Data to reproduce gbm error with caret

gbm_caret_issue.R

issueDataframe <-
structure(list(relatedness_cottle = c(6L, 8L, 8L, 8L, 6L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 8L, 8L, 0L, 8L, 8L, 
0L, 0L, 8L, 6L, 8L, 6L, 6L, 0L, 6L, 8L, 0L, 6L, 8L, 0L, 0L, 6L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L), dominance_cottle = c(6L, 
6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 4L, 4L, 6L, 4L, 6L, 6L, 4L, 4L, 6L, 
6L, 6L, 4L, 6L, 6L, 6L, 4L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 4L, 6L, 6L, 4L, 
6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 4L, 4L, 4L, 6L, 6L, 6L, 4L, 6L, 6L, 
4L), time_spent = c(12340.3333333333, 26208.6666666667, 26208.6666666667, 
26208.6666666667, 12340.3333333333, 20822, 20822, 20822, 26832.3333333333, 
26832.3333333333, 20822, 26832.3333333333, 20822, 12340.3333333333, 
26832.3333333333, 26832.3333333333, 20822, 26208.6666666667, 
26208.6666666667, 26832.3333333333, 26208.6666666667, 26208.6666666667, 
20822, 26832.3333333333, 26208.6666666667, 12340.3333333333, 
26208.6666666667, 12340.3333333333, 12340.3333333333, 26832.3333333333, 
12340.3333333333, 26208.6666666667, 26832.3333333333, 12340.3333333333, 
26208.6666666667, 20822, 20822, 12340.3333333333, 20822, 20822, 
26832.3333333333, 26832.3333333333, 26832.3333333333, 20822, 
12340.3333333333, 20822, 26832.3333333333, 12340.3333333333, 
20822, 26832.3333333333), num_color_changes = c(2.33333333333333, 
1, 1, 1, 2.33333333333333, 2.33333333333333, 2.33333333333333, 
2.33333333333333, 3.33333333333333, 3.33333333333333, 2.33333333333333, 
3.33333333333333, 2.33333333333333, 2.33333333333333, 3.33333333333333, 
3.33333333333333, 2.33333333333333, 1, 1, 3.33333333333333, 1, 
1, 2.33333333333333, 3.33333333333333, 1, 2.33333333333333, 1, 
2.33333333333333, 2.33333333333333, 3.33333333333333, 2.33333333333333, 
1, 3.33333333333333, 2.33333333333333, 1, 2.33333333333333, 2.33333333333333, 
2.33333333333333, 2.33333333333333, 2.33333333333333, 3.33333333333333, 
3.33333333333333, 3.33333333333333, 2.33333333333333, 2.33333333333333, 
2.33333333333333, 3.33333333333333, 2.33333333333333, 2.33333333333333, 
3.33333333333333), num_selects = c(1, 1.33333333333333, 1.33333333333333, 
1.33333333333333, 1, 0.666666666666667, 0.666666666666667, 0.666666666666667, 
1, 1, 0.666666666666667, 1, 0.666666666666667, 1, 1, 1, 0.666666666666667, 
1.33333333333333, 1.33333333333333, 1, 1.33333333333333, 1.33333333333333, 
0.666666666666667, 1, 1.33333333333333, 1, 1.33333333333333, 
1, 1, 1, 1, 1.33333333333333, 1, 1, 1.33333333333333, 0.666666666666667, 
0.666666666666667, 1, 0.666666666666667, 0.666666666666667, 1, 
1, 1, 0.666666666666667, 1, 0.666666666666667, 1, 1, 0.666666666666667, 
1), show_select_match = c(1, 1, 1, 1, 1, 0.666666666666667, 0.666666666666667, 
0.666666666666667, 1, 1, 0.666666666666667, 1, 0.666666666666667, 
1, 1, 1, 0.666666666666667, 1, 1, 1, 1, 1, 0.666666666666667, 
1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.666666666666667, 0.666666666666667, 
1, 0.666666666666667, 0.666666666666667, 1, 1, 1, 0.666666666666667, 
1, 0.666666666666667, 1, 1, 0.666666666666667, 1), select_order = structure(c(5L, 
6L, 6L, 6L, 5L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 4L, 1L, 4L, 5L, 1L, 1L, 4L, 
6L, 6L, 1L, 6L, 6L, 4L, 1L, 6L, 5L, 6L, 5L, 5L, 1L, 5L, 6L, 1L, 
5L, 6L, 4L, 4L, 5L, 4L, 4L, 1L, 1L, 1L, 4L, 5L, 4L, 1L, 5L, 4L, 
1L), .Label = c("future_past_present", "future_present_past", 
"past_future_present", "past_present_future", "present_future_past", 
"present_past_future"), class = "factor"), default_size = c(0.333333333333333, 
0, 0, 0, 0.333333333333333, 0, 0, 0, 0.666666666666667, 0.666666666666667, 
0, 0.666666666666667, 0, 0.333333333333333, 0.666666666666667, 
0.666666666666667, 0, 0, 0, 0.666666666666667, 0, 0, 0, 0.666666666666667, 
0, 0.333333333333333, 0, 0.333333333333333, 0.333333333333333, 
0.666666666666667, 0.333333333333333, 0, 0.666666666666667, 0.333333333333333, 
0, 0, 0, 0.333333333333333, 0, 0, 0.666666666666667, 0.666666666666667, 
0.666666666666667, 0, 0.333333333333333, 0, 0.666666666666667, 
0.333333333333333, 0, 0.666666666666667), order_x = structure(c(4L, 
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
4L), .Label = c("future_past_present", "future_present_past", 
"past_future_present", "past_present_future", "present_future_past", 
"present_past_future"), class = "factor"), color_past = structure(c(2L, 
8L, 8L, 8L, 2L, 1L, 1L, 1L, 5L, 5L, 1L, 5L, 1L, 2L, 5L, 5L, 1L, 
8L, 8L, 5L, 8L, 8L, 1L, 5L, 8L, 2L, 8L, 2L, 2L, 5L, 2L, 8L, 5L, 
2L, 8L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 5L, 5L, 5L, 1L, 2L, 1L, 5L, 2L, 1L, 
5L), .Label = c("black", "blue", "darkviolet", "green", "grey", 
"red", "saddlebrown", "yellow"), class = "factor"), color_present = structure(c(4L, 
2L, 2L, 2L, 4L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 4L, 1L, 4L, 4L, 1L, 1L, 4L, 
2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 4L, 1L, 2L, 4L, 2L, 4L, 4L, 1L, 4L, 2L, 1L, 
4L, 2L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 1L, 4L, 4L, 4L, 1L, 4L, 4L, 
1L), .Label = c("black", "blue", "darkviolet", "green", "grey", 
"red", "saddlebrown", "yellow"), class = "factor"), color_future = structure(c(3L, 
4L, 4L, 4L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 2L, 2L, 2L, 
4L, 4L, 2L, 4L, 4L, 2L, 2L, 4L, 3L, 4L, 3L, 3L, 2L, 3L, 4L, 2L, 
3L, 4L, 2L, 2L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 2L, 2L, 3L, 2L, 
2L), .Label = c("black", "blue", "darkviolet", "green", "grey", 
"red", "saddlebrown", "yellow"), class = "factor"), dominance_cottle_future = c(4L, 
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 0L, 0L, 4L, 0L, 4L, 4L, 0L, 0L, 4L, 
4L, 4L, 0L, 4L, 4L, 4L, 0L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 0L, 4L, 4L, 0L, 
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 0L, 0L, 0L, 4L, 4L, 4L, 0L, 4L, 4L, 
0L), relatedness_cottle_future = c(2L, 4L, 4L, 4L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 0L, 0L, 2L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 2L, 4L, 4L, 0L, 4L, 4L, 2L, 
0L, 4L, 2L, 4L, 2L, 2L, 0L, 2L, 4L, 0L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 0L, 2L, 2L, 0L)), .Names = c("relatedness_cottle", 
"dominance_cottle", "time_spent", "num_color_changes", "num_selects", 
"show_select_match", "select_order", "default_size", "order_x", 
"color_past", "color_present", "color_future", "dominance_cottle_future", 
"relatedness_cottle_future"), class = c("tbl_df", "data.frame"
), row.names = c(NA, -50L))
issueResponse <-
structure(c(3L, 2L, 2L, 2L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 3L, 2L, 3L, 3L, 
1L, 3L, 2L, 1L, 3L, 2L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 
1L, 1L, 3L, 1L, 1L), .Label = c("1", "2", "3", "4"), class = "factor")