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ │ 2172, 2082587, 1926672, 189330, │ │ | |
| │ │ 469, 2250, │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ 165179, 40518, 301302, 1680, │ │ | |
| │ │ 2173, 2292893, │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ 2003188, 165179, 165179, 39491, │ │ | |
| │ │ 74426, 1852370, │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ 335952, 88431, 1776391, │ │ | |
| │ │ 0], │ │ | |
| │ │ │ │ │ │ categories=[0, 2, 468, 469, ..., │ │ | |
| │ │ 2003188, 2082587, 2292893, 2887326], ordered=False, │ │ | |
| │ │ dtype='category', name='taxonomy_id') │ │ | |
| │ │ inplace = False │ │ | |
| │ │ keys = ['taxonomy_id'] │ │ | |
| │ │ missing = [] │ │ | |
| │ │ names = ['taxonomy_id'] │ │ | |
| │ │ self = taxonomy_id count │ │ | |
| │ │ 0 2 69129670 │ │ | |
| │ │ 1 2157 30870330 │ │ | |
| │ │ 2 28890 30870330 │ │ | |
| │ │ 3 201174 26692960 │ │ | |
| │ │ 4 1239 21846160 │ │ | |
| │ │ .. ... ... │ │ | |
| │ │ 59 1852370 847240 │ │ | |
| │ │ 60 335952 707120 │ │ | |
| │ │ 61 88431 227620 │ │ | |
| │ │ 62 1776391 191180 │ │ | |
| │ │ 63 0 181382907 │ │ | |
| │ │ │ │ | |
| │ │ [64 rows x 2 columns] │ │ | |
| │ │ to_remove = ['taxonomy_id'] │ │ | |
| │ │ verify_integrity = True │ │ | |
| │ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │ | |
| ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ | |
| ValueError: Index has duplicate keys: CategoricalIndex([165179], categories=[0, | |
| 2, 468, 469, ..., 2003188, 2082587, 2292893, 2887326], ordered=False, | |
| dtype='category', name='taxonomy_id') |
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