Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

@amwenger

amwenger/sort-error.fofn

Last active November 21, 2018 06:44
Show Gist options
  • Save amwenger/f3cfcfa2e144a7bea7623e520cb982fa to your computer and use it in GitHub Desktop.
Save amwenger/f3cfcfa2e144a7bea7623e520cb982fa to your computer and use it in GitHub Desktop.
Download ZIP
Test dataset for SURVIVOR sort error
Raw
sort-error.vcf
##fileformat=VCFv4.2
##contig=<ID=1,length=249250621>
##contig=<ID=2,length=243199373>
##contig=<ID=3,length=198022430>
##contig=<ID=4,length=191154276>
##contig=<ID=5,length=180915260>
##contig=<ID=6,length=171115067>
##contig=<ID=7,length=159138663>
##contig=<ID=8,length=146364022>
##contig=<ID=9,length=141213431>
##contig=<ID=10,length=135534747>
##contig=<ID=11,length=135006516>
##contig=<ID=12,length=133851895>
##contig=<ID=13,length=115169878>
##contig=<ID=14,length=107349540>
##contig=<ID=15,length=102531392>
##contig=<ID=16,length=90354753>
##contig=<ID=17,length=81195210>
##contig=<ID=18,length=78077248>
##contig=<ID=19,length=59128983>
##contig=<ID=20,length=63025520>
##contig=<ID=21,length=48129895>
##contig=<ID=22,length=51304566>
##contig=<ID=X,length=155270560>
##contig=<ID=Y,length=59373566>
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FILTER=<ID=HET1,Description="Heterozygous in the first haplotype">
##FILTER=<ID=HET2,Description="Heterozygous in the second haplotype">
##FILTER=<ID=GAP1,Description="Uncalled in the first haplotype">
##FILTER=<ID=GAP2,Description="Uncalled in the second haplotype">
##INFO=<ID=SVTYPE,Number=1,Type=String,Description="Type of structural variant">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HG002-sk-paftools
1 811404 var1 T TCCTCCCCCACACTCCCCCACACTCCTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCTCATACTCCCCCATACTACCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCACCCACACTCCCCCATACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACAATCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCATACTCGCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACAGTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCATACTCGCCCACACTCGCCCACACCCCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACAC 30 PASS SVTYPE=INS;SVLEN=1928 GT:AD 0/1:1,1
1 811404 var2 T TCCTCCCCCACACTCCCCCACACTCCTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCTCATACTCCCCCATACTACCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCACCCACACTCCCCCATACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACAATCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACATTCCCCCATACTCCCCCATACTCCCCCAAACTCCCCCATACTCCTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCATACTCGCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACAGTCCCCCACACTCCCCCACACTCCCCCAACCTCCCCCATACTCCCCCATACTCGCCCACACTCGCCCACACCCCCCCCATACTCCCCCACACTCCCCCATACTCCCCCACAC 30 PASS SVTYPE=INS;SVLEN=1920 GT:AD 0/1:1,1
1 811680 var3 C CCCCACACTCCCCCACACTCGCCCACACTCCCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACGCTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACGCTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACGCTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACGCTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACGCTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACGCTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACGCTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACACTCACCCACGCTCGCCCACACTCCCCCACACTCCCTCACAGTCG 30 PASS SVTYPE=INS;SVLEN=530 GT:AD 0/1:1,1
1 811680 var4 C CCCCACACTCCCCCACACTCGCCCACACTCCCCCACGCTCCCCCATACTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACGCTCCCCCACACTCGCCCACACTCCCCCACACTCACCCACACTCGCCCACACTCCCCCACACTCCCTCACAGTCG 30 PASS SVTYPE=INS;SVLEN=530 GT:AD 0/1:1,1
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment