snakemake wrapper to implement Plink association testing (gwas)

plink_gwas.patch

diff --git a/bio/plink/assoc/environment.yaml b/bio/plink/assoc/environment.yaml
new file mode 100644
index 0000000..047cb3f
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/assoc/environment.yaml
@@ -0,0 +1,6 @@
+channels:
+  - bioconda
+  - conda-forge
+dependencies:
+  - plink =1.90
+  - pandas =1.1
diff --git a/bio/plink/assoc/meta.yaml b/bio/plink/assoc/meta.yaml
new file mode 100644
index 0000000..104e460
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/assoc/meta.yaml
@@ -0,0 +1,8 @@
+name: plink_assoc
+description: PLINK basic association tests for each allele, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/assoc> for details.
+authors:
+  - A.s.
+input:
+  - Plink format file(s) with genotype and phenotype information.
+output:
+  - Plink tests results in plain text table, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#assoc> for column specifications.
diff --git a/bio/plink/assoc/test/Snakefile b/bio/plink/assoc/test/Snakefile
new file mode 100644
index 0000000..036c0d9
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/assoc/test/Snakefile
@@ -0,0 +1,25 @@
+rule assoc:
+    input:
+        multiext("plinkdata.", "fam", "map", "ped")
+    output:
+        multiext("plinkdata.", "assoc.fisher", "assoc.fisher.mperm")
+    params:
+        extra_assoc="fisher-midp mperm=5000 --hwe 1e-8 midp --seed 9034"
+    threads: 1
+    log:
+        "logs/plink/assoc.log"
+    wrapper:
+        "master/bio/plink/assoc"
+
+rule qassoc:
+    input:
+        multiext("plinkQdata.", "fam", "map", "ped")
+    output:
+        multiext("plinkQdata.", "assoc", "assoc.mperm")
+    params:
+        extra_assoc="mperm=5000 --hwe 1e-8 midp --seed 9034"
+    threads: 1
+    log:
+        "logs/plink/qassoc.log"
+    wrapper:
+        "master/bio/plink/assoc"
diff --git a/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.fam b/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.fam
new file mode 100644
index 0000000..198f5ac
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.fam
@@ -0,0 +1,88 @@
+1 1 0 0 1 0
+2 2 0 0 1 0
+3 3 0 0 1 1
+4 4 0 0 1 1
+5 5 0 0 1 0
+6 6 0 0 1 0
+7 7 0 0 1 1
+8 8 0 0 1 1
+9 9 0 0 1 1
+10 10 0 0 1 1
+11 11 0 0 1 1
+12 12 0 0 1 1
+13 13 0 0 1 1
+14 14 0 0 1 0
+15 15 0 0 1 1
+16 16 0 0 1 0
+17 17 0 0 1 1
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+19 19 0 0 1 1
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+86 86 0 0 2 1
+87 87 0 0 2 1
+88 88 0 0 2 8
diff --git a/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.map b/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.map
new file mode 100644
index 0000000..0840145
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.map
@@ -0,0 +1,16 @@
+1	.	0	70404752
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+1	.	0	70450917
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+1	.	0	70452698
+1	.	0	70453393
+1	.	0	70453432
diff --git a/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.ped b/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.ped
new file mode 100644
index 0000000..cae083a
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.ped
@@ -0,0 +1,88 @@
+1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+2 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+3 3 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+4 4 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T A 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+5 5 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+6 6 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+7 7 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 T G 0 0 0 0 0 0 A G T T 0 0 0 0 0 0
+8 8 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+9 9 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+10 10 0 0 1 1 0 0 A G G A A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A C T
+11 11 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A 0 0
+12 12 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+13 13 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+14 14 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+15 15 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+16 16 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+17 17 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+18 18 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+19 19 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+20 20 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+21 21 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+22 22 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 T G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+23 23 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+24 24 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+25 25 0 0 1 1 0 0 A G G A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+26 26 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+27 27 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+28 28 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+29 29 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+30 30 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+31 31 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+32 32 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+33 33 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+34 34 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+35 35 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+36 36 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+37 37 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+38 38 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+39 39 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+40 40 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+41 41 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+42 42 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+43 43 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+44 44 0 0 2 1 0 0 A G 0 0 A G T A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+45 45 0 0 2 0 0 0 A G 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+46 46 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T G G 0 0 0 0
+47 47 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+48 48 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+49 49 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+50 50 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+51 51 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+52 52 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T A 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+53 53 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+54 54 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+55 55 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+56 56 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+57 57 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+58 58 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+59 59 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+60 60 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T G G 0 0 0 0
+61 61 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+62 62 0 0 2 1 A G 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+63 63 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+64 64 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+65 65 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+66 66 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+67 67 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+68 68 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
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new file mode 100644
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+61 61 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+62 62 0 0 2 1 A G 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+63 63 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+64 64 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+65 65 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+66 66 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+67 67 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+68 68 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+69 69 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+70 70 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A 0 0
+71 71 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+72 72 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+73 73 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+74 74 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G T A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+75 75 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+76 76 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+77 77 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+78 78 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+79 79 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+80 80 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+81 81 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+82 82 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+83 83 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+84 84 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+85 85 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+86 86 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+87 87 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+88 88 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
diff --git a/bio/plink/assoc/wrapper.py b/bio/plink/assoc/wrapper.py
new file mode 100644
index 0000000..816eefb
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/assoc/wrapper.py
@@ -0,0 +1,50 @@
+"""Snakemake wrapper for plink"""
+
+__author__ = "A.s."
+__copyright__ = "Copyright 2020, A.s."
