Prefabに付けておくと、ランタイム時にシーン変更・ゲーム終了時に自動でPrefabを更新する機能

RuntimePrefabUpdate.cs

using UnityEngine;

public class RuntimePrefabUpdate : MonoBehaviour
{
#if UNITY_EDITOR
    UnityEngine.SceneManagement.Scene scene;

    void Start()
    {
        scene = gameObject.scene;
        
        UnityEngine.SceneManagement.SceneManager.sceneUnloaded += OnSceneUnloaded;

        DontDestroyOnLoad(gameObject);
    }

    void OnDestroy()
    {
        UnityEngine.SceneManagement.SceneManager.sceneUnloaded -= OnSceneUnloaded;
    }

    void OnApplicationQuit()
    {
        PrefabUpdate();
    }

    void OnSceneUnloaded(UnityEngine.SceneManagement.Scene scene)
    {
        // 所属シーンが消された
        if (this.scene == scene)
        {
            // 特定タイミングだと正常にPrefabが更新されないので、delayCallで処理を遅延
            UnityEditor.EditorApplication.delayCall += () =>
            {
                // 何かしらのシーンに配置されていないとプレハブが正常に保存できないので、仮シーンを制作
                var previewScene = UnityEditor.SceneManagement.EditorSceneManager.NewPreviewScene();
                transform.SetParent(null);
                // DontDestroyOnLoadを指定すると所属シーンが空になり、HideFlagsがDontSaveInEditorになるので
                // 保存できるようにデータを修正
                gameObject.hideFlags = HideFlags.None;
                UnityEngine.SceneManagement.SceneManager.MoveGameObjectToScene(gameObject, previewScene);

                PrefabUpdate();
                UnityEditor.SceneManagement.EditorSceneManager.ClosePreviewScene(previewScene);
            };
        }
    }
    
    // Prefabに変更を適用する
    void PrefabUpdate()
    {
        var prefab = UnityEditor.PrefabUtility.GetPrefabParent(gameObject);
        UnityEditor.PrefabUtility.ReplacePrefab(gameObject, prefab, UnityEditor.ReplacePrefabOptions.ConnectToPrefab);
        Debug.Log(prefab.name + ": Prefabs Saved. ");
    }
#endif
}