afficher carte des malades du COVID par département

centres_dept.txt

01	46°05’58"	5°20’56" E	AIN
02	49°33’34"	3°33’30" E	AISNE
03	46°23’37"	3°11’18" E	ALLIER
04	44°06’22"	6°14’38" E	ALPES-DE-HAUTEPROVENCE
05	44°39’49"	6°15’47" E	HAUTES-ALPES
06	43°56’15"	7°06’59" E	ALPES-MARITIMES
07	44°45’06"	4°25’29" E	ARDECHE
08	49°36’56"	4°38’27" E	ARDENNES
09	42°55’15"	1°30’14" E	ARIEGE
10	48°18’16"	4°09’42" E	AUBE
11	43°06’12"	2°24’51" E	AUDE
12	44°16’49"	2°40’47" E	AVEYRON
13	43°32’36"	5°05’11" E	BOUCHES-DU-RHÔNE
14	49°05’59"	0°21’49"O	CALVADOS
15	45°03’04"	2°40’07" E	CANTAL
16	45°43’05"	0°12’06" E	CHARENTE
17	45°46’51"	0°40’28"O	CHARENTE-MARITIME
18	47°03’53"	2°29’28" E	CHER
19	45°21’25"	1°52’37" E	CORREZE
20	41°51’49"	8°59’17" E	CORSE-DU-SUD
20	42°23’39"	9°12’23" E	HAUTE-CORSE
21	47°25’29"	4°46’20" E	CÔTE-D’OR
22	48°26’28"	2°51’51" O	CÔTES-D’ARMOR
23	46°05’25"	2°01’08" E	CREUSE
24	45°06’15"	0°44’29" E	DORDOGNE
25	47°09’55"	6°21’42" E	DOUBS
26	44°41’03"	5°10’05" E	DROME
27	49°06’49"	0°59’46" E	EURE
28	48°23’15"	1°22’13" E	EURE-ET-LOIR
29	48°15’40"	4°03’32" O	FINISTÈRE
30	43°59’36"	4°10’49" E	GARD
31	43°21’31"	1°10’22" E	HAUTE-GARONNE
32	43°41’34"	0°27’12" E	GERS
33	44°49’31"	0°34’31" O	GIRONDE
34	43°34’47"	3°22’02" E	HÉRAULT
35	48°09’16"	1°38’19" O	ILLE-ET-VILAINE
36	46°46’40"	1°34’33" E	INDRE
37	47°15’29"	0°41’29" E	INDRE-ET-LOIRE
38	45°15’48"	5°34’34" E	ISÈRE
39	46°43’42"	5°41’52" E	JURA
40	43°57’56"	0°47’02" O	LANDES
41	47°37’00"	1°25’46" E	LOIR-ET-CHER
42	45°43’37"	4°09’57" E	LOIRE
43	45°07’41"	3°48’23" E	HAUTE-LOIRE
44	47°21’41"	1°40’56" O	LOIRE-ATLANTIQUE
45	47°54’43"	2°20’39" E	LOIRET
46	44°37’27"	1°36’17" E	LOT
47	44°22’03"	0°27’37" E	LOT-ET-GARONNE
48	44°31’02"	3°30’01" E	LOZÈRE
49	47°23’27"	0°33’51" O	MAINE-ET-LOIRE
50	49°04’46"	1°19’39" O	MANCHE
51	48°56’57"	4°14’19" E	MARNE
52	48°06’34"	5°13’35" E	HAUTE-MARNE
53	48°08’48"	0°39’29" O	MAYENNE
54	48°47’13"	6°09’54" E	MEURTHE-ET-MOSELLE
55	48°59’22"	5°22’54" E	MEUSE
56	47°50’47"	2°48’36" O	MORBIHAN
57	49°02’14"	6°39’48" E	MOSELLE
58	47°06’55"	3°30’17" E	NIÈVRE
59	50°26’50"	3°13’14" E	NORD
60	49°24’37"	2°25’31" E	OISE
61	48°37’25"	0°07’44" E	ORNE
62	50°29’37"	2°17’19" E	PAS-DE-CALAIS
63	45°43’33"	3°08’27" E	PUY-DE-DÔME
64	43°15’24"	0°45’41" O	PYRÉNÉES-ATLANTIQUES
65	43°03’11"	0°09’50" E	HAUTES-PYRÉNÉES
66	42°36’00"	2°31’20" E	PYRÉNÉES-ORIENTALES
67	48°40’15"	7°33’05" E	BAS-RHIN
68	47°51’31"	7°16’27" E	HAUT-RHIN
69	45°52’13"	4°38’29" E	RHONE
70	47°38’28"	6°05’10" E	HAUTE-SAÔNE
71	46°38’41"	4°32’32" E	SAÔNE-ET-LOIRE
72	47°59’40"	0°13’20" E	SARTHE
73	45°28’39"	6°26’37" E	SAVOIE
74	46°02’04"	6°25’41" E	HAUTE-SAVOIE
75	48°51’24"	2°20’32" E	PARIS
76	49°39’18"	1°01’35" E	SEINE-MARITIME
77	48°37’36"	2°56’00" E	SEINE-ET-MARNE
78	48°48’54"	1°50’30" E	YVELINES
79	46°33’20"	0°19’02" O	DEUX-SÈVRES
80	49°57’29"	2°16’40" E	SOMME
81	43°47’07"	2°09’58" E	TARN
82	44°05’09"	1°16’55" E	TARN-ET-GARONNE
83	43°27’38"	6°13’05" E	VAR
84	43°59’38"	5°11’10" E	VAUCLUSE
85	46°40’29"	1°17’52" O	VENDÉE
86	46°33’50"	0°27’37" E	VIENNE
87	45°53’30"	1°14’07" E	HAUTE-VIENNE
88	48°11’48"	6°22’50" E	VOSGES
89	47°50’23"	3°33’52" E	YONNE
90	47°37’54"	6°55’43" E	TERRITOIRE DE BELFORT
91	48°31’20"	2°14’35" E	ESSONNE
92	48°50’50"	2°14’45" E	HAUTS-DE-SEINE
93	48°55’03"	2°28’41" E	SEINE-SAINT-DENIS
94	48°46’39"	2°28’08" E	VAL-DE-MARNE
95	49°04’58"	2°07’52" E	VAL-D’OISE

