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@bow

bow/m_cdna2genome.exon

Created July 12, 2012 11:58
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Raw
m_cdna2genome.exon
Command line: [exonerate -m cdna2genome ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3]
Hostname: [blackbriar]
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence:[revcomp]
Model: cdna2genome
Raw score: 6146
Query range: 0 -> 1230
Target range: 1319275 -> 1318045
1 : TGG : 56
ATrpGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ATrpGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA
1319275 : TGG : 1319220
57 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319219 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164
113 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319108
169 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319107 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319052
225 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319051 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996
281 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318940
337 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318939 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318884
393 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318883 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828
449 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318772
505 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318771 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318716
561 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318715 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660
617 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318604
673 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318603 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318548
729 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318547 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492
785 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318436
841 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318435 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318380
897 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318379 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324
953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318268
1009 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318267 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318212
1065 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318211 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156
1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318100
1177 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318099 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046
vulgar: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| 0 1230 + gi|330443520|ref|NC_001136.10| 1319275 1318045 - 6146 M 1 1 C 3 3 M 1226 1226
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds:[revcomp]
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
Model: cdna2genome
Raw score: 6146
Query range: 1230 -> 0
Target range: 1318045 -> 1319275
1230 : CTACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTT : 1175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318046 : CTACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTT : 1318101
1174 : TGCAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATG : 1119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318102 : TGCAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATG : 1318157
1118 : TGG : 1063
TCCAACGATGAATATTTTrpTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TCCAACGATGAATATTTTrpTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGA
1318158 : TGG : 1318213
1062 : CGCTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTC : 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318214 : CGCTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTC : 1318269
1006 : GAATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGA : 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318270 : GAATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGA : 1318325
950 : TTCAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTT : 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318326 : TTCAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTT : 1318381
894 : GGTCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGG : 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318382 : GGTCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGG : 1318437
838 : GAAGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGG : 783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318438 : GAAGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGG : 1318493
782 : TCAATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGA : 727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318494 : TCAATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGA : 1318549
726 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC : 671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318550 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC : 1318605
670 : TATCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTT : 615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318606 : TATCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTT : 1318661
614 : TCGTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATT : 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318662 : TCGTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATT : 1318717
558 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT : 503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318718 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT : 1318773