+__email__ = "lims@omics.dev"
+__license__ = "MIT"
+
+from snakemake.shell import shell
+import pandas as pd
+
+
+def get_prefix_4(pathList):
+    basenames = [x[:-4] for x in pathList]
+    if not all(x == basenames[0] for x in basenames):
+        raise Exception(
+            f"1. Something went wrong between input basenames. Keep multiext() please. ver {basenames}"
+        )
+    return basenames[0]
+
+
+def get_prefix_str(pathList, ext):
+    if len(pathList) == 0:
+        prefix = "plink"
+    else:
+        basenames = [x.split("." + ext)[0] for x in pathList]
+        if not all(x == basenames[0] for x in basenames):
+            raise Exception(
+                f"2. Something went wrong between input basenames. Keep multiext() please. ver {basenames}"
+            )
+        prefix = basenames[0]
+    return prefix
+
+
+log = snakemake.log_fmt_shell(stdout=False, stderr=True)
+prefix_in = get_prefix_4(snakemake.input)
+fam = pd.read_table(f"{prefix_in}.fam", sep=" ", header=None)
+if len(set(fam[5]).difference({-9, 0, 1, 2})) > 0:
+    prefix_out_ext = "qassoc"
+else:
+    prefix_out_ext = "assoc"
+prefix_out = get_prefix_str(snakemake.output, prefix_out_ext)
+extra_assoc = snakemake.params.get("extra_assoc", "")
+
+shell(
+    "(plink --assoc {extra_assoc}"
+    " --threads {snakemake.threads}"
+    " --ped {prefix_in}.ped --map {prefix_in}.map"
+    " --out {prefix_out} )"
+    " {log}"
+)
diff --git a/bio/plink/linear/environment.yaml b/bio/plink/linear/environment.yaml
new file mode 100644
index 0000000..9f77715
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/linear/environment.yaml
@@ -0,0 +1,5 @@
+channels:
+  - bioconda
+  - conda-forge
+dependencies:
+  - plink =1.90
diff --git a/bio/plink/linear/meta.yaml b/bio/plink/linear/meta.yaml
new file mode 100644
index 0000000..530da8e
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/linear/meta.yaml
@@ -0,0 +1,8 @@
+name: plink_linear
+description: PLINK basic association tests for each allele, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/assoc#linear> for details.
+authors:
+  - A.s.
+input:
+  - Plink format file(s) with genotype and phenotype information.
+output:
+  - Plink tests results in plain text table, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#assoc_linear> for column specifications.
diff --git a/bio/plink/linear/test/Snakefile b/bio/plink/linear/test/Snakefile
new file mode 100644
index 0000000..0202ce8
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/linear/test/Snakefile
@@ -0,0 +1,14 @@
+rule linear:
+    input:
+        multiext("plinkdata.", "fam", "map", "ped", "cov")
+    output:
+        "plinkdata.assoc.linear"
+    params:
+        extra_linear="standard-beta genotypic interaction --parameters 1-5, 7",
+        extra_covar="keep-pheno-on-missing-cov",
+        covariables=["binary_column", "case_control_with_missingness"]
+    threads: 1
+    log:
+        "logs/plink/linear.log"
+    wrapper:
+        "master/bio/plink/linear"
diff --git a/bio/plink/linear/test/plinkdata.cov b/bio/plink/linear/test/plinkdata.cov
new file mode 100644
index 0000000..5fabaaa
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/linear/test/plinkdata.cov
@@ -0,0 +1,89 @@
+FID IID binary_column case_control_with_missingness
+1 1 0 1
+2 2 0 0
+3 3 1 2
+4 4 1 2
+5 5 0 1
+6 6 0 1
+7 7 1 2
+8 8 1 2
+9 9 1 0
+10 10 1 2
+11 11 1 2
+12 12 1 2
+13 13 1 2
+14 14 0 1
+15 15 1 2
+16 16 0 1
+17 17 1 2
+18 18 1 2
+19 19 1 2
+20 20 1 2
+21 21 0 1
+22 22 1 2
+23 23 0 1
+24 24 1 2
+25 25 1 2
+26 26 0 0
+27 27 1 2
+28 28 0 1
+29 29 0 1
+30 30 0 1
+31 31 1 2
+32 32 1 2
+33 33 0 1
+34 34 1 2
+35 35 1 2
+36 36 0 1
+37 37 1 2
+38 38 1 2
+39 39 1 2
+40 40 1 2
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+45 45 0 0
+46 46 1 2
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+57 57 1 2
+58 58 1 2
+59 59 1 2
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+61 61 1 2
+62 62 1 2
+63 63 0 1
+64 64 0 1
+65 65 0 1
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+67 67 1 2
+68 68 1 2
+69 69 1 2
+70 70 1 0
+71 71 1 2
+72 72 0 1
+73 73 0 1
+74 74 1 2
+75 75 0 1
+76 76 0 1
+77 77 0 1
+78 78 1 2
+79 79 1 2
+80 80 0 1
+81 81 1 2
+82 82 0 1
+83 83 0 0
+84 84 0 1
+85 85 0 1
+86 86 1 2
+87 87 1 2
+88 88 1 2
diff --git a/bio/plink/linear/test/plinkdata.fam b/bio/plink/linear/test/plinkdata.fam
new file mode 100644
index 0000000..13bd86b
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/linear/test/plinkdata.fam
@@ -0,0 +1,88 @@
+1 1 0 0 1 -2.05
+2 2 0 0 1 -1.52
+3 3 0 0 1 1.34
+4 4 0 0 1 0.01
+5 5 0 0 1 -0.24
+6 6 0 0 1 0.83
+7 7 0 0 1 0.13
+8 8 0 0 1 1.24
+9 9 0 0 1 0.63
+10 10 0 0 1 1.39
+11 11 0 0 1 -0.99
+12 12 0 0 1 -0.73
+13 13 0 0 1 -1.08
+14 14 0 0 1 -1.53
+15 15 0 0 1 -0.42
+16 16 0 0 1 0.14
+17 17 0 0 1 1.61
+18 18 0 0 1 0.24
+19 19 0 0 1 0.37
+20 20 0 0 1 0.92
+21 21 0 0 1 -2.44
+22 22 0 0 1 1.14
+23 23 0 0 1 -0.1
+24 24 0 0 1 0.97
+25 25 0 0 1 1.03
+26 26 0 0 1 0.51
+27 27 0 0 1 -0.85
+28 28 0 0 1 -1.31
+29 29 0 0 1 0.9
+30 30 0 0 1 -1.51
+31 31 0 0 1 -1.07
+32 32 0 0 1 1.0
+33 33 0 0 1 1.29
+34 34 0 0 1 -0.82
+35 35 0 0 1 1.92
+36 36 0 0 1 1.69
+37 37 0 0 1 1.7
+38 38 0 0 1 -0.5
+39 39 0 0 1 -0.05
+40 40 0 0 2 -0.68
+41 41 0 0 2 0.85
+42 42 0 0 2 1.8
+43 43 0 0 2 -1.24
+44 44 0 0 2 -1.45
+45 45 0 0 2 1.26
+46 46 0 0 2 1.29
+47 47 0 0 2 -1.31
+48 48 0 0 2 0.35
+49 49 0 0 2 -0.23
+50 50 0 0 2 -0.15
+51 51 0 0 2 -0.55
+52 52 0 0 2 1.14
+53 53 0 0 2 0.97
+54 54 0 0 2 -0.54
+55 55 0 0 2 -0.55
+56 56 0 0 2 -0.32
+57 57 0 0 2 -2.09
+58 58 0 0 2 -1.01
+59 59 0 0 2 0.18
+60 60 0 0 2 0.86
+61 61 0 0 2 -1.47
+62 62 0 0 2 0.41
+63 63 0 0 2 -3.48
+64 64 0 0 2 -1.7
+65 65 0 0 2 0.65
+66 66 0 0 2 2.21
+67 67 0 0 2 0.96
+68 68 0 0 2 -1.77
+69 69 0 0 2 -0.04
+70 70 0 0 2 0.66
+71 71 0 0 2 1.39
+72 72 0 0 2 1.4
+73 73 0 0 2 2.0
+74 74 0 0 2 2.16
+75 75 0 0 2 -2.0
+76 76 0 0 2 -1.19
+77 77 0 0 2 -0.64
+78 78 0 0 2 1.08
+79 79 0 0 2 1.13
+80 80 0 0 2 0.08
+81 81 0 0 2 -0.89
+82 82 0 0 2 -1.98
+83 83 0 0 2 -1.7
+84 84 0 0 2 -1.18
+85 85 0 0 2 -1.12
+86 86 0 0 2 -0.62
+87 87 0 0 2 -1.12
+88 88 0 0 2 -1.42
diff --git a/bio/plink/linear/test/plinkdata.map b/bio/plink/linear/test/plinkdata.map
new file mode 100644
index 0000000..0840145
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/linear/test/plinkdata.map
@@ -0,0 +1,16 @@
+1	.	0	70404752
+1	.	0	70405237
+1	.	0	70405539
+1	.	0	70405855
+1	.	0	70406518
+1	.	0	70446110
+1	.	0	70450669
+1	.	0	70450683
+1	.	0	70450917
+1	.	0	70451064
+1	.	0	70451759
+1	.	0	70451922
+1	.	0	70452471
+1	.	0	70452698
+1	.	0	70453393
+1	.	0	70453432
diff --git a/bio/plink/linear/test/plinkdata.ped b/bio/plink/linear/test/plinkdata.ped
new file mode 100644
index 0000000..c3a6758
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/linear/test/plinkdata.ped
@@ -0,0 +1,88 @@