mapdept.py

# coding=utf-8

"""
Requiert le fichier par departement depuis datagouv: https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-relatives-a-lepidemie-du-covid-19/
Affiche, par departement, le cumul des personnes hospitalisées avec présomption de COVID sur toute la période.
Requiert le fichier contenant la localisation des centres des departements ci-dessous
"""

from LatLon import string2latlon
import matplotlib.pyplot as plt
import time
import threading
import random

ps, codes = [], []

def locDept(d):
    for i in range(len(ps)):
        if str(codes[i])==str(d):
            return float(ps[i].lon), float(ps[i].lat)
    return -1.,-1.

def getVirusMap():
    lons,lats=[],[]
    with open("sursaud-covid19-quotidien-2020-03-20-19h44-feuille1.csv","r") as f: lines=f.readlines()
    lines=lines[1:]
    for l in lines:
        s=l.split(",")
        dat = s[1]
        dep = s[0]
        lon,lat = locDept(dep)
        if lon>=0 and lat>=0 and len(s[5])>0:
            mal = int(s[5])
            for i in range(mal):
                lo = lon+random.uniform(-0.5,0.5)
                la = lat+random.uniform(-0.5,0.5)
                lons.append(lo)
                lats.append(la)
    return lons, lats

with open("centres_dept.txt","r") as f:
    for l in f:
        s = l.split("\t")
        slat, slon = s[1], s[2]
        slat+=" N"
        slon=slon.replace('O',' W')
        slon=slon.replace('  ',' ')
        p = string2latlon(slat,slon,'d%°%m%’%S%" %H')
        ps.append(p)
        codes.append(s[0])

lons = [float(p.lon) for p in ps]
lats = [float(p.lat) for p in ps]