502 : GAGTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTA : 447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318774 : GAGTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTA : 1318829
446 : GGCGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTT : 391
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318830 : GGCGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTT : 1318885
390 : TTCCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCAT : 335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318886 : TTCCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCAT : 1318941
334 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT : 279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318942 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT : 1318997
278 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC : 223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318998 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC : 1319053
222 : CCTCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAG : 167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319054 : CCTCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAG : 1319109
166 : CTGCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTG : 111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319110 : CTGCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTG : 1319165
110 : CCTGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTT : 55
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319166 : CCTGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTT : 1319221
54 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT : 1
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319222 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT : 1319275
vulgar: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| 1230 0 - gi|330443520|ref|NC_001136.10| 1318045 1319275 + 6146 M 129 129 C 3 3 M 1098 1098
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
Model: cdna2genome
Raw score: 518
Query range: 0 -> 516
Target range: 85010 -> 667216
1 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAAGC : 58
|||| || | |||| | |||||| |||| | | | |||| ||||||||||
85011 : ATGGTGAACCT-CTTCAAGACGGTCAG--AATA-A-TCAACAGG----ATGAAGAAGC : 85059
59 : AAATGTT >>>> Target Intron 1 >>>> GCTA-AATAAAGATGGAACACC : 86
||| | |++ 168908 bp -+|| | ||| || | | |||
85060 : AAAAGATgt.........................tgGCGAGGATAGCGA--GCA-ACC : 253993
87 : TAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCAGAAA--AAGGATT-GACTCTGAAGCTAAGAGT : 141
|||| ||||| ||| | | ||| ||| ||| || || ||||| |||||
253994 : GAAGAAGAAGGGTAGCAAAACTAGCAAAAAGCAAGATTTGGATCCTGAAACTAAGCAG : 254051
142 : AGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCTCAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCA : 199
| |||||||||||| ||| |||| |||||| |||| || | || | || || |
254052 : AAGAGGACTGCCCAAAATCGGGCCGCTCAAAGAGCTTTTAGGGAACGTAAGGAGAGGA : 254109
200 : AAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGTA >>>> Target Intron 2 >>>> GAG : 228
| |||||| ||| | ||| ||||-- 96824 bp -+| |
254110 : AGATGAAGGAATTGGAGAAGAAGGTAca.........................tgGGG : 350962
229 : TTACTAGAACA--GAAAGATGCGCAGAATA--AGACTACCACGGACTT-TTTACTATG : 281
| | || | || |||| | ||||| || ||||| ||| ||| |||
350963 : TGATTATATCATTTCTGGATGAG--GAATACCTGAAGACCAC--TCTTCATTAAAATG : 351016
282 : TTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAAT-TACAAAATATAG >>>> Target Intr : 321
||||||||||| | | || | ||| || | | | |||-+ 122118 b
351017 : TTCTTTAAAAA-TATTCTTTTGGATATATTCTA---CTAGtt................ : 351055
322 : on 3 >>>> AGCTAAGAATTCTGATGATG-----AAAGAA >>>> Target In : 347
p ++| |||||||||||| ||| ||||||-+ 193839
351056 : .........agATGGAAGAATTCTGATAATGCTGTAAAAGAAat.............. : 473204
348 : AG : 385
tron 4 >>>> TATTAGCCTTCC--TCGATGATCTGCA--A-GAACAACAGAAAAr
bp ++| |||| || | ||||| | || || | ||| | | ||
...........agTCATAGCGTTACGTTCGAT-ACCTTCACTACGAAGATCCAAACSe
473205 : TC : 667083
386 : GGAAAACGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCG : 442
gGluAsnGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSer
:::......! ! ! .!. ! ... !:!:... +|+||+:!:
rPheSerSerSerAspLysPheLeuThrPhePheSerLeuSerSerPheLeuProThr
667084 : TTTTTCTAGTTCCGATAAATTCCTTACCTTCTTTTCACTTTCCTCTTTTCTCCCTACA : 667140
443 : CCTAATTCAGATGAA : 499
ProAsnSerAspGluAACATGACTGT-GA-ACA-CAAGTATAGAAGTACAGCCGCACA
!! ! ..! ..!|||||| |||| || | | | ||||||||||||| ||
Thr***GlnThrSerAACATG-CTGTAGATAGAGCTTCTATAGAAGTACAGTTATTCA
667141 : ACTTAGCAAACGTCA : 667199
500 : CTCAAGAGAATGAGAAA : 516
||| | || | |||
667200 : AACAAAAAAAAAAAAAA : 667216
vulgar: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| 0 516 + gi|330443688|ref|NC_001145.3| 85010 667216 + 518 M 11 11 G 1 0 M 15 15 G 2 0 M 4 4 G 1 0 M 1 1 G 1 0 M 8 8 G 4 0 M 17 17 5 0 2 I 0 168904 3 0 2 M 4 4 G 0 1 M 8 8 G 2 0 M 3 3 G 1 0 M 33 33 G 0 2 M 7 7 G 0 1 M 102 102 5 0 2 I 0 96820 3 0 2 M 14 14 G 0 2 M 10 10 G 2 0 M 5 5 G 0 2 M 10 10 G 2 0 M 4 4 G 0 1 M 20 20 G 1 0 M 15 15 G 0 1 M 5 5 G 3 0 M 4 4 5 0 2 I 0 122114 3 0 2 M 20 20 G 0 5 M 6 6 5 0 2 I 0 193835 3 0 2 M 12 12 G 0 2 M 5 5 G 1 0 M 7 7 G 0 2 M 1 1 G 0 1 M 12 12 C 75 75 M 6 6 G 1 0 M 4 4 G 0 1 M 2 2 G 0 1 M 3 3 G 0 1 M 41 41
-- completed exonerate analysis
Raw
m_ner.exon
Command line: [exonerate -m ner ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3]
Hostname: [blackbriar]
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence:[revcomp]
Model: NER:affine:local:dna2dna
Raw score: 6150
Query range: 0 -> 1230
Target range: 1319275 -> 1318045
1 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 56