+1 1 0 0 1 -2.05 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+2 2 0 0 1 -1.52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+3 3 0 0 1 1.34 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+4 4 0 0 1 0.01 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T A 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+5 5 0 0 1 -0.24 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+6 6 0 0 1 0.83 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+7 7 0 0 1 0.13 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 T G 0 0 0 0 0 0 A G T T 0 0 0 0 0 0
+8 8 0 0 1 1.24 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+9 9 0 0 1 0.63 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+10 10 0 0 1 1.39 0 0 A G G A A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A C T
+11 11 0 0 1 -0.99 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A 0 0
+12 12 0 0 1 -0.73 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+13 13 0 0 1 -1.08 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+14 14 0 0 1 -1.53 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+15 15 0 0 1 -0.42 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+16 16 0 0 1 0.14 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+17 17 0 0 1 1.61 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+18 18 0 0 1 0.24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+19 19 0 0 1 0.37 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+20 20 0 0 1 0.92 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+21 21 0 0 1 -2.44 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+22 22 0 0 1 1.14 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 T G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+23 23 0 0 1 -0.1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+24 24 0 0 1 0.97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+25 25 0 0 1 1.03 0 0 A G G A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+26 26 0 0 1 0.51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+27 27 0 0 1 -0.85 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+28 28 0 0 1 -1.31 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+29 29 0 0 1 0.9 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+30 30 0 0 1 -1.51 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+31 31 0 0 1 -1.07 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+32 32 0 0 1 1.0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+33 33 0 0 1 1.29 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+34 34 0 0 1 -0.82 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+35 35 0 0 1 1.92 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+36 36 0 0 1 1.69 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+37 37 0 0 1 1.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+38 38 0 0 1 -0.5 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+39 39 0 0 1 -0.05 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+40 40 0 0 2 -0.68 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+41 41 0 0 2 0.85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+42 42 0 0 2 1.8 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+43 43 0 0 2 -1.24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+44 44 0 0 2 -1.45 0 0 A G 0 0 A G T A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+45 45 0 0 2 1.26 0 0 A G 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+46 46 0 0 2 1.29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T G G 0 0 0 0
+47 47 0 0 2 -1.31 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+48 48 0 0 2 0.35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+49 49 0 0 2 -0.23 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+50 50 0 0 2 -0.15 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+51 51 0 0 2 -0.55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+52 52 0 0 2 1.14 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T A 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+53 53 0 0 2 0.97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+54 54 0 0 2 -0.54 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+55 55 0 0 2 -0.55 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+56 56 0 0 2 -0.32 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+57 57 0 0 2 -2.09 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+58 58 0 0 2 -1.01 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+59 59 0 0 2 0.18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+60 60 0 0 2 0.86 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T G G 0 0 0 0
+61 61 0 0 2 -1.47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+62 62 0 0 2 0.41 A G 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+63 63 0 0 2 -3.48 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+64 64 0 0 2 -1.7 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+65 65 0 0 2 0.65 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+66 66 0 0 2 2.21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+67 67 0 0 2 0.96 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+68 68 0 0 2 -1.77 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+69 69 0 0 2 -0.04 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+70 70 0 0 2 0.66 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A 0 0
+71 71 0 0 2 1.39 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+72 72 0 0 2 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+73 73 0 0 2 2.0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+74 74 0 0 2 2.16 0 0 0 0 0 0 A G T A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+75 75 0 0 2 -2.0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+76 76 0 0 2 -1.19 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+77 77 0 0 2 -0.64 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+78 78 0 0 2 1.08 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+79 79 0 0 2 1.13 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+80 80 0 0 2 0.08 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+81 81 0 0 2 -0.89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+82 82 0 0 2 -1.98 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+83 83 0 0 2 -1.7 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+84 84 0 0 2 -1.18 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+85 85 0 0 2 -1.12 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+86 86 0 0 2 -0.62 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+87 87 0 0 2 -1.12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+88 88 0 0 2 -1.42 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
diff --git a/bio/plink/linear/wrapper.py b/bio/plink/linear/wrapper.py
new file mode 100644
index 0000000..72b7480
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/linear/wrapper.py
@@ -0,0 +1,40 @@
+"""Snakemake wrapper for plink"""
+
+__author__ = "A.s."
