AquaSKK を素の iTerm2 で使うと、IM 状態を変更するための "C-j" や "l" がそのまま入力されてしまって不便という問題があり、 以下のあたりでその問題を直すパッチを作ってくださった方がおりました。
僕も 1.0.0 が出たころに上記パッチを当てた iTerm2 をずっと使ってました。
環境再構築ついでに iTerm2 本体を更新するかと思って、現在の master に対してパッチを当てたところ、 "C-j" が相変わらずそのまま入力されてしまい、調べたところ、 以下の changeset で "CTRL+文字" の入力は IME を通さないようになっていました。
- https://github.com/gnachman/iTerm2/commit/97910b8895789ecd5494f573b850a58daf666f44
- https://code.google.com/p/iterm2/issues/detail?can=2&q=1097&colspec=ID%20Type%20Status%20Priority%20Milestone%20Owner%20Summary&id=1097
とりえあず上記 fix を取り除いたら、無事 AquaSKK が快適に使えるようになりました。
なお、このパッチを当てると他の機能(OS X自身が持つKey Binding 機構)などが壊れるようで、 upstream に(そのまま)取り込まれる見込みは無さそうです。