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319275 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 1319220
57 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319219 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164
113 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319108
169 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319107 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319052
225 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319051 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996
281 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318940
337 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318939 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318884
393 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318883 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828
449 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318772
505 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318771 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318716
561 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318715 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660
617 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318604
673 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318603 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318548
729 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318547 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492
785 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318436
841 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318435 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318380
897 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318379 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324
953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318268
1009 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318267 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318212
1065 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318211 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156
1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318100
1177 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318099 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046
vulgar: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| 0 1230 + gi|330443520|ref|NC_001136.10| 1319275 1318045 - 6150 M 1230 1230
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443681|ref|NC_001144.5| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence
Model: NER:affine:local:dna2dna
Raw score: 502
Query range: 110 -> 1230
Target range: 297910 -> 318994
111 : CAGAAAA--< 31 >--CTGCCCAGAAT--< 10 >--AACGAGCGTTCCG- : 184
| |||||--< NER 1 >--| ||||| | |--< NER 2 >--||| | ||||||-
297911 : CTGAAAA--< 29 >--CCGCCCAAAGT--< 13 >--AACTGGAGTTCCG- : 297993
185 : -< 2 >--ATAGGAAAGAAGC--< 30 >--GTTA-CTAGAAC-AGAAAG- : 246
-< NER 3 >--|| || |||| ||--< NER 4 >--|||| | ||||| | ||||-
297994 : -< 9 >--ATTGG-AAGATGC--< 15 >--GTTATCAAGAACAATAAAG- : 298050
247 : -< 11 >--AAGACT--< 5 >--GGACTTTTTACTATGTTC--< 12 : 286
-< NER 5 >--||||||--< NER 6 >--| ||| || ||| | ||--< NER 7
298051 : -< 11 >--AAGACT--< 10 >--GCACTATTCACTGTCCTC--< 12 : 298096
287 : >--ACTGTCGGAAAT--< 1 >--ACAAAATATAGAGCTAA--GAAT-TCTGA : 335
>--|| || ||||--< NER 8 >--|||||| | | |||| | || | | |||
298097 : >--ACATTCTCAAAT--< 10 >--ACAAAA-AAACAGCTGATTGATTATTTGA : 298145
336 : TGAT--< 369 >--AACTACTT--< 12 >--TGAACG--< 10 >- : 736
||| --< NER 9 >--| || |||--< NER 10 >--|||| |--< NER 11 >-
298146 : TGAA--< 20288 >--AGCTTCTT--< 9 >--TGAAAG--< 16 >- : 318477
737 : -GAAAAAATAGATACGTCAGCATG--< 11 >--TTGACCAAAAGTATCTTCCA : 798
-||| ||||| || | || | ||--< NER 12 >--||||| | | |||| |
318478 : -GAATAAATACAT--GGCACCTTG--< 6 >--TTGACATTCAATGCCTTCTA : 318523
799 : TACGAG--< 12 >--ACTTT--< 11 >--TGCTTCCCCTTGC--< : 847
| |||--< NER 13 >--|||||--< NER 14 >--| | ||||||| |--< NE
318524 : -AAGAG--< 37 >--ACTTT--< 41 >--TTCCTCCCCTTCC--< : 318631
848 : 44 >--GGACCAA--< 19 >--ATCAAATGCGACTTAA--< 9 >- : 933
R 15 >--|||| ||--< NER 16 >--||||||| | || ||--< NER 17 >-
318632 : 6 >--GGACGAA--< 2 >--ATCAAAT-CAACCAAA--< 5 >- : 318660
934 : -ACCTGT--< 7 >--GAAATC--< 1 >--CTAGCTTC--< 11 : 970
-||||||--< NER 18 >--||||||--< NER 19 >--|||| |||--< NER 2
318661 : -ACCTGT--< 16 >--GAAATC--< 4 >--CTAGTTTC--< 9 : 318709
971 : >--TGGCTGCTTCTCAT--< 13 >--GAACCCAAT--< 1 >--TG : 1018
0 >--|| || | ||||||--< NER 21 >--||| ||| |--< NER 22 >--||
318710 : >--TGTCT-CATCTCAT--< 4 >--GAATCCAGT--< 8 >--TG : 318744
1019 : AAGC--< 2 >--TTGAACACATT-AGCAG--< 7 >--TCGAATGGA : 1056
|||--< NER 23 >--|||| |||||| | |||--< NER 24 >--|||||| |
318745 : TAGC--< 7 >--TTGACCACATTCACCAG--< 15 >--TCGAAT-GC : 318795
1057 : AAAGCGTCTTGCTACCACATTCTCGAA--< 9 >--TCCCT--< 2 > : 1099
|||| || ||| ||||| |||||--< NER 25 >--|||||--< NER 26 >
318796 : AAAGAAGCTAGCT-GAACATTATCGAA--< 13 >--TCCCT--< 12 > : 318852
1100 : --CAAAATATTCATCGTTGGA--< 3 >--AGATGATTT--< 3 >-- : 1132
--|||||| ||| || | | |--< NER 27 >--|||| ||||--< NER 28 >--
318853 : --CAAAATTTTCTTCATAGAA--< 19 >--AGAT-ATTT--< 16 >-- : 318914
1133 : CAGCGA--< 17 >--AATGTACAG--< 2 >--GACTGCAAAA--< : 1179
|||| |--< NER 29 >--| ||||| |--< NER 30 >--|||| |||||--< N
318915 : CAGCTA--< 5 >--ACTGTACCG--< 11 >--GACTTCAAAA--< : 318960
1180 : 10 >--AGCTCGCGACTTA--< 10 >--TGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1230
ER 31 >--|||| |||| |--< NER 32 >--|| | ||||||||||||||
318961 : 5 >--AGCTATAGACTCA--< 2 >--TGATAGGACAGCTCCTGTAG : 318994
