biopython alignment performance (5000 nt)

import timeit
from Bio import Align

seq1 = "ATCTAACTATTCCCTGTGCCTTATGGGGGCCTGCGCTATCTGCCTGT\
CGAACCATAGGACTCGCGCCAGCGCGCAGGCTTGGATCGAGGTGAAATCTCCGGGGCCTAAGACCACGAGCGTCTGGCG\
TCTTGGCTAACCCCCCTACATGCTGTTATAGACAATCAGTGGAAACCCGGTGCCAGGGGGTGGAGTGACCTTAAGTCAG\
GGACGATATTAATCGGAAGGAGTATTCAACGCAATGAAGCCGCAGGGTTGGCGTGGGAATGGTGCTTCTGTCCAAGCAG\
GTAAGGGCATGAGGCCGCAACCGTCCCCCAAGCGTACAGGGTGCACTTTGCAACGATTTCGGAGTCCGGAGACTCGCTG\
TTTTCGAAATTTGCGCTCAAGGGCGGGTATTGAACCAGGCTTACGCCCAAGAACGTAGCAAGGTGACTCAAACAAGGTA\
CATCTTGCCCGCGTTTCACACGAATCAAGTTGGAGGTTATGGAGCATAGTAACACGTGGGCGGCCAGTGGTCGGTTGCT\
ACACCCCTGCCGCAACGTTGAAGGTCCCGGATTAGACTGGCTGGACCCATGCCGTGACACCCGTCACACTCCATTACCG\
TCTGCGGGTCACGGCTTGTTGTGGACTGGATTGCCATTCTCTCAGTGTATTACGCAGGCCGGCGCGCGGGTCCCATGTA\
AACCTGTCATAGCTTACCTGACTCTACTTGGAAGTGTGGCTAGGCCTTTGCCCACGCACCTGGTCGGTCCTCGTTTGCT\
TTTTAGGACCGGATGAACTACAGAGCGCTGCAAGAATCTCTACCTGCTTTACAAAGCGCTGGGTCCTACTCCAGCGGGA\
TGTTTTATCTAAACACGATGAGAGGAGTATTCGTCAGGCCACATGGCTTTCTTGTCCTGGTCGGATCCATCGTTGGCGC\
CCGACCCCCCCACTCCGTAGTGAGTTCTTCGTCCGAGCCATTGCATGCCAGATCGGCAGACAGATAGCGGATCCAGTAT\
ATCCCTGGAAGCTATAGACGCACAGGTTGGAATCCTAAGCGAAGTCGCGCGTCCGAACCCAGCTCTACTTTAGTGGCCA\
CGGGTTCTGGTCCCCCCGGGCCGCGGAACCGATTAGGGCCATGTACAACAATACTTATTAGTCACCTTTCAGACACGAT\
CTCCCTGCTCAGTGGTATATGGTTCCTGCTATAATTAGCCACCCTCATAAGTTGCACTACTTCTGCGACCCAAGTGCAC\
CCTTACCACGAAGACAGGATTGTCCGATCCCATACTGCGGCCTTGGCAGGGGGTTCGCAAGTCCCACCCCAAACGATGC\
TGAAGGCTCAGGTTACACAGGCACAAGTGCTATATACGCGAGTTCCCGCTCTTAACCTGGACCGAATGCGGGATCATGC\
ATCGTACCACTGTGTTCGTGTCATCTAGGACGGGCGCAAAGGATACATAGTTCAATCAAGAATACCTTGTATTATTGTA\
CACCTACCGGTCACCAGCCAACAATGTGCGGACGGCGTTGCGACTTGCTGGGCCTGATCTCACCGCCCTAGATACCGCA\
CACTGGGCAATACGAGGTAAAGCCAGTCACCCAGTGTCGATCAACAGCTGACGTAACGGTAAGAGGCTCACAAAATCGC\
ACCGCCGGCGTCCCCTGGGTATTTTACGTCAGCATCGGGTGGACTGGCATGAATCTTTACTCCCAGGCGGAAACGGGTG\
CGTGGACAAGCGAGCAGCAAACGAAAATTCCTGGCCTGCTTGGTGTCTCGTATCCCTCTTGGAGATCGAGGAAATGTTT\
