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gistfile1.txt

[6/10/21 1:10:35] (base) alex@Sansfil-Securise-Employes-Poly-229-250 code % git clone https://github.com/neuropoly/axondeepseg.git
Cloning into 'axondeepseg'...
remote: Enumerating objects: 5696, done.
remote: Counting objects: 100% (790/790), done.
remote: Compressing objects: 100% (509/509), done.
remote: Total 5696 (delta 490), reused 496 (delta 279), pack-reused 4906
Receiving objects: 100% (5696/5696), 150.95 MiB | 6.60 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (3835/3835), done.
[6/10/21 1:11:02] (base) alex@Sansfil-Securise-Employes-Poly-229-250 code % cd axondeepseg 
[6/10/21 1:12:00] (base) alex@Sansfil-Securise-Employes-Poly-229-250 axondeepseg % ls
AxonDeepSeg      CONTRIBUTING.rst LICENSE          ads_plugin.py    docs             models           postBuild        setup.py
CHANGELOG.md     Dockerfile       README.md        config.py        environment.yml  notebooks        readthedocs.yml  test
[6/10/21 1:12:01] (base) alex@Sansfil-Securise-Employes-Poly-229-250 axondeepseg % conda -V
conda 4.10.3
[6/10/21 1:12:09] (base) alex@Sansfil-Securise-Employes-Poly-229-250 axondeepseg % conda env create -f environment.yml -n ads_venv       
Collecting package metadata (repodata.json): - WARNING conda.models.version:get_matcher(537): Using .* with relational operator is superfluous and deprecated and will be removed in a future version of conda. Your spec was 3.6.*, but conda is ignoring the .* and treating it as 3.6
\ WARNING conda.models.version:get_matcher(537): Using .* with relational operator is superfluous and deprecated and will be removed in a future version of conda. Your spec was 2.*, but conda is ignoring the .* and treating it as 2
- WARNING conda.models.version:get_matcher(537): Using .* with relational operator is superfluous and deprecated and will be removed in a future version of conda. Your spec was 1.*, but conda is ignoring the .* and treating it as 1
done
Solving environment: done

Downloading and Extracting Packages
pydicom-2.2.2        | 1.4 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
tornado-6.1          | 645 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
argon2-cffi-20.1.0   | 47 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
albumentations-0.3.0 | 40 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
prettytable-2.2.1    | 23 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
python-utils-2.5.6   | 15 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
terminado-0.12.1     | 27 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
fslpy-3.7.0          | 3.6 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
requests-2.26.0      | 52 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
markupsafe-2.0.1     | 21 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
cffi-1.14.6          | 218 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
zipp-3.6.0           | 12 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
imgaug-0.4.0         | 832 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
krb5-1.19.2          | 1.3 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
traitlets-5.1.0      | 82 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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libnghttp2-1.43.0    | 867 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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mako-1.1.5           | 58 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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debugpy-1.4.1        | 1.9 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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idna-3.1             | 52 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
blas-2.111           | 12 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
widgetsnbextension-3 | 1.8 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
certifi-2021.5.30    | 141 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
trimesh-3.9.30       | 509 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
keras-preprocessing- | 34 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
fsleyes-props-1.7.3  | 90 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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pyrsistent-0.17.3    | 87 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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parso-0.8.2          | 68 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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libclang-11.1.0      | 14.4 MB   | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
llvm-tools-11.1.0    | 11.7 MB   | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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libcblas-3.9.0       | 11 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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tk-8.6.11            | 3.3 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
matplotlib-base-3.3. | 6.7 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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jasper-1.900.1       | 283 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
python.app-1.3       | 12 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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shapely-1.7.1        | 407 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
xnat-0.3.27          | 58 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
geos-3.9.1           | 909 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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fsleyes-0.33.1       | 29.3 MB   | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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python-3.7.10        | 24.3 MB   | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
ipython-7.28.0       | 1.1 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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grpcio-1.38.1        | 1.8 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
glib-tools-2.68.4    | 80 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libopenblas-0.3.17   | 8.7 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libtiff-4.3.0        | 621 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
jupyterlab_widgets-1 | 130 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
openjpeg-2.4.0       | 374 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
pyyaml-5.4.1         | 169 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
pluggy-1.0.0         | 25 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
pyopenssl-21.0.0     | 48 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
pathlib2-2.3.6       | 35 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
importlib-metadata-4 | 32 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
nss-3.69             | 2.0 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
gast-0.5.0           | 12 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libcurl-7.79.1       | 317 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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x264-1!161.3030      | 2.5 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
zeromq-4.3.4         | 313 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libglib-2.68.4       | 2.8 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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mistune-0.8.4        | 54 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
sphinx-4.2.0         | 1.5 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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libcxx-12.0.1        | 1.1 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
locket-0.2.0         | 6 KB      | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
prompt_toolkit-3.0.2 | 4 KB      | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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pywavelets-1.1.1     | 4.3 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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sphinx_rtd_theme-1.0 | 2.7 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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jupyter_core-4.8.1   | 78 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
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matplotlib-3.3.4     | 6 KB      | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
fontconfig-2.13.1    | 271 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
nbclient-0.5.4       | 60 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
tensorflow-estimator | 473 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
pytz-2021.3          | 242 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libsodium-1.0.18     | 516 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
py-1.10.0            | 73 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
clang-11-11.1.0      | 684 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
sphinxcontrib-serial | 27 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
python_abi-3.7       | 4 KB      | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
tqdm-4.62.3          | 80 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libspatialindex-1.9. | 400 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
dataclasses-0.8      | 10 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
h5py-2.10.0          | 905 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
jbig-2.1             | 42 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
partd-1.2.0          | 18 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
llvm-openmp-12.0.1   | 287 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
docutils-0.17.1      | 761 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
qtconsole-5.1.1      | 89 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
nbconvert-6.2.0      | 548 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libzlib-1.2.11       | 58 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
imageio-2.9.0        | 3.1 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
nbformat-5.1.3       | 47 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
packaging-21.0       | 35 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
importlib_metadata-4 | 4 KB      | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
colorama-0.4.4       | 18 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
jsonschema-4.0.1     | 54 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
clangxx_osx-64-11.1. | 15 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
cloudpickle-2.0.0    | 24 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
openpyxl-3.0.9       | 153 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libdeflate-1.7       | 67 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libssh2-1.10.0       | 221 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
ca-certificates-2021 | 136 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
pyzmq-22.3.0         | 482 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
openssl-1.1.1l       | 1.9 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
pytest-cov-3.0.0     | 21 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
gettext-0.19.8.1     | 3.3 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
cryptography-3.4.7   | 754 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libgpuarray-0.7.6    | 191 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
lz4-c-1.9.3          | 155 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
mysql-common-8.0.25  | 1.5 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
harfbuzz-2.9.1       | 1.8 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
keras-2.3.1          | 590 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
openblas-0.3.17      | 9.7 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
typing_extensions-3. | 28 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
scikit-learn-0.19.2  | 3.6 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
ipywidgets-7.6.5     | 101 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libllvm11-11.1.0     | 22.5 MB   | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
backports.functools_ | 9 KB      | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
markdown-3.3.4       | 67 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
raven-6.10.0         | 234 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
tomli-1.2.1          | 15 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libpq-13.3           | 2.7 MB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
coverage-6.0         | 275 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
pygpu-0.7.6          | 606 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
clang-11.1.0         | 125 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
zstd-1.5.0           | 583 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libwebp-base-1.2.1   | 692 KB    | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
ldid-2.1.2           | 55 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
contextlib2-21.6.0   | 16 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
prometheus_client-0. | 46 KB     | ######################################################################################################################################################################################################### | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: | 
SafetyError: The package for pyopengl located at /Users/alex/miniconda3/pkgs/pyopengl-3.1.5-py_0
appears to be corrupted. The path 'site-packages/OpenGL/platform/ctypesloader.py'
has an incorrect size.
  reported size: 3402 bytes
  actual size: 3475 bytes

ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path.
  packages: conda-forge/osx-64::tensorboard-1.13.1-py37_0, conda-forge/osx-64::tensorflow-base-1.13.1-py37_8
  path: 'bin/tensorboard'



done
Executing transaction: / Enabling notebook extension jupyter-js-widgets/extension...
      - Validating: OK

done
Installing pip dependencies: / Ran pip subprocess with arguments:
['/Users/alex/miniconda3/envs/ads_venv/bin/python', '-m', 'pip', 'install', '-U', '-r', '/Users/alex/code/axondeepseg/condaenv.61zv_9u7.requirements.txt']
Pip subprocess output:
Collecting opencv-contrib-python
  Downloading opencv_contrib_python-4.5.3.56-cp37-cp37m-macosx_10_15_x86_64.whl (51.4 MB)
Collecting opencv-python-headless
  Downloading opencv_python_headless-4.5.3.56-cp37-cp37m-macosx_10_15_x86_64.whl (42.6 MB)
Requirement already satisfied: numpy>=1.14.5 in /Users/alex/miniconda3/envs/ads_venv/lib/python3.7/site-packages (from opencv-contrib-python->-r /Users/alex/code/axondeepseg/condaenv.61zv_9u7.requirements.txt (line 1)) (1.21.2)
Installing collected packages: opencv-python-headless, opencv-contrib-python
Successfully installed opencv-contrib-python-4.5.3.56 opencv-python-headless-4.5.3.56

done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate ads_venv
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

[6/10/21 1:20:40] (base) alex@Sansfil-Securise-Employes-Poly-229-250 axondeepseg % conda activate ads_venv
(ads_venv) [6/10/21 1:21:59] alex@Sansfil-Securise-Employes-Poly-229-250 axondeepseg % fsleyes
 WARNING             fonts.py   23: <module>        - Unable to load font: GLUT_STROKE_ROMAN
 WARNING             fonts.py   23: <module>        - Unable to load font: GLUT_STROKE_MONO_ROMAN
 WARNING             fonts.py   23: <module>        - Unable to load font: GLUT_BITMAP_9_BY_15
 WARNING             fonts.py   23: <module>        - Unable to load font: GLUT_BITMAP_8_BY_13
 WARNING             fonts.py   23: <module>        - Unable to load font: GLUT_BITMAP_TIMES_ROMAN_10
 WARNING             fonts.py   23: <module>        - Unable to load font: GLUT_BITMAP_TIMES_ROMAN_24
 WARNING             fonts.py   23: <module>        - Unable to load font: GLUT_BITMAP_HELVETICA_10
 WARNING             fonts.py   23: <module>        - Unable to load font: GLUT_BITMAP_HELVETICA_12
 WARNING             fonts.py   23: <module>        - Unable to load font: GLUT_BITMAP_HELVETICA_18