vulgar: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| 110 1230 + gi|330443681|ref|NC_001144.5| 297910 318994 + 502 M 7 7 N 31 29 M 11 11 N 10 13 M 13 13 N 2 9 M 5 5 G 1 0 M 7 7 N 30 15 M 4 4 G 0 1 M 7 7 G 0 1 M 6 6 N 11 11 M 6 6 N 5 10 M 18 18 N 12 12 M 12 12 N 1 10 M 6 6 G 1 0 M 10 10 G 0 2 M 4 4 G 0 1 M 9 9 N 369 20288 M 8 8 N 12 9 M 6 6 N 10 16 M 12 12 G 2 0 M 9 9 N 11 6 M 20 20 G 1 0 M 5 5 N 12 37 M 5 5 N 11 41 M 13 13 N 44 6 M 7 7 N 19 2 M 7 7 G 1 0 M 8 8 N 9 5 M 6 6 N 7 16 M 6 6 N 1 4 M 8 8 N 11 9 M 5 5 G 1 0 M 8 8 N 13 4 M 9 9 N 1 8 M 6 6 N 2 7 M 11 11 G 0 1 M 5 5 N 7 15 M 6 6 G 1 0 M 15 15 G 1 0 M 13 13 N 9 13 M 5 5 N 2 12 M 19 19 N 3 19 M 4 4 G 1 0 M 4 4 N 3 16 M 6 6 N 17 5 M 9 9 N 2 11 M 10 10 N 10 5 M 13 13 N 10 2 M 20 20
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
Model: NER:affine:local:dna2dna
Raw score: 440
Query range: 509 -> 1192
Target range: 183946 -> 184603
510 : TGAGA--< 23 >--TGGAACGCTC--< 20 >--GATTCTCCCCCCGGAAA : 584
|||||--< NER 1 >--|| ||| ||--< NER 2 >--|| ||| | | |||
183947 : TGAGA--< 26 >--TGAAACTGTC--< 15 >--GAAGCTCTTTCAGAAAA : 184019
585 : TCGAACAGGTG--< 12 >--GTGACGAAAG--< 19 >--CCAGATTTCAG : 647
| ||| |||--< NER 3 >--|||| || ||--< NER 4 >--|| |||| ||
184020 : GCCAACTCGTG--< 14 >--GTGAAGACAG--< 12 >--CCGGATTACAA : 184077
648 : TCT--< 17 >--ATAGACAGACTGGTC--< 1 >--AGAAGCT-TTAGAT : 696
|||--< NER 5 >--| ||| || | |||--< NER 6 >--|||| || ||||
184078 : TCT--< 12 >--AGAGAAAGGCAAGTC--< 4 >--AGAAACTGGCAGAT : 184125
697 : -TACGACATTCATAACTACTTTC--< 19 >--GACCGCTGA--< 2 >-- : 748
| ||| || | || | ||||--< NER 7 >--| |||||||--< NER 8 >--
184126 : CTTGGAC-TTGAAAAGGAGTTTC--< 22 >--GGCCGCTGA--< 12 >-- : 184191
749 : AAAT--AGATACGTCAGCAT--< 11 >--ATTGACCAAAAGTA--< 6 : 793
|||| |||| | |||||||--< NER 9 >--||| || |||| ||--< NER 10
184192 : AAATGCAGAT-CATCAGCAT--< 2 >--ATT-ACGAAAACTA--< 15 : 184240
794 : >--ATACGAGACAGA--< 6 >--TACTTTATTCCCCAGCGT--< 10 : 835
>--| || ||| |||--< NER 11 >--|||| || ||||| |--< NER 12
184241 : >--AAACCAGAAAGA--< 20 >--TACTAGGTT-ACCAGCTT--< 11 : 184300
836 : >--GCTGT--< 13 >--AATAATATTTGCAACCGCAAG--< 20 >--T : 903
>--|||||--< NER 13 >--|| || | || || | || |--< NER 14 >--|
184301 : >--GCTGT--< 11 >--AAGAAGACATGGAAACCCAGG--< 10 >--T : 184347
904 : TCAAATAAGGAGATCAA--< 7 >--TTAATAACAAG--< 19 >--TC : 959
||||| ||| ||| ||--< NER 15 >--|||| || |||--< NER 16 >--|
184348 : TCAAAGAAGAAGAAGAA--< 2 >--TTAAAAAGAAG--< 16 >--TG : 184395
960 : TCTAGCTTCGGTGCTT-CCGG--TGGCTGCTTCTCATAC--< 15 >--CCAAT : 1015
|||| || | ||| |||| || || ||| ||||--< NER 17 >--| |||
184396 : TCTA-CTAGAGAACTTGCCGGCAAGGTTGGGTCT-ATAC--< 7 >--CAAAT : 184444
1016 : CTGAA--< 2 >--AATTGAACA--< 19 >--AATGGAAAAGCGTCTT : 1066
||| |--< NER 18 >--||||| | |--< NER 19 >--| ||| |||| ||
184445 : CTGGA--< 14 >--AATTGGAAA--< 13 >--ATTGGCAAAG-GTGCC : 184500
1067 : GCTACCACATTCT--< 20 >--CAAAATATT--< 14 >--GATGATTT : 1130
| |||||||| |--< NER 20 >--||| || ||--< NER 21 >--||||||
184501 : GAAACCACATTTT--< 2 >--CAAGATGTT--< 18 >--GATGATGC : 184550
1131 : AT--GCAGCGAA--< 7 >--TCAAGGC--< 13 >--GACTGCAAAAT : 1178
|| ||||| |--< NER 22 >--|| ||||--< NER 23 >--||| | |||||
184551 : ATCCTCAGCGGA--< 3 >--TCTAGGC--< 6 >--GACGGTAAAAT : 184589
1179 : AGTAGTCAAAGCTC : 1192
|||||||| | |||
184590 : AGTAGTCACACCTC : 184603
vulgar: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| 509 1192 + gi|330443520|ref|NC_001136.10| 183946 184603 + 440 M 5 5 N 23 26 M 10 10 N 20 15 M 28 28 N 12 14 M 10 10 N 19 12 M 14 14 N 17 12 M 15 15 N 1 4 M 7 7 G 0 1 M 6 6 G 0 1 M 6 6 G 1 0 M 15 15 N 19 22 M 9 9 N 2 12 M 4 4 G 0 2 M 4 4 G 1 0 M 9 9 N 11 2 M 3 3 G 1 0 M 10 10 N 6 15 M 12 12 N 6 20 M 9 9 G 1 0 M 8 8 N 10 11 M 5 5 N 13 11 M 21 21 N 20 10 M 18 18 N 7 2 M 11 11 N 19 16 M 6 6 G 1 0 M 11 11 G 0 1 M 4 4 G 0 2 M 11 11 G 1 0 M 4 4 N 15 7 M 10 10 N 2 14 M 9 9 N 19 13 M 10 10 G 1 0 M 18 18 N 20 2 M 9 9 N 14 18 M 10 10 G 0 2 M 8 8 N 7 3 M 7 7 N 13 6 M 25 25
-- completed exonerate analysis
Raw
m_protein2genome.exon
Command line: [exonerate -m protein2genome ../scer_cad1_prot.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3]
Hostname: [blackbriar]
C4 Alignment:
------------
Query: sp|P24813|YAP2_YEAST AP-1-like transcription activator YAP2 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GN=CAD1 PE=1 SV=2
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence:[revcomp]
Model: protein2genome:local
Raw score: 2105
Query range: 0 -> 409
Target range: 1319275 -> 1318048
1 : MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy : 19
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy
1319275 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 1319221
20 : sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA : 38
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA
1319220 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164
39 : rgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAla : 56
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAla
1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319110
57 : GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa : 75
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa
1319109 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319053
76 : lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC : 94
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
1319052 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996
95 : ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp : 112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp
1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318942
113 : AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs : 131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
1318941 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318885
