TileDB and geospatial packages

Dockerfile

FROM ubuntu:22.04

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# Setup home environment
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RUN useradd tiledb \
    && mkdir /home/tiledb \
    && chown tiledb /home/tiledb
ENV HOME /home/tiledb
WORKDIR /home/tiledb

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# Install dependencies
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RUN apt-get update && DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get install -y \
    apache2 \
    apache2-dev \
    build-essential \
    ca-certificates \
    cmake \
    g++ \
    gcc \
    gettext \
    git \
    libapache2-mod-fcgid \
    libcairo2-dev \
    libcurl4-gnutls-dev \
    libexempi-dev \
    libfcgi-dev \
    libfreetype6-dev \
    libfribidi-dev \
    libgeos-dev \
    libgeotiff-dev \
    libgif-dev \
    libglib2.0-dev \
    libharfbuzz-dev \
    libjpeg-dev \
    libpixman-1-dev \
    libpng-dev \
    libpq-dev \
    libprotobuf-c-dev \
    libprotobuf-c1 \
    libprotobuf-dev \
    librsvg2-dev \
    libsqlite3-dev \
    libssl-dev \
    libssl-dev \
    libxslt1-dev \
    locales \
    make \
    ninja-build \
    patch \
    protobuf-c-compiler \
    protobuf-compiler \
    pybind11-dev \
    python3 \
    python3-dev \
    python3-pip \
    software-properties-common \
    sqlite3 \
    unzip \
    wget \
    xz-utils \
    && apt-get clean \
    && apt-get purge -y \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists* \
    && pip3 install cmake

RUN update-locale LANG=C.UTF-8

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# Install TileDB.
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ARG enable

RUN git clone -b 2.17.1 --depth 1 https://github.com/TileDB-Inc/TileDB.git \
    && cd TileDB \
    && mkdir build \
    && cd build \
    && ../bootstrap \
        --prefix=/usr/local \
        --enable-verbose \
        --enable-s3 \
        --enable-serialization \
        --enable-tools \
        --enable=${enable} \
    && make -j$(nproc) \
    && make -j$(nproc) examples \
    && make install-tiledb \
    && ldconfig \
    && chown -R tiledb: /home/tiledb

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# Install Proj
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RUN git clone --branch 9.1.1 --depth=1 https://github.com/OSGeo/PROJ.git \
  && cd PROJ \
  && mkdir build \
  && cd build \
  && cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
  && make -j$(nproc) \
  && make install

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# Install GDAL
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RUN git clone --branch v3.7.1 --depth 1 https://github.com/OSGeo/gdal.git \
  && cd gdal \
  && mkdir build \
  && cd build \
  && cmake .. \
  && cmake --build . -j$(nproc) \
  && cmake --build . --target install

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# Install PDAL
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RUN git clone --branch 2.5.6 --depth=1 https://github.com/PDAL/PDAL.git \
  && cd PDAL \
  && mkdir -p build \
  && cd build \
  && cmake -G "Unix Makefiles" .. \
    -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
    -DBUILD_PLUGIN_TILEDB=ON \
    -DWITH_TESTS=OFF \
  && make -j$(nproc) \
  && make install

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# Install Python deps
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ENV PYTHONPATH "${PYTHONPATH}:/usr/local/lib/python3/dist-packages"
RUN su - tiledb -c "pip install rasterio pdal pyogrio tiledb 'fiona==1.8.22' \
 folium scipy matplotlib pyarrow pyproj pandas geopandas ipywidgets jupyterlab==3.4.5 pystac pystac-client shapely \
 --no-binary fiona --no-binary rasterio --no-binary pdal \
 --no-binary pyogrio --no-binary tiledb"

RUN apt-get update && apt-get install ffmpeg libsm6 libxext6  -y

RUN su - tiledb -c "pip install pybabylonjs opencv-python==4.7.0.72"

RUN su - tiledb -c "pip install tiledb-cloud"

RUN ldconfig
ENV PATH="${PATH}:/home/tiledb/.local/bin"
WORKDIR /home/tiledb/app
CMD ["/bin/bash"]