HMM4 output

gistfile1.txt

Input:
rows[0] = "4 4 0.4 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4"; 
rows[1] = "4 4 0.4 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4"; 
rows[2] = "1 4 0.241896 0.266086 0.249153 0.242864"; 
rows[3] = "10 0 1 2 3 3 0 0 1 1 1";

Alpha:
0.389559503822787 0.21425804919095415 0.2006232410952617 0.19555920589099723 
0.2236082719486836 0.3907974337657384 0.19320460006509918 0.19238969422047889 
0.19757271896617493 0.22456830083590637 0.3853270405607323 0.1925319396371864 
0.19338983321196065 0.19774921030244252 0.22370930890053622 0.3851516475850605 
0.18690078154421202 0.1875835182012389 0.1916492162505424 0.4338664840040068 
0.3836818541149997 0.1919512790222612 0.19260842517553903 0.23175844168720008 
0.4335058938512299 0.18671846534048603 0.18682140689808482 0.19295423391019922 
0.2317069868108726 0.38363422288852284 0.19183375056533594 0.1928250397352686 
0.1929476131941562 0.4334942055193269 0.1867014476318232 0.18685673365469374 
0.18542763467024198 0.44563472344143096 0.18445675238406933 0.1844808895042578 


Beta:
3.8684101760709484 4.492234205586149 3.9683620906752393 3.8887778892412346 
3.8800109683417414 3.8768153420078204 4.500659883279219 4.006483774079804 
3.897688134240249 3.8778296875724765 3.877280324806053 4.68362278530177 
3.9042206297618414 3.781233206508846 3.777830890496724 4.385837363033305 
4.547771997930571 3.78616845126272 3.7650995006889167 3.7650995006889167 
4.389613317680457 3.9162724945480583 3.7817440500788497 3.7817440500788497 
3.76082684680109 4.593140985027562 3.7608268468010904 3.76082684680109 
3.738938687454593 4.526083674287139 3.738938687454593 3.738938687454593 
3.6523833187028285 4.261113871819966 3.6523833187028285 3.6523833187028285 
3.885913191396422 3.885913191396422 3.885913191396422 3.885913191396422 

Digamma (0):
0.12091961181233435 0.12082002088361073 0.07013099324021498 0.06243055324418299 
0.03325294323665625 0.13290222276034513 0.03857210426653571 0.034336855901982 
0.031136815038155387 0.062222340723315527 0.07223495782807192 0.03215175040605865 
0.0303508745526908 0.06065175437352672 0.03520581891038209 0.06268038282193696 

Digamma (1):
0.06972442466338805 0.034684591813975395 0.06935935626324095 0.04189187189923235 
0.06092826081921031 0.12123567123871347 0.1212184960739675 0.07321391060890685 
0.030122051086174786 0.029968581356320342 0.11985734311910896 0.03619589868360056 
0.02999500113253081 0.02984217871324655 0.05967590208772123 0.072086460440662 

Digamma (2):
0.06170939882127028 0.029882741026205615 0.029855852833193735 0.06932174502063429 
0.03507056771656435 0.06793160929999977 0.033935242556969926 0.0787936035487217 
0.06017607123849153 0.05828045604536085 0.11645603174192144 0.13519853851826472 
0.030067486824782576 0.029120326538787423 0.029094124358744526 0.13510620391008718 

Digamma (3):
0.07035942945326547 0.029288259412083396 0.02912527857858664 0.05825055715717328 
0.03597273284905327 0.05989694570473798 0.029781818118854157 0.059563636237708315 
0.04069515722777036 0.03388004510451987 0.06738302457926973 0.06738302457926973 
0.07006327511376648 0.05832996068153655 0.05800537104048101 0.23202148416192403 

Digamma (4):
0.13126754556021739 0.029278175598845307 0.02827243674239642 0.02827243674239642 
0.06587352877388099 0.05877025382096534 0.028375714154015703 0.028375714154015703 
0.06730127615811221 0.03002202216814767 0.05798146266062106 0.02899073133031053 
0.15236048770233462 0.06796557510444666 0.06563087977643131 0.13126175955286262 

Digamma (5):
0.23087376281377764 0.07049219397387885 0.05771844070344442 0.05771844070344441 
0.057751641873978146 0.07053274294444874 0.028875820936989077 0.028875820936989073 
0.05794935490561969 0.035387106069415315 0.0579493549056197 0.028974677452809846 
0.06972826955760056 0.042579967885583964 0.034864134778800286 0.06972826955760056 

Digamma (6):
0.12966815662079578 0.15696671590938438 0.06483407831039789 0.06483407831039789 
0.027925155748947703 0.13521654362648364 0.027925155748947703 0.027925155748947703 
0.027940551435837825 0.06764554558150211 0.05588110287167565 0.027940551435837825 
0.028857762003000265 0.06986616063884275 0.028857762003000265 0.05771552400600053 

Digamma (7):
0.0677026186763942 0.07898638845579323 0.0338513093381971 0.0338513093381971 
0.05604716944646255 0.26155345741682523 0.05604716944646255 0.05604716944646255 
0.028026015621161294 0.06539403644937636 0.05605203124232259 0.028026015621161294 
0.02817083834229221 0.06573195613201516 0.02817083834229221 0.05634167668458442 

Digamma (8):
0.05998221402877007 0.05998221402877007 0.029991107014385034 0.029991107014385034 
0.06738083406485856 0.26952333625943425 0.06738083406485856 0.06738083406485856 
0.029020224728212397 0.058040449456424795 0.058040449456424795 0.029020224728212397 
0.029044361848400882 0.058088723696801764 0.029044361848400882 0.058088723696801764 


Gamma:
0.37430117918034306 0.2390641261655191 0.1977458639956015 0.18888883065853657 
0.21566024463983677 0.3765963387407981 0.21614387424520465 0.19159954237416058 
0.19076973770130393 0.21573102312225573 0.37011109754403854 0.2233881416324017 
0.1870235246011088 0.18521513291035374 0.2093412514908297 0.41842009099770805 
0.21709059464385555 0.18139521090287775 0.18429549231719147 0.4172187021360752 
0.4168028381945453 0.18603602669240502 0.18026049333346456 0.21690064177958537 
0.41630302915097595 0.21899201087332676 0.1794077513248534 0.18529720865084381 
0.21439162580858162 0.42969496575621285 0.17749809893402155 0.178415309501184 
0.1799466420863102 0.47166583845400994 0.17412134836927437 0.1742661710904053 
0.0 0.0 0.0 0.0 

Svar:
Transitionsmatrix:
4 4 0.3905862854590137 0.25302987985286207 0.17126421493318947 0.18511961975493477 0.17577243006328153 0.4701993165351018 0.17254191205854708 0.1814863413430695 0.1971319474873127 0.23338169571504314 0.350376888049352 0.2191094687482922 0.21356156672402812 0.21973103435208555 0.1679502796016144 0.39875711932227226 

Emissionsmatrix:
4 4 0.5005232948061943 0.2528711971652549 0.07908244194723994 0.16752306608131093 0.25718517902033905 0.5102866563166548 0.0861411222277944 0.14638704243521175 0.2950959029708988 0.30057479250159175 0.19593739525728185 0.2083919092702276 0.2693620694437034 0.24803242467736109 0.10179943829631 0.3808060675826257