132 : nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA : 150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA
1318884 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828
151 : snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln : 168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln
1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318774
169 : GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs : 187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
1318773 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318717
188 : nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS : 206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS
1318716 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660
207 : erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg : 224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg
1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318606
225 : GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe : 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
1318605 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318549
244 : rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG : 262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG
1318548 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492
263 : lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro : 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro
1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318438
281 : LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy : 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy
1318437 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318381
300 : sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG : 318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG
1318380 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324
319 : lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg : 336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg
1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318270
337 : ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe : 355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe
1318269 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318213
356 : rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI : 374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
1318212 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156
375 : leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys : 392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318102
393 : IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu : 409
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu
1318101 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTG : 1318049
vulgar: sp|P24813|YAP2_YEAST 0 409 . gi|330443520|ref|NC_001136.10| 1319275 1318048 - 2105 M 409 1227
C4 Alignment:
------------
Query: sp|P24813|YAP2_YEAST AP-1-like transcription activator YAP2 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GN=CAD1 PE=1 SV=2
Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
Model: protein2genome:local
Raw score: 205
Query range: 28 -> 120
Target range: 253991 -> 254270
29 : ProLysArgLysValGlyArgProGlyArgLysArg<->IleAspSerGluAlaLysS : 47
||||||!:!|||! !.!!!:! !!.!!!:!|||!:! :!:||| !!|||.!!|||.
ProLysLysLysGlySerLysThrSerLysLysGlnAspLeuAspProGluThrLysG
253992 : CCGAAGAAGAAGGGTAGCAAAACTAGCAAAAAGCAAGATTTGGATCCTGAAACTAAGC : 254049
48 : erArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAlaGlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAl : 66
.!!:!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||!!:|||||||||
lnLysArgThrAlaGlnAsnArgAlaAlaGlnArgAlaPheArgGluArgLysGluAr
254050 : AGAAGAGGACTGCCCAAAATCGGGCCGCTCAAAGAGCTTTTAGGGAACGTAAGGAGAG : 254106
67 : aLysMetLysSerLeuGlnGluArgValGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsn : 85
!|||||||||..!|||:!!:!!!:!|||:!! !||||||...! .!. !||||||
gLysMetLysGluLeuGluLysLysValGlnSerLeuGluSerIleGlnGlnGlnAsn
254107 : GAAGATGAAGGAATTGGAGAAGAAGGTACAAAGTTTAGAGAGTATTCAGCAGCAAAAT : 254163
86 : LysThrThrThrAspPheLeuLeuCysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrL : 105
:!!..! !.!! !|||||| ! !..!|||! !!!|||:!!!:!|||:!!! !|
GluValGluAlaThrPheLeuArgAspGlnLeuIleThrLeuValAsnGluLeuLysL
254164 : GAAGTGGAAGCTACTTTTTTGAGGGACCAGTTAATCACTCTGGTGAATGAGTTAAAAA : 254223
106 : ysTyrArgAlaLysAsnSerAspAspGluArgIleLeuAlaPheLeu : 120
|||||||| !!:!!!..!!!:!!|||..!!:!:!:|||! !!:!|||
ysTyrArgProGluThrArgAsnAspSerLysValLeuGluTyrLeu
254224 : AATATAGACCAGAGACAAGAAATGACTCAAAAGTGCTGGAATATTTA : 254270
vulgar: sp|P24813|YAP2_YEAST 28 120 . gi|330443688|ref|NC_001145.3| 253991 254270 + 205 M 12 36 G 0 3 M 80 240
C4 Alignment:
------------
Query: sp|P24813|YAP2_YEAST AP-1-like transcription activator YAP2 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GN=CAD1 PE=1 SV=2
Target: gi|330443590|ref|NC_001140.6| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence:[revcomp]
Model: protein2genome:local
Raw score: 122
Query range: 37 -> 125
Target range: 84646 -> 68450
38 : ArgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAlaGln : 57
!.!:!!!.!:!! ..!!!::!!|||:!!!:!!:!! !|||||||||||||||||||||
AsnGluAsnValProAspAspSerLysAlaLysLysLysAlaGlnAsnArgAlaAlaGln
84646 : AATGAGAATGTTCCAGATGACTCTAAGGCAAAGAAAAAGGCTCAAAACAGAGCCGCCCAA : 84589
58 : ArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArg{Va} >>> : 75
!:!|||||||||!!:||||||||||||!:!||||||..!||||||!!:!:!{:!}
LysAlaPheArgGluArgLysGluAlaArgMetLysGluLeuGlnAspLys{Le}++
84588 : AAAGCCTTCAGAGAGAGAAAAGAAGCCAGAATGAAAGAATTACAAGATAAA{TT}gt... : 84531
76 : > Target Intron 1 >>>> {l}GluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLys : 86
15932 bp {!}.!. !:!! !.!.!:!||| !!||| !! !
