gistfile1.txt

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##Running fsl from the command line 
##some commands that I find useful
##
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##Using the fslmaths and fslstats toolboxes
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##To get the documentation for a the toolbox type 
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fslmaths 

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##divde two images in FSL
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fslmaths 'image_1.nii.gz' -div  'image_2.nii.gz' 'output_image.nii.gz'
##you can also do things like subtract (-sub), add (-add), multiply (-mul)
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##apply a mask to an image
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fslmaths 'image_1.nii.gz' -mas 'mask.nii.gz' 'output_image.nii.gz'

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##threshold an image to create a binary mask
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##calculate the lower 15 percentile of an image, store as variable
thresh_it =`fslstats 'image_1.nii.gz' -P 15` 
##threshold your image at this threshold to create a binary mask
fslmaths 'image_1.nii.gz' -thr $threshold_it -bin ../CSF_MASK/$subjscan

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##calculate statistics on an image (mean, no indluding voxels with zeros) and store as variable
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mean_nozeros=`fslstats 'image_1.nii.gz' -M` ##mean, not including voxels with zeros
mean_zeros=`fslstats 'image_1.nii.gz' -m` ##mean, including voxels with zeros
sd_nozeros=`fslstats 'image_1.nii.gz' -S` ##standard deviation, not including voxels with zeros
sd_zeros=`fslstats 'image_1.nii.gz' -s` ##standard deviation, including voxels with zeros

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##do some calculations with these variables
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fslmaths 'image_1.nii.gz' -sub $mean_nozeros  -div $sd_nozeros 

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##create a gauss kernel of 10 mm and perform mean filtering
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fslmaths 'image_1.nii.gz' -s 10 'output_image.nii.gz'

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##erode a mask or image by zeroing non-zero voxels when zero voxels found in kernel 
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fslmaths 'mask.nii.gz' -kernel box 5x5x5 -ero  'output_image.nii.gz'