gistfile1.txt

var fs = require('fs');
var dataDiff = require('data-diff');

var one = fs.readFileSync('one.json');
var two = fs.readFileSync('two.json');

var diff = dataDiff(JSON.parse(one), JSON.parse(two));

console.log(diff);

readFileSync возвращает буффер, а не строку.
Используй лучше require("./one.json"), он выдаёт сразу распарсенный JSON-объект.