+-{u}AsnLysIleLeuAsnArgAspProGlnPheMet
84530 : ......................at{A}AACAAGATACTGAACAGGGACCCCCAGTTCATG : 68570
87 : ThrThrThrAspPheLeuLeuCysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyr : 106
:!!!.!:!!..!|||! !! !||| !! ! !..!! !:!!!:! ||| !||| !!
SerAsnSerSerPheHisGlnCysValSerLeuAspSerIleAsnThrIleGluLysAsp
68569 : TCGAATTCCAGCTTTCATCAGTGTGTTTCACTAGATTCCATAAACACTATTGAAAAAGAT : 68510
107 : ArgAlaLysAsnSerAspAspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGlu : 125
..!! !|||||||||||||||!!: ! !||| ! ! ! ||| !::!|||
GluGluLysAsnSerAspAspAspAlaGlyLeuGlnAlaAlaThrAspAlaArgGlu
68509 : GAAGAAAAGAATAGTGACGATGATGCTGGTTTGCAGGCCGCCACAGATGCAAGAGAA : 68451
vulgar: sp|P24813|YAP2_YEAST 37 125 . gi|330443590|ref|NC_001140.6| 84646 68450 - 122 M 37 111 S 0 2 5 0 2 I 0 15928 3 0 2 S 1 1 M 50 150
-- completed exonerate analysis
Raw
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C4 Alignment:
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Target range: 1319275 -> 1318045
1 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 56
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319275 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 1319220
57 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319219 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164
113 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319108
169 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319107 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319052
225 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319051 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996
281 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318940
337 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318939 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318884
393 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318883 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828
449 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318772
505 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318771 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318716
561 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318715 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660
617 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318604
673 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318603 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318548
729 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318547 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492
785 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318436
841 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318435 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318380
897 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318379 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324
953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318268
1009 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318267 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318212
1065 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318211 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156
1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318100
1177 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318099 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046
vulgar: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| 0 1230 + gi|330443520|ref|NC_001136.10| 1319275 1318045 - 6150 M 1230 1230
C4 Alignment:
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Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
Model: ungapped:dna2dna
Raw score: 233
Query range: 121 -> 236
Target range: 254031 -> 254146
122 : TTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCTCAACGAGCGTT : 179
| || ||||| ||||| | |||||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||
254032 : TGGATCCTGAAACTAAGCAGAAGAGGACTGCCCAAAATCGGGCCGCTCAAAGAGCTTT : 254089
180 : CCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGTAGAGTTACTAGA : 236
| || | || || || |||||| ||| | ||| |||| | ||||
254090 : TAGGGAACGTAAGGAGAGGAAGATGAAGGAATTGGAGAAGAAGGTACAAAGTTTAGA : 254146
vulgar: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| 121 236 + gi|330443688|ref|NC_001145.3| 254031 254146 + 233 M 115 115
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
Model: ungapped:dna2dna
Raw score: 151
Query range: 1098 -> 1166
Target range: 255671 -> 255739
1099 : CCAAAATATTCATCGTTGGACATAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAA : 1156
|| ||||| ||| | || | |||| |||||| ||| |||| |||||||
255672 : CCGAAATACTCAGATATTGATGTCGATGGTTTATGTTCCGAGCTAATGGCAAAGGCAA : 255729
1157 : AATGTACAGA : 1166
||||| ||||
255730 : AATGTTCAGA : 255739
vulgar: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| 1098 1166 + gi|330443688|ref|NC_001145.3| 255671 255739 + 151 M 68 68
-- completed exonerate analysis
Raw
m_ungapped_trans.exon
Command line: [exonerate -m ungapped:trans ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3]
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Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds:[revcomp]
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
Model: ungapped:codon
Raw score: 2151
Query range: 1228 -> 1
Target range: 1318047 -> 1319274
1228 : ACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTTTG : 1174
ThrGlyAlaVal***ProGluHisSerValSerArgGluLeu***LeuLeuPheCy
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ThrGlyAlaVal***ProGluHisSerValSerArgGluLeu***LeuLeuPheCy
1318048 : ACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTTTG : 1318102
1173 : CAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATGTC : 1117
sSerHisLeuTyrIleLeuPro***LeuLeuIleArgCysIleAsnHisLeuCysP
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sSerHisLeuTyrIleLeuPro***LeuLeuIleArgCysIleAsnHisLeuCysP
1318103 : CAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATGTC : 1318159
1116 : CAACGATGAATATTTTGGTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGACG : 1063
roThrMetAsnIleLeuValGlyArgArgSerLeuArgGluCysGlySerLysThr
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
