YukiSakamoto

mkdir -p mod_mdoc
cd mod_mdoc
for i in {01..20}
do
	filename=`printf "tomo_%02d.mrc.mdoc" ${i}`
	outfilename=`printf "tomo_%02d.mod.mrc.mdoc" ${i}`
	grep -v DateTime ../${filename} > ${outfilename}
	# echo ${filename}
done

YukiSakamoto

Quantum ESPRESSOは、オープンソースの第一原理計算ソフトウェアです。 QEのビルド・テスト・ポテンシャルの作成あたりまでやります。

前提

ここでは、Intel compiler及びIntelMKLを使った並列計算用のビルド方法を書きます。 OpenMPは使っていません。

pw.x のビルド

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#include <cstdio>

void func(int a, int b, int c) {
    std::printf("%d %d %d\n", a, b, c);
}

int main(void)
{
    int i = 0;
    func(i++, i++, i++);

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*.eps
*.pdf
*.png
*.dat

YukiSakamoto

OPT_FLAG=-O3

all: matrix.x

matrix.x: matrix.cpp
	g++ -std=c++11 $(OPT_FLAG)  matrix.cpp -o matrix.x

.PHONY: run
run: matrix.x
	./matrix.x

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#include <mach-o/loader.h>
#include <cstdio>

void print_filetype(const uint32_t filetype)
{
    const char *msg;
    switch(filetype) {
        case MH_OBJECT:
            msg = "MH_OBJECT";
            break;

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#include <mach-o/arch.h>
#include <iostream>

int main(void)
{
    const NXArchInfo *pNXArchInfo = NXGetLocalArchInfo();
    std::cout << pNXArchInfo->name << std::endl;
    std::cout << pNXArchInfo->description << std::endl;
    return 0;
}

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dyld: lazy symbol binding failed: Symbol not found: ___emutls_get_address
  Referenced from: /Users/swakamoto/opt/gcc-9.2/lib/libmpfr.4.dylib
  Expected in: /usr/lib/libSystem.B.dylib

dyld: Symbol not found: ___emutls_get_address
  Referenced from: /Users/swakamoto/opt/gcc-9.2/lib/libmpfr.4.dylib
  Expected in: /usr/lib/libSystem.B.dylib

YukiSakamoto

def wl2wn( lambda_in_nm )
	return 10000000.0/lambda_in_nm
end

def diff_cross_section(wn)
	return 5e-48 * (wn - 2331.0)**4
end

[633, 515, 488, 458, 436].each do |wavelength|
	puts "#{wavelength}\t#{1.0e32*diff_cross_section(wl2wn(wavelength))}"

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#include "common.hpp"

#include "math_helper.hpp"
#include "gto.hpp"
#include "gto_eval.hpp"
#include "orbitals.hpp"
#include "system.hpp"
#include "hf.hpp"

#include <iostream>