CACGACCAAGGGAAAGGTCGCCCTACGAAATAGATTTGCGCTACTGTCCGCATAAGGAGTCCGGTGTAGCGAAGGATGA\
AGGCGACCCTAGGTAGCAACCGCCGGCTTCGGCGGTAAGGTATCACTCAGGAAGCAGGCACGGAAAGACACGGTCTAGC\
AGACCGTCTATCGGCTAGGTCAAATAGGGTGCTTTGATATCAGCATGTCCAGCCTTAGAATTCAGTTCAGCGCGCTGGT\
CTGGGTCGAGATAAAATCACCAGTACCCAAGACCAGGCGGGCTCGCCGCGTTGGCTAATCCTGGTACATCTTGTAATCA\
ATGTTCAGAAGAAAATCTGTGTTAGAGGGACGAGTCACCACGTACCAATAGCGACAACGATCGGTCGGACTATTCATCG\
TGGTGGTGACGCTCGGATTACGCGGGAAAGGTGCTTGTGTCCCGACAGGCTAGGATATAATGCTGAGGCGCTGCCCCAA\
CCGTTCAGCGTGGGGTTTGCTACAACTTCCGAGTGCTACGTGTGCGAGACCATGTTATGTATGCACAAGGCCGACAATA\
GGACGTAGCCTTCGAGTTAGTACGTAGCGTGGTCGCACAAGCACAGTAGATCCTCCCCGCGCATCCTATTTATTAAGTT\
AATTCTATAGCAATACGATCACATGCGGATGGGCAGTGGCCGGTAGTCACACGCCTACCGCGGTGCTCAATGACCGGGA\
CTAGAGAGGCGAAGATTATGGCGTGTGACCCGTTATGCTCGAGTTCGGTCAGAGCGTCATTGCGAGTAGTCGATTGCTT\
TCCCAATCTCCGAGCGATTTAGCGTGACAGCCCCAGGGAACCCACAAAATGCGATCGCAGTCCACCCGATCGTACACAG\
AAAGGAGGGTCCCCATACGCCGACGCACCTGTTCGCACGTCGTATGCATAAACGAGCCGCACGAACCAGAGAGCATAAA\
GAGGACCTCTAGCTCCTTTACAAAGTACAGGTTCGCCTGCCGCCGGGATGCCTTACCTAGACGCAATGACGGACGTATT\
CCTCTGGCCTCAACGGTTCCTGCTTCCGCTGGGATCCAAGATTGGCGGCCGAAGCCGCCTTTCCAAAGTGAGTCCTTCG\
TCTGTGACTAACTGTGCCAGATCGTCTTGCAAACTCCCGATCCAGTTTAACTCACCAAACTATAGCCGTACAGACCCAA\
ATCTTAAGTCATATCACGCGACTAGCCTCTGCTCAATTTCTGTGCTCAAGGGTTTTGGTCCGCCCGAGCGGTGCAGCCG\
ATTAGGACCATCTAATGCACTTGTTACAAGACTTCTTTTAAACACTTTCTTCCTGCCCAGTGGCGGATGATAATGGTTG\
TTGCCAGCCGGCGTGGAAGGTAACAGCACCGGTGCGAGCCTAATGTGCCGTCTCCACCAACACAGGGCTGTCCGGTCGT\
ATAATAGGACTCCGCAATGGGGTTAGCAAGTGGCAGCCTAAACGATGTCGGGGACTCGCGATGTACATGCTCTGGTTCA\
ATACATACGTGACCCGGCAGTTATCCTGCATCGGAACGTCAATCGTGCATCGGGCCAGCGTAATCGTGTCATCTGGGAG\
GCGGCCGTAGGATAAATAATTCAATAAAGATGTCGTTTTGCTAGTATACGCCTAGGCGTCACCCGCCATCTCTGTGCAG\
GTGGGCCGACGAGACACTGCCCCTGATTTCTCCGCTACTAATAGCACACACGGGGCAATACCAGCACAAGCCAGTCTCG\
CGGGAACGCTCGTCAGCATACGAAAGAGCTTGAGGCACGCCAATTCGCACTGTCGGGGTCGCTTGGGTGTTTTGCACTA\