roThrMetAsnIleLeuValGlyArgArgSerLeuArgGluCysGlySerLysThr
1318160 : CAACGATGAATATTTTGGTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGACG : 1318213
1062 : CTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTCGA : 1006
LeuPheHisSerIleTrpArgCys***CysValGlnLeuLeuGlnIleGlyPheGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuPheHisSerIleTrpArgCys***CysValGlnLeuLeuGlnIleGlyPheGl
1318214 : CTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTCGA : 1318270
1005 : ATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGATT : 949
uLeuPhe***TyrGluLysGlnProProGluAlaProLysLeuGluIleSerAspS
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uLeuPhe***TyrGluLysGlnProProGluAlaProLysLeuGluIleSerAspS
1318271 : ATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGATT : 1318327
948 : CAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTTGG : 895
erThrGlyGlyLeuLeuLeuSerArgIle***SerProTyrLeuAsnMetValTrp
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
erThrGlyGlyLeuLeuLeuSerArgIle***SerProTyrLeuAsnMetValTrp
1318328 : CAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTTGG : 1318381
894 : TCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGGGA : 838
SerArgTyrThrCysGlyCysLysTyrTyrTyrThrGlySerLeuGlnGlnGlyGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SerArgTyrThrCysGlyCysLysTyrTyrTyrThrGlySerLeuGlnGlnGlyGl
1318382 : TCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGGGA : 1318438
837 : AGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGGTC : 781
uAlaArgTrpGlyIleLysTyrHisLeuLeuSerArgMetGluAspThrPheGlyG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uAlaArgTrpGlyIleLysTyrHisLeuLeuSerArgMetGluAspThrPheGlyG
1318439 : AGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGGTC : 1318495
780 : AATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGAGT : 727
lnPheHisIleAspMetLeuThrTyrLeuPhePheGlnArgSerGlyValGlnSer
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnPheHisIleAspMetLeuThrTyrLeuPhePheGlnArgSerGlyValGlnSer
1318496 : AATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGAGT : 1318549
726 : GCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTCTA : 670
AlaGluGluSerSerTyrGluCysArgAsnLeuLysLeuLeuAspGlnSerValTy
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlaGluGluSerSerTyrGluCysArgAsnLeuLysLeuLeuAspGlnSerValTy
1318550 : GCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTCTA : 1318606
669 : TCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTTTC : 613
rHisTrpArgGlnAspArgAsp***AsnLeuAlaPheHisTyrHis***TyrPheA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rHisTrpArgGlnAspArgAsp***AsnLeuAlaPheHisTyrHis***TyrPheA
1318607 : TCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTTTC : 1318663
612 : GTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATTGG : 559
rgHisArgTrp***ArgHisLeuPheAspPheArgGlyGluAsnProThrAsnTrp
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rgHisArgTrp***ArgHisLeuPheAspPheArgGlyGluAsnProThrAsnTrp
1318664 : GTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATTGG : 1318717
558 : TTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTTGA : 502
LeuAsnTrpGluArgSerMetSerLeuCysSerThr***LeuSerHisSerLeuGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuAsnTrpGluArgSerMetSerLeuCysSerThr***LeuSerHisSerLeuGl
1318718 : TTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTTGA : 1318774
501 : GTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTAGG : 445
uCysAlaAlaValLeuLeuTyrLeuCysSerGlnSerCysPheHisLeuAsn***A
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uCysAlaAlaValLeuLeuTyrLeuCysSerGlnSerCysPheHisLeuAsn***A
1318775 : GTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTAGG : 1318831
444 : CGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTTTT : 391
laMetAlaIleProLeuGlnProCys***LeuLeuTyrLeuPheLeuPheArgPhe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
laMetAlaIleProLeuGlnProCys***LeuLeuTyrLeuPheLeuPheArgPhe
1318832 : CGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTTTT : 1318885
390 : CCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCATCA : 334
ProPheSerValValLeuAlaAspHisArgGlyArgLeuIlePhePheHisHisGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ProPheSerValValLeuAlaAspHisArgGlyArgLeuIlePhePheHisHisGl
1318886 : CCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCATCA : 1318942
333 : GAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACATAG : 277
nAsnSer***LeuTyrIleLeu***PheProThrValAsnPheLeuLysAsnIleV
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nAsnSer***LeuTyrIleLeu***PheProThrValAsnPheLeuLysAsnIleV
1318943 : GAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACATAG : 1318999
276 : TAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTACCC : 223
alLysSerProTrp***SerTyrSerAlaHisLeuSerValLeuValThrLeuPro
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alLysSerProTrp***SerTyrSerAlaHisLeuSerValLeuValThrLeuPro
1319000 : TAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTACCC : 1319053
222 : TCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAGCT : 166
SerLeuAlaAsnSerSerPheTrpLeuLeuSerTyrLeuGlyThrLeuValGluLe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SerLeuAlaAsnSerSerPheTrpLeuLeuSerTyrLeuGlyThrLeuValGluLe
1319054 : TCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAGCT : 1319110
165 : GCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTGCC : 109
uProTyrSerGlyGlnSerSerTyrSer***LeuGlnSerGlnSerPhePheCysL
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uProTyrSerGlyGlnSerSerTyrSer***LeuGlnSerGlnSerPhePheCysL
1319111 : GCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTGCC : 1319167
108 : TGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTTCT : 55
euValCysProProSerSer***ValPheHisLeuTyrLeuAlaThrPheAlaSer
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
euValCysProProSerSer***ValPheHisLeuTyrLeuAlaThrPheAlaSer
1319168 : TGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTTCT : 1319221
54 : TCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCA : 2
SerCysHisLeuLeuAsnIlePheAlaAspLeuSerGluGlyTyrCysPro
