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@baymaxium
Created October 18, 2017 09:40
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如何使用Kubernetes GPU集群自动化深度学习训练?

原文:高效开发运维

作者|Frederic Tausch

译者|CarolGuo

审校 | 陈思

该指南能帮助同行研究者和爱好者们轻松地使用 Kubernetex GPU 集群来自动化和加速他们的深度学习训练。因此,我将解释如何轻松地在多个 Ubuntu 16.04 裸机服务器上搭建一个 GPU 集群,并提供一些有用的脚本和.yaml 文件来完成这些工作。

另外,如果你需要把 Kubernetes GPU 集群用于其他地方,该指南可能对你也有帮助。

为什么写这个指南?  

我一直在创业公司 understand.ai 实习,在那里我留意到了一个麻烦:首先得在本地设计一个机器学习算法,然后将其放到云上用不同的参数和数据集来训练模型。这第二步,将算法放到云上进行全面的训练,所耗费的时间要比想象的更长,通常让人很沮丧而且涉及到很多陷阱。

因此,我决定解决这个问题,让第二步变得容易、简单和快捷。

我写了这篇很有用的指南,描述了每个人如何设置他们自己的 Kubernetes GPU 集群来加速他们的工作。

   给深度学习研究者的新处理过程:  

用 Kubernetes GPU 集群进行自动化的深度学习训练,它能极大地改进在云上训练模型的过程。

(点击放大图像)

   声明  

下面的章节可能有些武断。Kubernetes 是一个进化的、快节奏的环境,这就意味着这个指南很可能会在某个时间过时,这取决于作者的空余时间和个人贡献。因此,非常感谢对此的贡献。

Kubernetes 快速参考  

如果你需要重温下 Kubernetes 知识,下面这些文章很有用。

DigitalOcean 的 Kubernetes 引论 (https://www.digitalocean.com/community/tutorials/an-introduction-to-kubernetes)

Kubernetes 概念 (https://kubernetes.io/docs/concepts/)

Kubernetes 示例 (http://kubernetesbyexample.com/)

Kubernetes 基础 - 交互式指导 (https://kubernetes.io/docs/tutorials/kubernetes-basics/)

集群结构粗览  

核心想法是用一个很小的只有 CPU 的 master 节点来控制一组 GPU worker 节点。

(点击放大图像)

   初始化节点

在我们使用集群之前,要先对其初始化,这一点很重要。因此,要手动地初始化每个节点,随后将它加入集群中。

   我的设置

该配置非常适合这里所描述的用例。对其他用例、操作系统等,需要进一步地调整配置。

Master

Ubuntu 16.04 带 root 权限

我用了一个 Google Compute Engine VM 实例

SSH 权限

停用 ufw

可用端口(udp 和 tcp)

6443,443,8080

30000-32767(仅在需要时激活)

这些将被用于获取集群外部的服务

Worker

Ubuntu 16.04 带 root 权限

我用了一个 Google Compute Engine VM 实例

SSH 权限

停用 ufw

可用端口(udp 和 tcp)

6443,443

关于安全:当然,如果你想在产品中使用,就应该启用某些防火墙;这里出于简单考虑我停用了 ufw。设置 Kubernetes 以用于实际的产品中,理所当然应该启用某些防火墙如 ufw、iptables 或者你的云提供商的防火墙。在云上设置集群会更加复杂。通常云提供商的防火墙与主机级别的防火墙是分开的。你可能需要停用 ufw、并开启云提供商防火墙的规则来让这篇文档里的步骤生效。

   设置指南

这些指南涵盖了我在 Ubuntu 16.04 的经验,对其他操作系统可能适用,也可能不适用。

我创建了两个脚本对 master 和 worker 节点完全初始化。脚本如下所示。如果你想用快速通道,可以直接使用这些脚本。否则,我建议你阅读一步一步的指南。

   快速通道设置脚本

将下面相应的脚本拷贝到你的 master 和 worker 上。

(https://github.com/Langhalsdino/Kubernetes-GPU-Guide/blob/master/scripts/init-master.sh)