CCGTCAGGTACGCTAGTATGCGTCCTTCCTTCCAGGGGTATGTGGCTGCGTGGTCAAAAGTGCGGCATTCGTATTTGCT\
CCCCGTGCTTGCTCTCACGAACTTGACCTGGAGATCAAGGAGATGCTTCTTGTGGAACCGGACAGCGCATCAACGCAAC\
GGATCTACGTTACAGCGTGCATAGCGAGAACGGAGTTGCCGACGACGAAAGCGACACTGGGATCTGTCCGTCGTCATTC\
GCGGAAAGCATCCGCTCACGAGGCGGACACTGATTGACACGGTTTTGCAGAAGGTTAGGGGAATAGGTCAAATTGAGTG\
GCTTAAAAACGCTATGTCTGGGATTAAAGTGTAGTAAACTGCGGTCAACGGAGACGGTTTTAAGACAGGAGTTCGCAAA\
ACCAGGCGGGGTCGCCACGACGGCTATTCCTGGTGGTTTAGGCGTACAATGTCCTGAAGAATATTTAAGAAAGAAGCAC\
CCCTCGTCGCCTAGAATTACCTACCGCGGTCGACCATACCTTCGATTGTCGCGCCCACCCTCCCATTAGTCGGCAGAGG\
TGGTTGTGTTGCGATAGCCCAGCATGATATCCTAAGGCGTTACGCCGATGGATATCCCACGGAATTGCCATAGGCGCTG\
AACGCTACACGGACGATACGAACTTATGTATGGAGCGGGTCATCGAAAGGTCATACCCTTGTAGTTAACATGTAGCCCG\
GCCCTATTAGTACAGCAGTGCCTTGAGCGGCATTCTCATTATTAAGTTTTCTCTACAGCCAAACGACCAAGTGCACTTC\
CGCGGAGCGCGGTGGAGACTCGTCCACCCGGCAGCTCTGTAATAGGGACTAAAAGAGTGATGATAATCATGAGTGCCGC\
GTTATGGTGGTGTCGGAACAGAGCGGTCTTACGGCCAGTCGTATCCCTTCTCGAGTTCCGTCCGGTTAAGCGTGACACT\
CCCAGTGTACCCGCAAACCGTGATGGCTGTGCTTGGGGTCAATCGCATGTAGGATGGTCTCCAGACACCGGGGCACCAG\
TTTTCACGCCCAAAGCATAAACGACGAGCAGTCATGAGAGTCTTAGAACTGGACGTGCCGTTTCTCTGCGAACAACACC\
TCGAGCTGTACCGTTGTTGCGCTGCCTAGATGCAGTGCCGCTCCTATCACATTTGCCTCGACGACTGCCGCCTTCGCTG\
TTTCCCTAGACACTCAACAGTAAGCGCCTTTTGTAGGCAGGGGCACCCCCTGTCAGTGGCTGCGCCAAAACGTCTTCGG\
ATCCCCTTGTCCAATCAAACTGACCGAATTCTTTCATTTAAGACCCTAATATGACATCATTAGTGACTAAATGCCACTC\
CCAAAATTCTGCCCAGAAGCGTTTAAGTTCGCCCCACTAAAGTTGTCTAAAACGA"

seq2 = "CTAAAGTGGCGAAATTTATGGTGTGTGACCCGTTATGCTCCATTTCG\
GTCAGTGGGTCATTGCTAGTAGTCGATTGCATTGTCATTCTCCGAGTGATTTAGCGTGACAGCCGCAGGGAACCCATAA\
AATGTAATCGTAGTCCATCTGATCGTACTTAGAAATGAAGGTCCCCTTTTACCCACGCACCTGTTTACTCGTCGTTTGC\
TTTTAAGAACCGCACGAACCACAGAGCATAAAGAGAACCTCTAGTTCCTTTACAAAGTACTGGTTCCCTTTTCAGCAAG\
ATGCCTTATCTAAATGCAATGACAGACGTATTCCTCAGGCCACATCGCTTCCTACTTTCGCTGGGATCCATCATTGGCA\
GCTGAAACCGCCATTCCATAGTGAGTCCTTCGTCTGTGTCTTTCTGTGCCAAATCGTCTAGCAAATTGCTGATCCAGTT\
TATCTCACGAAATTATAGTCATACAGACCGAAATTTTAAATCAAATCACGCGACTAGGCTCAGCTTTATTTTAGTGGTC\