+__copyright__ = "Copyright 2020, A.s."
+__email__ = "lims@omics.dev"
+__license__ = "MIT"
+
+from snakemake.shell import shell
+
+
+def get_prefix_str(pathList, ext):
+    if len(pathList) == 0:
+        prefix == "plink"
+    else:
+        basenames = [x.split("." + ext)[0] for x in pathList]
+        if not all(x == basenames[0] for x in basenames):
+            raise Exception(
+                "Something went wrong between output basenames. Keep multiext() please!"
+            )
+        prefix = basenames[0]
+    return prefix
+
+
+log = snakemake.log_fmt_shell(stdout=False, stderr=True)
+prefix = get_prefix_str(snakemake.output, "assoc.linear")
+extra_linear = snakemake.params.get("extra_linear", "")
+extra_covar = snakemake.params.get("extra_covar", "")
+covar_names = snakemake.params.get("covariables", "")
+
+if len(covar_names) > 0:
+    covar_names = str(covar_names)[1:-1]
+    covar = f" --covar {prefix}.cov {extra_covar} --covar-name {covar_names} "
+else:
+    covar = ""
+
+shell(
+    "(plink --linear {extra_linear} {covar} --threads {snakemake.threads}"
+    " --ped {prefix}.ped --map {prefix}.map --out {prefix} )"
+    " {log}"
+)
diff --git a/bio/plink/logistic/environment.yaml b/bio/plink/logistic/environment.yaml
new file mode 100644
index 0000000..9f77715
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/logistic/environment.yaml
@@ -0,0 +1,5 @@
+channels:
+  - bioconda
+  - conda-forge
+dependencies:
+  - plink =1.90
diff --git a/bio/plink/logistic/meta.yaml b/bio/plink/logistic/meta.yaml
new file mode 100644
index 0000000..188bea2
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/logistic/meta.yaml
@@ -0,0 +1,8 @@
+name: plink_logistic
+description: PLINK basic association tests for each allele, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/assoc#linear> for details.
+authors:
+  - A.s.
+input:
+  - Plink format file(s) with genotype and phenotype information.
+output:
+  - Plink tests results in plain text table, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#assoc_linear> for column specifications.
diff --git a/bio/plink/logistic/test/Snakefile b/bio/plink/logistic/test/Snakefile
new file mode 100644
index 0000000..09ccf21
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/logistic/test/Snakefile
@@ -0,0 +1,14 @@
+rule logistic:
+    input:
+        multiext("plinkdata.", "fam", "map", "ped", "cov")
+    output:
+        "plinkdata.assoc.logistic"
+    params:
+        extra_logistic="--parameters 1-5, 7",
+        extra_covar="",
+        covariables=["quantitative_column", "case_control_with_missingness"]
+    threads: 1
+    log:
+        "logs/plink/logistic.log"
+    wrapper:
+        "master/bio/plink/logistic"
diff --git a/bio/plink/logistic/test/plinkdata.cov b/bio/plink/logistic/test/plinkdata.cov
new file mode 100644
index 0000000..f2c635d
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/logistic/test/plinkdata.cov
@@ -0,0 +1,89 @@
+FID IID quantitative_column case_control_with_missingness
+1 1 -2.05 1
+2 2 -1.52 0
+3 3 1.34 2
+4 4 0.01 2
+5 5 -0.24 1
+6 6 0.83 1
+7 7 0.13 2
+8 8 1.24 2
+9 9 0.63 0
+10 10 1.39 2
+11 11 -0.99 2
+12 12 -0.73 2
+13 13 -1.08 2
+14 14 -1.53 1
+15 15 -0.42 2
+16 16 0.14 1
+17 17 1.61 2
+18 18 0.24 2
+19 19 0.37 2
+20 20 0.92 2
+21 21 -2.44 1
+22 22 1.14 2
+23 23 -0.1 1
+24 24 0.97 2
+25 25 1.03 2
+26 26 0.51 0
+27 27 -0.85 2
+28 28 -1.31 1
+29 29 0.9 1
+30 30 -1.51 1
+31 31 -1.07 2
+32 32 1.0 2
+33 33 1.29 1
+34 34 -0.82 2
+35 35 1.92 2
+36 36 1.69 1
+37 37 1.7 2
+38 38 -0.5 2
+39 39 -0.05 2
+40 40 -0.68 2
+41 41 0.85 2
+42 42 1.8 2
+43 43 -1.24 2
+44 44 -1.45 2
+45 45 1.26 0
+46 46 1.29 2
+47 47 -1.31 2
+48 48 0.35 2
+49 49 -0.23 2
+50 50 -0.15 2
+51 51 -0.55 2
+52 52 1.14 2
+53 53 0.97 2
+54 54 -0.54 2
+55 55 -0.55 2
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+57 57 -2.09 2
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+76 76 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+77 77 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+78 78 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+79 79 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+80 80 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+81 81 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+82 82 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+83 83 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+84 84 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+85 85 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+86 86 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+87 87 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+88 88 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
diff --git a/bio/plink/logistic/wrapper.py b/bio/plink/logistic/wrapper.py
new file mode 100644
index 0000000..5825688
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/logistic/wrapper.py
@@ -0,0 +1,40 @@
+"""Snakemake wrapper for plink"""
+
+__author__ = "A.s."
+__copyright__ = "Copyright 2020, A.s."