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SerCysHisLeuLeuAsnIlePheAlaAspLeuSerGluGlyTyrCysPro
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MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy
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sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA
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sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa
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lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
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ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp
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AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
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nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA
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nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS
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erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg
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GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
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rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe
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rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
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leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu***
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ArgPheSerIleArgTyrGlyAlaAlaAsnValPheAsnCysPheArgLeuGlySe
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1007 : GAATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGA : 951
rAsnCysPheSerMetArgSerSerHisArgLysHisArgSer***ArgPheLeuI
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rAsnCysPheSerMetArgSerSerHisArgLysHisArgSer***ArgPheLeuI
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leGlnGlnValAlaCysTyr***ValAlaPheAspLeuLeuIle***ThrTrpPhe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
leGlnGlnValAlaCysTyr***ValAlaPheAspLeuLeuIle***ThrTrpPhe
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GlyProAspThrLeuAlaValAlaAsnIleIleThrLeuAlaProTyrSerLysGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlyProAspThrLeuAlaValAlaAsnIleIleThrLeuAlaProTyrSerLysGl
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yLysHisAlaGlyGlu***SerIleIlePheCysLeuValTrpLysIleLeuLeuV
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
yLysHisAlaGlyGlu***SerIleIlePheCysLeuValTrpLysIleLeuLeuV
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alAsnPheThrLeuThrCys***ArgIleTyrPhePheSerGlyGlnAlaPheArg
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alAsnPheThrLeuThrCys***ArgIleTyrPhePheSerGlyGlnAlaPheArg
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ValLeuArgLysValValMetAsnValValIle***SerPhe***ThrSerLeuSe
1318548 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC : 1318604
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rIleIleGlyAspLysIleGluThrGluIleTrpHisPheThrThrIleAsnThrP
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rIleIleGlyAspLysIleGluThrGluIleTrpHisPheThrThrIleAsnThrP
1318605 : TATCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTT : 1318661
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heValThrAspGlyAsnGlyThrCysSerIleSerGlyGlyArgIleProArgIle
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
heValThrAspGlyAsnGlyThrCysSerIleSerGlyGlyArgIleProArgIle
1318662 : TCGTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATT : 1318715
560 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT : 504
Gly***ThrGlySerValPro***AlaTyrValProHisAsnPheLeuIleLeuLe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gly***ThrGlySerValPro***AlaTyrValProHisAsnPheLeuIleLeuLe
1318716 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT : 1318772
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uSerValArgLeuTyrPheTyrThrCysValHisSerHisValPheIle***IleA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uSerValArgLeuTyrPheTyrThrCysValHisSerHisValPheIle***IleA
1318773 : GAGTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTA : 1318829
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rgArgTrpGlnPheLeuCysSerLeuAlaAsnCysCysThrCysSerPhePheVal
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rgArgTrpGlnPheLeuCysSerLeuAlaAsnCysCysThrCysSerPhePheVal
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PheProPheLeuLeuPheLeuGlnIleIleGluGluGly***TyrSerPheIleIl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PheProPheLeuLeuPheLeuGlnIleIleGluGluGly***TyrSerPheIleIl
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eArgIleLeuSerSerIlePheCysAsnPheArgGln***ThrPhe***ArgThr*
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
eArgIleLeuSerSerIlePheCysAsnPheArgGln***ThrPhe***ArgThr*
1318941 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT : 1318997
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*****LysValArgGlySerLeuIleLeuArgIlePheLeuPhe******LeuTyr
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
*****LysValArgGlySerLeuIleLeuArgIlePheLeuPhe******LeuTyr
1318998 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC : 1319051
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ProLeuLeuGlnThrLeuHisPheGlyPhePheProIleSerGluArgSerLeuSe
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rCysProIleLeuGlySerProProThrLeuSerPheArgValAsnProPheSerA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rCysProIleLeuGlySerProProThrLeuSerPheArgValAsnProPheSerA
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laTrpSerAlaHisLeuProLeuArgCysSerIlePheIle***GlnHisLeuLeu
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
laTrpSerAlaHisLeuProLeuArgCysSerIlePheIle***GlnHisLeuLeu
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56 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT : 1
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuHisValThrCys***IleTyrLeuLeuThrPheProLysAspIleAlaHis
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-- completed exonerate analysis
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