mdからpdfを作成するMakefile Markdownはreport.mdで、main.texから\inputで呼ぶ感じで

Makefile

PANDOC		= pandoc
PLATEX		= pdfplatex
CONVERT   = convert
OPTIONS		= -N --no-highlight
TOFORMAT	= -t latex
PDFNAME		= report.pdf
TEXNAME		= report.tex
SRCTEX		= main.tex
SRCNAME		= report.md
IMAGES		= # 複数個指定可能．拡張子はepsで指定．

all:			$(PDFNAME)

$(PDFNAME):		$(TEXNAME)
				$(PLATEX) $(SRCTEX) -o $(PDFNAME)

# 画像幅を10cmに
# 画像の位置をその場に固定
# longtableを通常のtableに変更
# 表のキャプションの位置を変更
$(TEXNAME):		$(SRCNAME) $(IMAGES)
				$(PANDOC) $(SRCNAME) $(OPTIONS) $(TOFORMAT) \
				| sed 's/includegraphics/includegraphics[width=10cm]/g' \
				| sed 's/{figure}\[htbp\]/{figure}\[H\]/g' \
				| sed 's/\\addlinespace//g' \
				| sed 's/\\midrule\\endhead/\\hline/g' \
				| sed 's/\\toprule/\\hline/g' \
				| sed 's/\\bottomrule/\\hline\\end{tabular}/g' \
				| sed 's/{longtable}\[c\]/{table}[H]\\centering\\begin{tabular}/g' \
				| sed 's/end{longtable}/end{table}/g' \
				| php replace.php \
				> $(TEXNAME)

.SUFFIXES:		.eps .png

.png.eps:
				$(CONVERT) $< $@

clean-without-pdf:; rm -f *.aux *.log *.dvi *.out *.eps

clean:; rm -f *.aux *.log *.dvi *.out *.eps $(PDFNAME)

# 参考
# http://qiita.com/mountcedar/items/e7603c2eb65661369c3b
# https://gist.github.com/syusui-s/190ad2a066d16f0b45bf

replace.php

<?php
// 無理やり表のキャプションの位置を変更
echo preg_replace('/(.begin\{table\}\[H\])(.+?)(.caption.+?)(.end\{table\})/su', '$1$3$2$4', file_get_contents('php://stdin'));