+__email__ = "lims@omics.dev"
+__license__ = "MIT"
+
+from snakemake.shell import shell
+
+
+def get_prefix_str(pathList, ext):
+    if len(pathList) == 0:
+        prefix = "plink"
+    else:
+        basenames = [x.split("." + ext)[0] for x in pathList]
+        if not all(x == basenames[0] for x in basenames):
+            raise Exception(
+                "Something went wrong between output basenames. Keep multiext() please!"
+            )
+        prefix = basenames[0]
+    return prefix
+
+
+log = snakemake.log_fmt_shell(stdout=False, stderr=True)
+prefix = get_prefix_str(snakemake.output, "assoc.logistic")
+extra_logistic = snakemake.params.get("extra_logistic", "")
+extra_covar = snakemake.params.get("extra_covar", "")
+covar_names = snakemake.params.get("covariables", "")
+
+if len(covar_names) > 0:
+    covar_names = str(covar_names)[1:-1]
+    covar = f" --covar {prefix}.cov {extra_covar} --covar-name {covar_names} "
+else:
+    covar = ""
+
+shell(
+    "(plink --logistic {extra_logistic} {covar} --threads {snakemake.threads}"
+    " --ped {prefix}.ped --map {prefix}.map --out {prefix} )"
+    " {log}"
+)
diff --git a/bio/plink/model/environment.yaml b/bio/plink/model/environment.yaml
new file mode 100644
index 0000000..9f77715
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/model/environment.yaml
@@ -0,0 +1,5 @@
+channels:
+  - bioconda
+  - conda-forge
+dependencies:
+  - plink =1.90
diff --git a/bio/plink/model/meta.yaml b/bio/plink/model/meta.yaml
new file mode 100644
index 0000000..5367997
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/model/meta.yaml
@@ -0,0 +1,8 @@
+name: plink_model
+description: PLINK basic association tests for each allele, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/assoc#model> for details.
+authors:
+  - A.s.
+input:
+  - Plink format file(s) with genotype and phenotype information.
+output:
+  - Plink tests results in plain text table, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#model> for column specifications.
diff --git a/bio/plink/model/test/Snakefile b/bio/plink/model/test/Snakefile
new file mode 100644
index 0000000..1d51635
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/model/test/Snakefile
@@ -0,0 +1,12 @@
+rule model:
+    input:
+        multiext("plinkdata.", "fam", "map", "ped")
+    output:
+        multiext("plinkdata.", "model", "model.best.fisher.mperm")
+    params:
+        extra_model="fisher-midp mperm=5000 --hwe 1e-8 midp --seed 9034"
+    threads: 1
+    log:
+        "logs/plink/model.log"
+    wrapper:
+        "master/bio/plink/model"
diff --git a/bio/plink/model/test/plinkdata.fam b/bio/plink/model/test/plinkdata.fam
new file mode 100644
index 0000000..9bdc157
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/model/test/plinkdata.fam
@@ -0,0 +1,88 @@
+1 1 0 0 1 0
+2 2 0 0 1 0
+3 3 0 0 1 1
+4 4 0 0 1 1
+5 5 0 0 1 0
+6 6 0 0 1 0
+7 7 0 0 1 1
+8 8 0 0 1 1
+9 9 0 0 1 1
+10 10 0 0 1 1
+11 11 0 0 1 1
+12 12 0 0 1 1
+13 13 0 0 1 1
+14 14 0 0 1 0
+15 15 0 0 1 1
+16 16 0 0 1 0
+17 17 0 0 1 1
+18 18 0 0 1 1
+19 19 0 0 1 1
+20 20 0 0 1 1
+21 21 0 0 1 0
+22 22 0 0 1 1
+23 23 0 0 1 0
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+29 29 0 0 1 0
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+86 86 0 0 2 1
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+88 88 0 0 2 1
diff --git a/bio/plink/model/test/plinkdata.map b/bio/plink/model/test/plinkdata.map
new file mode 100644
index 0000000..0840145
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/model/test/plinkdata.map
@@ -0,0 +1,16 @@
+1	.	0	70404752
+1	.	0	70405237
+1	.	0	70405539
+1	.	0	70405855
+1	.	0	70406518
+1	.	0	70446110
+1	.	0	70450669
+1	.	0	70450683
+1	.	0	70450917
+1	.	0	70451064
+1	.	0	70451759
+1	.	0	70451922
+1	.	0	70452471
+1	.	0	70452698
+1	.	0	70453393
+1	.	0	70453432
diff --git a/bio/plink/model/test/plinkdata.ped b/bio/plink/model/test/plinkdata.ped
new file mode 100644
index 0000000..cae083a
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/model/test/plinkdata.ped
@@ -0,0 +1,88 @@
+1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+2 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+3 3 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+4 4 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T A 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+5 5 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+6 6 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+7 7 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 T G 0 0 0 0 0 0 A G T T 0 0 0 0 0 0
+8 8 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+9 9 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+10 10 0 0 1 1 0 0 A G G A A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A C T
+11 11 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A 0 0
+12 12 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+13 13 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+14 14 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+15 15 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+16 16 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+17 17 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+18 18 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+19 19 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+20 20 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+21 21 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+22 22 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 T G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+23 23 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+24 24 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+25 25 0 0 1 1 0 0 A G G A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+26 26 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+27 27 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+28 28 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+29 29 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+30 30 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+31 31 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+32 32 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+33 33 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+34 34 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+35 35 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+36 36 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+37 37 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+38 38 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+39 39 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+40 40 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+41 41 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+42 42 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+43 43 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+44 44 0 0 2 1 0 0 A G 0 0 A G T A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+45 45 0 0 2 0 0 0 A G 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+46 46 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T G G 0 0 0 0
+47 47 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+48 48 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+49 49 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+50 50 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+51 51 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+52 52 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T A 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+53 53 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+54 54 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+55 55 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+56 56 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+57 57 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+58 58 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+59 59 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+60 60 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T G G 0 0 0 0
+61 61 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+62 62 0 0 2 1 A G 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+63 63 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+64 64 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+65 65 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+66 66 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+67 67 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+68 68 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+69 69 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+70 70 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A 0 0
+71 71 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+72 72 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+73 73 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+74 74 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G T A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+75 75 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+76 76 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+77 77 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
+78 78 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+79 79 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+80 80 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+81 81 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+82 82 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+83 83 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+84 84 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+85 85 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+86 86 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+87 87 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
+88 88 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
diff --git a/bio/plink/model/wrapper.py b/bio/plink/model/wrapper.py
new file mode 100644
index 0000000..8943987
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/model/wrapper.py
@@ -0,0 +1,34 @@
+"""Snakemake wrapper for plink"""
+
+__author__ = "A.s."
