contents of shed_tools and tool_deps for numpy, pyBamParser, and pyBamTools

gistfile1.txt

# numpy #

bclaywel@stoat shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/package_numpy_1_7 % tree
.
├── a4bdc17eed4a
│   └── package_numpy_1_7
│       └── tool_dependencies.xml
└── ef12a3a11d5b
    └── package_numpy_1_7
        └── tool_dependencies.xml

bclaywel@stoat tool_deps/numpy/1.7.1 % tree -L 4
.
├── bgruening
│   └── deeptools
│       └── 3a2aab18a217
│           └── env.sh
├── blankenberg
│   ├── naive_variant_caller
│   │   └── 3c3ef33b9d56
│   │       └── env.sh
│   ├── naive_variant_detector
│   └── package_numpy_1_7
├── devteam
│   └── package_numpy_1_7
│       └── 0c288abd2a1e
│           ├── bin
│           ├── env.sh
│           ├── INSTALLATION.log
│           └── lib
├── iuc
│   ├── macs2
│   │   └── 859c982b1f7f
│   │       └── env.sh
│   ├── package_bx_python_12_2013
│   │   └── 55bd96a1c3b3
│   │       └── env.sh
│   ├── package_macs2_2_1_0
│   │   └── 4d7ef54c3fa4
│   │       └── env.sh
│   ├── package_matplotlib_1_2
│   │   └── fe60617380df
│   │       └── env.sh
│   ├── package_numpy_1_7
│   │   ├── a4bdc17eed4a
│   │   │   ├── bin
│   │   │   ├── env.sh
│   │   │   ├── INSTALLATION.log
│   │   │   └── lib
│   │   └── ef12a3a11d5b
│   │       ├── bin
│   │       ├── env.sh
│   │       ├── INSTALLATION.log
│   │       └── lib
│   └── package_scipy_0_12
│       └── 336aead68607
│           └── env.sh
├── jjohnson
│   └── package_cistrome_2014_09_16
└── lparsons
    └── htseq_count
        └── d5edaf8dc974
            └── env.sh


# pyBamParser #

bclaywel@stoat shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/blankenberg/package_pybamparser_0_0_1 % tree
.
└── a0fb4b5a1679
    └── package_pybamparser_0_0_1
        └── tool_dependencies.xml

bclaywel@stoat tool_deps/pyBamParser % tree -L 5
.
└── 0.0.1
    └── blankenberg
        ├── naive_variant_caller
        │   └── 3c3ef33b9d56
        │       └── env.sh
        ├── naive_variant_detector
        ├── package_pybamparser
        └── package_pybamparser_0_0_1
            └── a0fb4b5a1679
                ├── bin
                ├── env.sh
                ├── INSTALLATION.log
                └── lib


# pyBamTools #

bclaywel@stoat shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/blankenberg/package_pybamtools_0_0_1 % tree
.
└── b1ffa753298f
    └── package_pybamtools_0_0_1
        └── tool_dependencies.xml

bclaywel@stoat tool_deps/pyBamTools % tree -L 5
.
└── 0.0.1
    └── blankenberg
        ├── naive_variant_caller
        │   └── 3c3ef33b9d56
        │       └── env.sh
        ├── naive_variant_detector
        ├── package_pybamtools
        └── package_pybamtools_0_0_1
            └── b1ffa753298f
                ├── bin
                ├── env.sh
                ├── INSTALLATION.log
                └── lib