(https://github.com/Langhalsdino/Kubernetes-GPU-Guide/blob/master/scripts/init-worker.sh)

MASTER 节点

运行初始化脚本 (https://github.com/Langhalsdino/Kubernetes-GPU-Guide/blob/master/scripts/init-master.sh),记下 token。

Token 的格式类似于 --token f38242.e7f3XXXXXXXXe231e。

WORKER 节点

运行初始化脚本 (https://github.com/Langhalsdino/Kubernetes-GPU-Guide/blob/master/scripts/init-worker.sh),使用正确的 token 和 master IP。

端口通常是 6443。

   详细的一步一步指南

MASTER 节点

(1). 将 Kubernetes Repository 加入 packagemanager

(2). 安装 docker-engine、kubeadm、kubectl 和 kubernetes-cni

(3). 由于我们想创建一个使用 GPU 的集群,我们要在 master 节点上启用 GPU 加速功能。记住,在 Kubernetes 之后的版本中,这一步可能被淘汰了或者完全更改了。

(3.I) 在集群初始化之前,添加 GPU 支持到 Kubeadm 配置。

这一步必须对集群中的每一个节点进行,即使某些节点没有 GPU。

因此,在 ExecStart 后追加上标签 --feature-gates="Accelerators=true",最终格式如下:

(3.II) 重启 kubelet

(4). 现在初始化 master 节点。

你需要 master 节点的 IP。而且,这一步会向你提供认证信息,用于添加 worker 节点,因为要记住你的 token。

Token 的格式类似于 --token f38242.e7f3XXXXXXXXe231e 130.211.XXX.XXX:6443。

(5). 由于 Kubernetes 1.6 从 ABAC 卷管理变成了 RBAC 式,因此我们需要向用户公布认证信息。每一次登录机器,都需要执行这一步。

(6). 安装网络插件让节点能相互通信。Kubernetes 1.6 对网络插件有一些要求,如:

基于 CNI 的网络

RBAC 支持

这篇 GoogleSheet 文档包含很多合适的网络插件。链接: GoogleSheet Network Add-on comparison。

出于个人的偏好,我会使用 wave-works。

(7). 现在都设置好了。检查所有的 pod 都在线上,确认一切运转顺利。

(N). 如果你想撤掉 master 节点,你需要重置它。

WORKER NODE

前面几步对你而言应该很熟悉了,能让进程加快一些。

(1). 将 Kubernetes Repository 加入 packagemanager

(2). 安装 docker-engine、kubeadm、kubectl 和 kubernetes-cni

(3). 由于我们想创建一个使用 GPU 的集群,我们要在 master 节点上启用 GPU 加速功能。记住,在 Kubernetes 之后的版本中,这一步可能被淘汰了或者完全更改了。

(3.I) 在集群初始化之前,添加 GPU 支持到 Kubeadm 配置。

这一步必须对集群中的每一个节点进行,即使某些节点没有 GPU。

因此,在 ExecStart 后追加上标签 --feature-gates="Accelerators=true",最终格式如下:

(3.II) 重启 kubelet

(4). 现在我们将 worker 加入到集群中。

你需要记住 master 节点的 token,所以查看下节点。

(5). 完成。在 master 上检查节点,看看是否一切运转顺利。

(N). 如果你想撤掉 worker 节点,你需要将该节点从集群中移除,然后重置该节点。从集群中移除 worker 节点是很有帮助的。

在 master 节点上:

在 worker 节点上

客户端

为了控制你的集群,如从客户端控制 master,你需要对客户端的正确用户进行认证。该指南中并没有为客户端创建一个单独的用户,我们只是从 master 节点复制用户。相信我,这样做会更简单。

[会在将来加入如何添加用户的指导]

(1). 在客户端安装 kubectl。我只在 mac 上测试过,但应该也适用 linux。我不知道是否适用于 windows,但又有谁关心 windows 呢。

Mac

Ubuntu 你要么遵循官方指南 https://kubernetes.io/docs/tasks/tools/install-kubectl/,要么从上面的 worker 指南中提取需要的步骤(可能只在 Ubuntu 上可行)。