+__copyright__ = "Copyright 2020, A.s."
+__email__ = "lims@omics.dev"
+__license__ = "MIT"
+
+from snakemake.shell import shell
+
+
+def get_prefix_str(pathList, ext):
+    if len(pathList) == 0:
+        prefix = "plink"
+    else:
+        basenames = [x.split("." + ext)[0] for x in pathList]
+        if not all(x == basenames[0] for x in basenames):
+            raise Exception(
+                "Something went wrong between output basenames. Keep multiext() please!"
+            )
+        prefix = basenames[0]
+    return prefix
+
+
+log = snakemake.log_fmt_shell(stdout=False, stderr=True)
+prefix = get_prefix_str(snakemake.output, "model")
+extra_model = snakemake.params.get("extra_model", "")
+
+shell(
+    "(plink --model {extra_model}"
+    " --threads {snakemake.threads}"
+    " --ped {prefix}.ped --map {prefix}.map"
+    " --out {prefix} )"
+    " {log}"
+)
diff --git a/bio/plink/preprocess/environment.yaml b/bio/plink/preprocess/environment.yaml
new file mode 100644
index 0000000..047cb3f
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/preprocess/environment.yaml
@@ -0,0 +1,6 @@
+channels:
+  - bioconda
+  - conda-forge
+dependencies:
+  - plink =1.90
+  - pandas =1.1
diff --git a/bio/plink/preprocess/meta.yaml b/bio/plink/preprocess/meta.yaml
new file mode 100644
index 0000000..4382ed4
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/preprocess/meta.yaml
@@ -0,0 +1,9 @@
+name: plink_preprocess
+description: Convert from standard formats (VCF for genotypes and CSV for phenotypes) and the file formats (fam/ map/ ped) used by PLINK. See https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats and https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/input for further details about the file formats used by PLINK. Also consider reading https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/data for all the available extra params (file and recode). Parameter 'phenotype_column_name' is mandatory. Sex colum name and male/ female encoding should be provided but they're optional. Covariables (a list of column names) will be optionally used in Linear/ Logistic regression testing only.
+authors:
+  - A.s.
+input:
+  - A VCF-formatted file
+  - A CSV-formatted file
+output:
+  - Plink format files (fam/ map/ ped) with genotype and phenotype information ready for association testing.
diff --git a/bio/plink/preprocess/test/Snakefile b/bio/plink/preprocess/test/Snakefile
new file mode 100644
index 0000000..3bb805c
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/preprocess/test/Snakefile
@@ -0,0 +1,19 @@
+rule preprocess:
+    input:
+        vcf="min.vcf",
+        csv="min.csv"
+    output:
+        multiext("plinkdata.", "fam", "map", "ped", "cov")
+    params:
+        extra_recode="",
+        extra_file="",
+        missing_code="0",
+        phenotype_column_name="binary_column",
+        sex_column_name="sex_column",
+        sex_male_code="male",
+        sex_female_code="female",
+        covariables=["quantitative_column", "case_control_with_missingness"]
+    log:
+        "logs/plink/preprocess.log"
+    wrapper:
+        "master/bio/plink/preprocess"
diff --git a/bio/plink/preprocess/test/min.csv b/bio/plink/preprocess/test/min.csv
new file mode 100644
index 0000000..6a0392a
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/preprocess/test/min.csv
@@ -0,0 +1,89 @@
+sample_id,binary_column,quantitative_column,case_control_with_missingness,sex_column
+1,1,-2.05,1,male
+2,1,-1.52,0,male
+3,2,1.34,2,male
+4,2,0.01,2,male
+5,1,-0.24,1,male
+6,1,0.83,1,male
+7,2,0.13,2,male
+8,2,1.24,2,male
+9,2,0.63,0,male
+10,2,1.39,2,male
+11,2,-0.99,2,male
+12,2,-0.73,2,male
+13,2,-1.08,2,male
+14,1,-1.53,1,male
+15,2,-0.42,2,male
+16,1,0.14,1,male
+17,2,1.61,2,male
+18,2,0.24,2,male
+19,2,0.37,2,male
+20,2,0.92,2,male
+21,1,-2.44,1,male
+22,2,1.14,2,male
+23,1,-0.1,1,male
+24,2,0.97,2,male
+25,2,1.03,2,male
+26,1,0.51,0,male
+27,2,-0.85,2,male
+28,1,-1.31,1,male
+29,1,0.9,1,male
+30,1,-1.51,1,male
+31,2,-1.07,2,male
+32,2,1,2,male
+33,1,1.29,1,male
+34,2,-0.82,2,male
+35,2,1.92,2,male
+36,1,1.69,1,male
+37,2,1.7,2,male
+38,2,-0.5,2,male
+39,2,-0.05,2,male
+40,2,-0.68,2,female
+41,2,0.85,2,female
+42,2,1.8,2,female
+43,2,-1.24,2,female
+44,2,-1.45,2,female
+45,1,1.26,0,female
+46,2,1.29,2,female
+47,2,-1.31,2,female
+48,2,0.35,2,female
+49,2,-0.23,2,female
+50,2,-0.15,2,female
+51,2,-0.55,2,female
+52,2,1.14,2,female
+53,2,0.97,2,female
+54,2,-0.54,2,female
+55,2,-0.55,2,female
+56,2,-0.32,2,female
+57,2,-2.09,2,female
+58,2,-1.01,2,female
+59,2,0.18,2,female
+60,2,0.86,2,female
+61,2,-1.47,2,female
+62,2,0.41,2,female
+63,1,-3.48,1,female
+64,1,-1.7,1,female
+65,1,0.65,1,female
+66,1,2.21,1,female
+67,2,0.96,2,female
+68,2,-1.77,2,female
+69,2,-0.04,2,female
+70,2,0.66,0,female
+71,2,1.39,2,female
+72,1,1.4,1,female
+73,1,2,1,female
+74,2,2.16,2,female
+75,1,-2,1,female
+76,1,-1.19,1,female
+77,1,-0.64,1,female
+78,2,1.08,2,female
+79,2,1.13,2,female
+80,1,0.08,1,female
+81,2,-0.89,2,female
+82,1,-1.98,1,female
+83,1,-1.7,0,female
+84,1,-1.18,1,female
+85,1,-1.12,1,female
+86,2,-0.62,2,female
+87,2,-1.12,2,female
+88,2,-1.42,2,female
diff --git a/bio/plink/preprocess/test/min.vcf b/bio/plink/preprocess/test/min.vcf
new file mode 100644
index 0000000..32f5247
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/preprocess/test/min.vcf
@@ -0,0 +1,87 @@
+##fileformat=VCFv4.1
+##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
+##fileDate=20200403
+##fileUTCtime=2020-04-03T13:51:41
+##FILTER=<ID=NOCALL,Description="Generic filter. Filtering details stored in FR info tag.">
+##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
+##INFO=<ID=HS,Number=0,Type=Flag,Description="Indicate it is at a hot spot">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus">
+##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations">
+##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
+##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
+##INFO=<ID=SRR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the reverse strand">
+##INFO=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations on the forward strand">
+##INFO=<ID=SAR,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations on the reverse strand">
+##INFO=<ID=FDP,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator read depth at the locus">
+##INFO=<ID=FRO,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Reference allele observations">
+##INFO=<ID=FAO,Number=A,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Alternate allele observations">