ATGGGTTTTGGTCCGCCCGAGCGGTGCAACCGATTAGGACCATGTAAAACATTTGTTACAAGTCTTCTTTTAAATACAA\
TCTTCCTGCTCAGTAGCGCATGATTATCGTTGTTGCTAGCCAGTGTGGTAAGTAACAGCACCACTGCGAGCCTAATGTG\
CCCTTTCCACGAACACAAGGCTATCCGATCCTATATTAGGATTCCGCAATGGGGTTAGCAAATCGCACCCTAAACGATA\
TTGAAGACTTGCGATGTACATGCTTTGGTACAATACATACGTGTTCCAGTTGTTATCCTGTATCGGAACTTCAATTATG\
CATCGCACCAGCATATTCATGTCATCTAGGAAGAGCGCGTAGGATAAATAATTCAATTAAGATGTCGTTATGCTAGTAT\
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ACACTGGGCAATACGAGCTCAAGCTAGTCTCGCAGTAACGCTCATCAGCTAACGAAAGAGTTAAAGGCTCGCTAATTCG\
CACTGTCAGGGTCTCTTGGGTGTTTTGCACTAGCGTCAGGTAGGCTAGTATGTGTTTTTCCTTCCAGAGGTATGTGGCT\
GCGTGGTCAAATGTGCAGCATACGTATTTGCTCGACGTGTTTAGTCTCTCATACTTCTCCTGGAGATCAAGGAAATGTT\
TCTTGTCCAAGTGGACAACGGTTCTACGGAATGGATCTACGTTACTGCCTGCATAAAGAAAACGGAGTTGCTAAGGACG\
AAAGCGACTTTAGGTTCTAACTGTTGACTTTGGCGGAAAAGTTTCATTCAGGAAGCAGACACTGATTGACACGGTTTAG\
CAGAACGTTTGAGGATTAGGTTAAATTGAGTGGTTTAATATTGGTATGTCTGGGATTAAAATATAGTATAGTGTGTTAA\
TCGGAGACGAATTAAAGACACGAGTTCCCAAAATCAAGCGGGCTCATTACAACGGTTAATCCTGGTAGTTTACGTGAAC\
AATGTTCTGAAGAAAATTTATGAAAAAAGGACCCGTCATCGCCTACAATTACCTACAACGGTCGACCATACCTTCGATT\
ATCGTGGCCACTCTCGGATTACACGGCAGAGGTGGTTGTGTTCCGATAGGCCAGTATATTATTCTAAGGCGTTACCCTA\
ATCATTTTTCATCGGATTTGCTATAGCCCTTGAACGCTACATGCACGAAACCAAATTATGTATACACTGGGTCATCAAT\
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ACTGGACCTGTAGTTTCTCTACGAAAAATACCTTGAGCTGTTGCGTTGTTGCGCTGCCTAGATGCAGTGTTGCACATAT\
CACTTTTGCTTCAACGACTGCTGCTTTCGCTGTAACCCTAGACAGACAACAATAAGCGCTTTTTGTAGGCAAGAGCTCC\
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AATAACGACTACTAAATCCGCATGTTACGGGATTTCTTATTAATTCTTTTTTCGTAAGGAACAGCGGATCTTAATGGAT\
GGCGCCAGGTGGTATGGAAGCTAATAGCGCGGGTGAGAGGGTAATTAGCCGTCTTCACCAACACAACGCTATCGGGTCA\
TACTATAAGATTCCACAATGCGACTACTTATAAGATGTCTTAACGGTATCCGCAACTTGTGATGTGCCTACTATGCTTA\
AATGCATATCTCGCTCAGTAACTTTCCAATATGAGAGCATCAATTGTAGATCGGGCCGAGATAATCATGTCGTCACGGA\