(2). 将 master 的 admin 认证拷贝到客户端。

(3). 将 admin.conf 配置和认证信息添加到 Kubernetes 配置中。你需要对每个代理都执行该步骤。

你可以在本地的客户端上使用 kubectl 了。

(4). 你可以测试列出所有的 pod

   安装 Kubernetes dashboard

Kubernetes dashboard 非常的漂亮,它向那些跟我一样喜欢摆弄脚本的人提供了很多功能。要使用 dashboard 的话,你需要让客户端运行,RBAC 会确保这一点。

你可以直接在 master 节点上或者从客户端运行下面的步骤。

(1). 检查已经安装了 dashboard:

(2). 如果没有安装,则安装它

如果不成功,检查.yaml 中定义的容器 git.io/kube-dashboard 是否存在。(这个软件故障曾让我花费了很多时间)

为了能访问你的 dashboard,你需要在客户端进行认证。

(3). 添加 dashboard 代理到客户端。

在客户端运行:

(4). 用浏览器访问 dashboard,访问 127.0.0.1:8001/ui。

如何构建你的 GPU 容器  

这里帮助你运行一个需要 GPU 权限的 Docker 容器。

在该指南中,我选择创建一个 Docker 容器的例子,它用 TensorFlow GPU 二进制文件,并能在 Jupyter 笔记本中运行 TensorFlow 程序。

请记住,该指南适用于 Kubernetes 1.6,因此可能不适用于今后的变化。

   .yml 的关键部分

为了能够让你的带 CUDA 的 Nvidia GPU 运行,你需要将 Nvidia 驱动和 CUDA 库文件传给容器。因此,我们将使用 hostPath,让 Kubernetes pod 能访问它们。实际的路径因机器而异,因为它们是由 Nvidia 驱动和 CUDA 安装程序来设置的。

将包含有驱动和 CUDA 的卷加载到容器中的正确目录下。根据你的容器的具体要求,这些设置可能有所不同。

因为你要告诉 Kubernetes 你需要 n 个 GPU,所以你可以在这里定义这些需求。

这就是你需要创建 Kuberntes 1.6 容器的所有东西。

这是我的所有经验:

Kubernetes + Docker + Machine Learning + GPUs = 顶呱呱

   GPU 部署例子

文件 example-gpu-deployment.yaml 描述了两部分,部署和服务,因为我想让 juptyer 笔记本能被外部访问。

运行 kubectl 来让其对外可见。

文件 deployment.yaml 内容如下:

为了验证这些设置是正确的,你可以访问 JupyterNotebook 实例,链接是 http://:30061。

现在我们要验证你的 JupyterNotebook 实例可以访问 GPU。因此,在一个 新的笔记本 中运行下面的程序。它将列出 tensorflow 可用的所有服务。

输出结果应该类似于 [u'/cpu:0', u'/gpu:0']。

一些有用的命令  

Get 命令,输出基本信息

Describe 命令,输出冗长的信息

删除资源

进入某个 pod 的 bash 控制台:

致谢  

有很多指南、github 仓库、问题和帮助过我的人们。

我想感谢每一个人的帮助。

特别感谢创业公司 understand.ai 的支持。

许可  

该项目采用 MIT 许可,具体细节请查看 LICENSE.md 文件。

本文作者 Frederic Tausch 最初发布于 GitHub,How to automate deep learning training with Kubernetes GPU-cluster(https://github.com/Langhalsdino/Kubernetes-GPU-Guide),经原作者授权由 InfoQ 中文站翻译并分享。

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他是 @杨建荣,搜狐畅游 DBA,DBAplus 社群联合发创始人,近 10 年数据库经验老兵!Oracle 10g OCM,MySQL OCP 认证专家,曾从 2012 年开始每天坚持撰写技术文章,现已坚持 1100 多天!看到很多人,总是因为 DBA 感到职业发展迷茫、为技能提升焦虑,于是开了一个免费公开课,希望帮助大家。

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