+##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency based on Flow Evaluator observation counts">
+##INFO=<ID=FSRF,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Reference observations on the forward strand">
+##INFO=<ID=FSRR,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Reference observations on the reverse strand">
+##INFO=<ID=FSAF,Number=A,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Alternate allele observations on the forward strand">
+##INFO=<ID=FSAR,Number=A,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Alternate allele observations on the reverse strand">
+##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex.">
+##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length">
+##INFO=<ID=HRUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome">
+##INFO=<ID=MLLD,Number=A,Type=Float,Description="Mean log-likelihood delta per read.">
+##INFO=<ID=FWDB,Number=A,Type=Float,Description="Forward strand bias in prediction.">
+##INFO=<ID=REVB,Number=A,Type=Float,Description="Reverse strand bias in prediction.">
+##INFO=<ID=REFB,Number=A,Type=Float,Description="Reference Hypothesis bias in prediction.">
+##INFO=<ID=VARB,Number=A,Type=Float,Description="Variant Hypothesis bias in prediction.">
+##INFO=<ID=STB,Number=A,Type=Float,Description="Strand bias in variant relative to reference.">
+##INFO=<ID=STBP,Number=A,Type=Float,Description="Pval of Strand bias in variant relative to reference.">
+##INFO=<ID=RBI,Number=A,Type=Float,Description="Distance of bias parameters from zero.">
+##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="QualityByDepth as 4*QUAL/FDP (analogous to GATK)">
+##INFO=<ID=FXX,Number=1,Type=Float,Description="Flow Evaluator failed read ratio">
+##INFO=<ID=FR,Number=.,Type=String,Description="Reason why the variant was filtered.">
+##INFO=<ID=INFO,Number=.,Type=String,Description="Information about variant realignment and healing.">
+##INFO=<ID=SSSB,Number=A,Type=Float,Description="Strand-specific strand bias for allele.">
+##INFO=<ID=SSEN,Number=A,Type=Float,Description="Strand-specific-error prediction on negative strand.">
+##INFO=<ID=SSEP,Number=A,Type=Float,Description="Strand-specific-error prediction on positive strand.">
+##INFO=<ID=PB,Number=A,Type=Float,Description="Bias of relative variant position in reference reads versus variant reads. Equals Mann-Whitney U rho statistic P(Y>X)+0.5P(Y=X)">
+##INFO=<ID=PBP,Number=A,Type=Float,Description="Pval of relative variant position in reference reads versus variant reads.  Related to GATK ReadPosRankSumTest">
+##INFO=<ID=FDVR,Number=A,Type=Integer,Description="Level of Flow Disruption of the alternative allele versus reference.">
+##INFO=<ID=OID,Number=.,Type=String,Description="List of original Hotspot IDs">
+##INFO=<ID=OPOS,Number=.,Type=Integer,Description="List of original allele positions">
+##INFO=<ID=OREF,Number=.,Type=String,Description="List of original reference bases">
+##INFO=<ID=OALT,Number=.,Type=String,Description="List of original variant bases">
+##INFO=<ID=OMAPALT,Number=.,Type=String,Description="Maps OID,OPOS,OREF,OALT entries to specific ALT alleles">
+##INFO=<ID=UFR,Number=.,Type=String,Description="List of ALT alleles with Unexpected Filter thresholds">
+##INFO=<ID=SUBSET,Number=A,Type=String,Description="1-based index in ALT list of genotyped allele(s) that are a strict superset">
+##INFO=<ID=HS_ONLY,Number=1,Type=Integer,Description="Corresponding value from target file meta information">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
+##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count">
+##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count">
+##FORMAT=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
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+##FORMAT=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations on the forward strand">
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+##FORMAT=<ID=FDP,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Read Depth">
+##FORMAT=<ID=FRO,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Reference allele observation count">
+##FORMAT=<ID=FAO,Number=A,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Alternate allele observation count">
+##FORMAT=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency based on Flow Evaluator observation counts">
+##FORMAT=<ID=FSRF,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator reference observations on the forward strand">
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+##FORMAT=<ID=FSAF,Number=A,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Alternate allele observations on the forward strand">
+##FORMAT=<ID=FSAR,Number=A,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Alternate allele observations on the reverse strand">
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+chr1	70453393	.	A	AC	15.704	PASS	AF=0.387755;AO=17;DP=49;FAO=19;FDP=49;FDVR=5;FR=.;FRO=30;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=28;FWDB=-0.036708;FXX=0;HRUN=0;HS_ONLY=0;LEN=1;MLLD=13.4029;OALT=C;OID=.;OMAPALT=AC;OPOS=70453394;OREF=-;PB=0.5;PBP=1;QD=1.28196;RBI=0.0555484;REFB=-0.129186;REVB=-0.0416911;RO=28;SAF=0;SAR=17;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.757994;STB=0.99898;STBP=0.187;TYPE=ins;VARB=0.145684	GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	0/1:15:49:49:28:30:17:19:0.387755:17:0:2:26:19:0:2:28	0/1:41:47:47:27:21:17:26:0.553191:17:0:3:24:26:0:3:18	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	0/1:19:58:58:37:38:17:20:0.344828:17:0:4:33:20:0:4:34	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
+chr1	70453432	.	T	C	31.4643	PASS	AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FDVR=5;FR=.;FRO=28;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=26;FWDB=-0.0816045;FXX=0;HRUN=5;HS_ONLY=0;LEN=1;MLLD=91.8781;OALT=C;OID=.;OMAPALT=C;OPOS=70453432;OREF=T;PB=0.5;PBP=1;QD=2.79683;RBI=0.0819238;REFB=-0.00311202;REVB=-0.00722596;RO=27;SAF=0;SAR=17;SRF=1;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.756861;STB=0.998865;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0101111	GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	0/1:31:44:45:27:28:17:17:0.377778:17:0:1:26:17:0:2:26	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
diff --git a/bio/plink/preprocess/wrapper.py b/bio/plink/preprocess/wrapper.py
new file mode 100644
index 0000000..fc98e2c
--- /dev/null
+++ b/bio/plink/preprocess/wrapper.py
@@ -0,0 +1,69 @@
+"""Snakemake wrapper for plink"""
+
+__author__ = "A.s."
