Perl : PDLを使って偏相関係数行列を生成

partial_corr_demo.pl

use strict;
use warnings;
use PDL;
use PDL::Stats::Basic;
# モジュール化するまでも無いのでgistに載せます。
# ランダム要素を無くすと出力がInfになったりするのでそこはご愛嬌ということで。
# また、対角要素は-1になってしまいます。

# 偏相関係数行列を求める関数
sub partial_corr{
    my $data = shift;
    my $pdl = pdl $data;
    my $corr = corr_table($pdl->transpose);
    my $inv = inv $corr;
    my $d = $inv->diagonal(0,1);
    my $i = -$inv / sqrt(outer($d,$d));
    return $i;
}

# 以下デモ部分
# データを生成して確認
my $data;
for(1 .. 100000){
    my $tmp_1 = rand(100); # データ1
    my $tmp_2 = rand(100); # データ2
    my $tmp_3 = $tmp_1 + rand(10); # データ1と相関のあるデータ3
    my $tmp_4 = $tmp_2 + rand(10); # データ2と相関のあるデータ4
    my $tmp_5 = $tmp_1 + $tmp_2 + rand(10); # データ1,2と相関のあるデータ5
    my $tmp_6 = $tmp_3 + $tmp_4 + rand(10); # データ3,4と相関のあるデータ6
    my $tmp_7 = rand(100); # どのデータとも相関の無いデータ7
    push(@$data,[$tmp_1,$tmp_2,$tmp_3,$tmp_4,$tmp_5,$tmp_6,$tmp_7]);
}

my $pc = partial_corr($data);
print $pc;