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CGAATCTACGTCATGACGAGAATAGTATAAACAAAACTGCTGACGGCAGAAGCGTCAAAGAAGTCTGTAAATTGTTATT\
CGCGAAAAACATCCGTCTCCGTGGGGGATAATCACCGACGCCATTTTATAGAAGCCTAGGGGAACAGATTGGTTTAATT\
AGCTTAAGAAAGTAAATTCTGGGATTATACTGTAGTAATCACTAATTTACGGTGAGGGTTTTATGGCGGATTTTTACAA\
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TTCCTTGACGGCTAGAATTACTTACCGGCCTTCACCATACCTTCGATATTCGCGCCCACTCTCCCATTAATCCGTACAA\
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AACTCAATCAGAACTCGAGTGCCTTGAATAACATACTCATCACTAAACATTCTCAACAATCAATCGAGCAAGTCCATTA\
TCAACGAGTGTGTTGCAGTTTTATTCTCTTGCCAGCATTGTAATAGGCACTAAAAGAATGATGATAGTCATGAGTACTG\
AGCTAAGACGGCGTCGATGCATAGCGGACTTTCGGTCAATCACAATTCCTCACGAGACTCGTCCTGTTGAGCGTATCAC\
TCTCAATGTACAAGCAACCCAAGAAGGCTGTGCCTGGACTCAACTGGATGCAGGATGAACTCCAGACACGGGGTCACTA\
CTCTTCATACATAAAGCAAGAACGTCGAACAGTCATGAAAGTCTTAGTACCGCACGTACCATCTTACTGTGAATATTGC\
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GACCCCCTTGTCTATCCAGATTAATCGAATTCTCTCATTTAGGACCTTAGTAAGTCATCATTGGTATTTGAATGCGACC\
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ATTAGAGGTTTAATTTTGTATAGCAAGGTACTTCCGATCTTAATGAATGGCCGGAAAAGGTACGGACGCGATATGCGAG\
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AAAATGTCTCGATCGCATGCGCAATTTGTGAAGTGTCTATTATCCCTAAGCCCATTTCCCGCATAATAACCCCTGATTG\
TATCCGCATTTGATGCTACCCAGGTTGAGTTAGCGTCGAGCTCGCGGAACTTATTGCATGAGTAGAGTTGAGTAAGAGC\
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CTAACTACTATCAATACCCGTGTCTTGACTCTGCTGCGGCTACCTATCGCCTGAAAACCAGTTGGTGTTAAGGGATGCT\
CTGTCCAGGACGCCACATGTAGTGAAACTTACATGTTCGTTGGGTTCACCCGACT"

aligner = Align.PairwiseAligner()
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alignments = aligner.align(seq1, seq2)
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print(f"Global: {t / 100 * 1e9:,} ns/iter")
aligner.mode = "local"
t = timeit.timeit(lambda: next(aligner.align(seq1, seq2)), number=100)
print(f"Local: {t / 100 * 1e9:,} ns/iter")