+__copyright__ = "Copyright 2020, A.s."
+__email__ = "lims@omics.dev"
+__license__ = "MIT"
+
+from snakemake.shell import shell
+import pandas as pd
+
+
+def get_prefix_4(pathList):
+    basenames = [x[:-4] for x in pathList]
+    if not all(x == basenames[0] for x in basenames):
+        raise Exception(
+            "Something went wrong between output basenames. Keep multiext() please!"
+        )
+    return basenames[0]
+
+
+log = snakemake.log_fmt_shell(stdout=False, stderr=True)
+prefix = get_prefix_4(snakemake.output)
+extra_recode = snakemake.params.get("extra_recode", "")
+extra_file = snakemake.params.get("extra_file", "")
+miss = snakemake.params.get("missing_code", "-9")
+pheno_column = snakemake.params.get("phenotype_column_name", "")
+sex_column = snakemake.params.get("sex_column_name", "")
+male_code = snakemake.params.get("sex_male_code", "")
+female_code = snakemake.params.get("sex_female_code", "")
+covariables = snakemake.params.get("covariables", "")
+
+if "tab" in extra_recode:
+    raise Exception(
+        "Sorry, data files must use space separator."
+        "Please avoid using 'tab' extra option at recode."
+    )
+
+shell(
+    "(plink --vcf {snakemake.input.vcf}"
+    " --recode {extra_recode} --out {prefix} \n"
+    "plink --file {prefix} {extra_file} --make-just-fam --out {prefix} \n"
+    "rm {prefix}.nosex)"
+    " {log}"
+)
+
+
+csv = pd.read_csv(snakemake.input.csv)
+ped = pd.read_table(f"{prefix}.ped", sep=" ", header=None)
+fam = pd.read_table(f"{prefix}.fam", sep=" ", header=None)
+
+fam[4] = csv[sex_column].map({male_code: 1, female_code: 2})
+fam[5] = csv[pheno_column]
+ped[list(range(6))] = fam
+
+fam.to_csv(f"{prefix}.fam", sep=" ", na_rep=miss, header=False, index=False)
+ped.to_csv(f"{prefix}.ped", sep=" ", na_rep=miss, header=False, index=False)
+
+if len(covariables) > 0:
+    cov_columns = [fam[0], fam[1]]
+    for c in covariables:
+        cov_columns += [csv[c]]
+    cov = pd.concat(cov_columns, ignore_index=True, axis=1)
+    cov.to_csv(
+        f"{prefix}.cov",
+        sep=" ",
+        na_rep=miss,
+        header=["FID", "IID"] + covariables,
+        index=False,
+    )
diff --git a/test.py b/test.py
index 338579d..14b3638 100644
--- a/test.py
+++ b/test.py
@@ -125,6 +125,50 @@ def run(wrapper, cmd, check_log=None):
             os.chdir(origdir)
 
 
+@skip_if_not_modified
+def test_plink_preprocess():
+   run(
+       "bio/plink/preprocess",
+       ["snakemake", "--cores", "1", "--use-conda", "plinkdata.map"],
+   )
+
+
+@skip_if_not_modified
+def test_plink_assoc():
+    run(
+        "bio/plink/assoc",
+        ["snakemake", "--cores", "1", "--use-conda", "plinkdata.assoc.fisher"],
+    )
+    run(
+        "bio/plink/assoc",
+        ["snakemake", "--cores", "1", "--use-conda", "plinkQdata.assoc"],
+    )
+
+
+@skip_if_not_modified
+def test_plink_model():
+   run(
+       "bio/plink/model",
+       ["snakemake", "--cores", "1", "--use-conda", "plinkdata.model"],
+   )
+
+
+@skip_if_not_modified
+def test_plink_logistic():
+   run(
+       "bio/plink/logistic",
+       ["snakemake", "--cores", "1", "--use-conda", "plinkdata.assoc.logistic"],
+   )
+
+
+@skip_if_not_modified
+def test_plink_linear():
+   run(
+       "bio/plink/linear",
+       ["snakemake", "--cores", "1", "--use-conda", "plinkdata.assoc.linear"],
+   )
+
+
 @skip_if_not_modified

Save this patch file in your snakemake-wrappers fork and run: git apply plink_gwas.patch. Optionally, before applying use --stat option from git-apply to see a dry-run of the file changes.

It's been a year since I abandoned this work. IIRC, merging into the snakemake wrappers was not possible due to the high quality standard restrictions, the issue was mainly in regard to plink interface. I added the "keep multiext please" note to enforce the plink interface (all files should have the same name). This is in direct conflict to the flexibility expected for a snakemake wrapper.