Поиск и замена коротких php-тегов

short_tags_replace.php

#!/usr/bin/php
<?php

/**
 * Рекурсивный обход каталогов, проверяем файлы с заданным расширением на предмет неверно используемых "short_open_tag",
 * т.е. коротких php-тегов там, где их быть не должно.
 *
 * вызов:
 *
 * script.php /path/to/files [extension] [replace]
 *
 * Чтобы не просто проверить файлы, но сразу заменить в них неверные теги, третьим параметром должно быть слово
 * "replace". Именно слово, это преохранитель от случайных опечтаток и т.п.
 */

if ($argc < 2) {
    throw new InvalidArgumentException('Неверный вызов. Нужен, как минимум, путь к проверяемым файлам');
}

$params = [
    'path'      => $argv[1],
    'extension' => $argv[2] ?? 'htm',
    'replace'   => isset($argv[3]) && $argv[3] == 'replace',
];

analyze(...array_values($params));

/**
 * Сбор данных по неверно заданным коротким php-тегам
 * @param string $path      абсолютный путь к файлам
 * @param string $extension расширение файлов для анализа
 * @param bool   $replace   TRUE - заменять неверные php-теги
 */
function analyze(string $path, string $extension, bool $replace)
{
    /**
     * Вспомогательная функция для вывода инфы о проверяемых файлах
     * @param string $path полный путь каталога, в котором анализируются файлы
     * @param string $fullName полный путь + имя проверяемого сейчас файла
     */
    $printFileName = function (string &$path, string $fullName) {
        if ($path) {
            echo PHP_EOL . $path . PHP_EOL;
            $path = null;
        }

        echo PHP_EOL . basename($fullName) . PHP_EOL;
    };

    $dirList = new \DirectoryIterator($path);
    foreach ($dirList as $obj) {
        if ($obj->isDot()) {
            continue;
        }
        $name = $obj->getPathname();
        if ($obj->isDir()) {
            analyze($name, $extension, $replace);
            continue;
        } else if (!preg_match("/$extension$/i", $name)) {
            continue;
        }

        $file = file_get_contents($name);

        // Шаблон: открывающая php-скобка, за которой нет "php" или знака "=" возможно с пробелом
        $pattern = '/<\?(?!php|\s?=)/i';

        if ($replace) {
            $count = 0;
            $file = preg_replace($pattern, '<?php', $file, -1, $count);
            file_put_contents($name, $file);
            if ($count) {
                $printFileName($path, $name);
                echo 'Заменено тегов: ' . $count . PHP_EOL;
            }
        } else {
            if (preg_match_all($pattern, $file, $matches, PREG_OFFSET_CAPTURE)) {
                $printFileName($path, $name);
                echo '----' . PHP_EOL;
                foreach ($matches[0] as $m) {
                    echo substr($file, $m[1], 15) . PHP_EOL
                        . '...' . PHP_EOL;
                }
            }
        }
    }
}

Статья, поясняющая назначение скрипта.