Abrir el cmd de windows como administrador, de lo contrario no nos dejará correr el comando.
Ejecutar el siguiente comando
bcdedit
Nos muesta una lista con los OS de arranque, debemos copiar el identificador del OS que queremos borrar.
Ejecutar el siguiente comando
bcdedit /delete {afaebac6-96d8-11e6-abcd-ab764b891578}
En este caso {afaebac6-96d8-11e6-abcd-ab764b891578} seria el identificador del sistema a borrar.