PHP script to remove one line virus attacks

rm-attack.php

<?php
/**
 * Usage:
 * php rm-attack.php [pattern] [directory]
 * 
 * php rm-attack.php '<?php $ctddbnvbtj' .
 * 
 * At the end, a report file './report.log' will be generated with the list of files that were modified
 */

if(!isset($argv[1])) {
	die("Pattern not specified!" . PHP_EOL);
}

if(!isset($argv[2])) {
	die('Dirrectory not specified!' . PHP_EOL);
}

$pattern = $argv[1];
$dossier = $argv[2];

echo 'Searching directory "' . $dossier . '" for the pattern "' . $pattern . '" !' . PHP_EOL;

exec("grep -Rl '" . $pattern . "' " . $dossier, $o);
echo 'Found ' . count($o) . ' matching files!';

if(count($o)) {
	exec('pwd', $pwd);
	$report_file = $pwd . '/report.log';
	$report_ptr = fopen($report_file, "r");
	for($i=0 ; $i<count($o) ; $i++)
	{
		$fic=$o[$i];
		
		if (file_exists($fic)) {
			echo "\n" . $fic;
			// Remplacer par les balises php qui se suivent par les balises separees par un saut de ligne
			$prep='';

			// Ouverture du fichier
			$ptr = fopen($fic, "r");
			$contenu = fread($ptr, filesize($fic));
			fclose($ptr);

			// PHP_EOL contient le saut a la ligne utilise sur le serveur (\n linux, \r\n windows ou \r Macintosh
			// Recuperer la premiere ligne
			$contenu = explode(PHP_EOL, $contenu);
			$prep=$contenu[0];

			if (strrpos($prep,'?>')!==false) {
				$prep=substr($prep,strpos($prep,'?>')+2);
				fwrite($ptr, 'Processed: ' . $fic . PHP_EOL);
			}
			else {
				$prep='';
				echo "\n ************ Pas de ?> dans : " . $fic . "***************";
				fwrite($ptr, 'No ?> found in: ' . $fic . PHP_EOL);
			}
			// On supprime la ligne
			unset($contenu[0]);
			// Re-index
			$contenu = array_values($contenu);

			// Puis on reconstruit le tout et on l'ecrit
			$contenu = implode(PHP_EOL, $contenu);
			$contenu = $prep."\n".$contenu;
			$ptr = fopen($fic, "w");
			fwrite($ptr, $contenu);
			fclose($ptr);
		}
		else {
			echo "\n ************ Fichier introuvable : " .$fic . "***************";
		}
	}
	fclose($report_ptr);
}
echo "\n";

?>