BBox = (-5.3, 8.6, 42.4, 51.4)
print(BBox)

img = plt.imread('france.png')
fig, ax = plt.subplots(figsize = (8,7))

# Paris et Marseille
vlons = (2.348338,5.410880)
vlats = (48.859292,43.325250)

vscat = ax.scatter(vlons, vlats, zorder=1, alpha= 0.9, c='r', s=10)
dscat = ax.scatter(lons, lats, zorder=1, alpha= 0.9, c='black', s=1)
tlons,tlats = getVirusMap()
scat = ax.scatter(tlons, tlats, zorder=1, alpha= 0.9, c='blue', s=10)

dbuglon, dbuglat = locDept("29")
ax.scatter((dbuglon,), (dbuglat,), zorder=1, alpha= 0.9, c='green', s=100)

ax.set_title('COVID hopitaux')
ax.set_xlim(BBox[0],BBox[1])
ax.set_ylim(BBox[2],BBox[3])
ax.imshow(img, zorder=0, extent = BBox, aspect= 'equal')

"""
def update():
    global lons
    for i in range(10):
        time.sleep(1)
        xoff=float(i)
        print(xoff)
        newpts = [(lons[i]+xoff,lats[i]) for i in range(len(lons))]
        scat.set_offsets(newpts)
        plt.draw()

t = threading.Thread(target=update)
t.daemon=True
t.start()
"""
plt.show()

J'ai essayé de charger votre code mais j'ai le pb suivant après avoir installé LatLon

<ipython-input-3-a7176c3bd9a2> in <module>
      7 """
      8 
----> 9 from LatLon import string2latlon
     10 import matplotlib.pyplot as plt
     11 import time

~\Anaconda3\lib\site-packages\LatLon\__init__.py in <module>
----> 1 from lat_lon import Latitude, Longitude, LatLon, string2geocoord, string2latlon, GeoVector

J'ai essayé d'installer lat_lon , mais pip install me remonte un pb , donc je ne peux aller plus loin ;-)

J'avais oublié: il faut aussi le fond de carte de la france pour que le script ci-dessus marche (provient de openstreemap)

J'ai essayé de charger votre code mais j'ai le pb suivant après avoir installé LatLon

<ipython-input-3-a7176c3bd9a2> in <module>
      7 """
      8 
----> 9 from LatLon import string2latlon
     10 import matplotlib.pyplot as plt
     11 import time

~\Anaconda3\lib\site-packages\LatLon\__init__.py in <module>
----> 1 from lat_lon import Latitude, Longitude, LatLon, string2geocoord, string2latlon, GeoVector

J'ai essayé d'installer lat_lon , mais pip install me remonte un pb , donc je ne peux aller plus loin ;-)

Alors j'utilise python2.7 (pas sur que ca marche en python3 ou avec jupyter) et pip pour que ça marche; voici la liste des packages que j'ai installés dans le virtuelenv dédié à ce programme:

(les plus importants sont LatLon et pyproj il me semble)

$ pip list
DEPRECATION: Python 2.7 reached the end of its life on January 1st, 2020. Please upgrade your Python as Python 2.7 is no longer maintained. A future version of pip will drop support for Python 2.7. More details about Python 2 support in pip, can be found at https://pip.pypa.io/en/latest/development/release-process/#python-2-support
Package Version

---

aenum 2.2.3
backports.functools-lru-cache 1.6.1
cycler 0.10.0
kiwisolver 1.1.0
LatLon 1.0.2
matplotlib 2.2.5
numpy 1.16.6
pip 20.0.2
pyparsing 2.4.6
pyproj 2.2.2
python-dateutil 2.8.1
pytz 2019.3
setuptools 44.0.0
six 1.14.0
subprocess32 3.5.4
wheel 0.34.2

Désolé mais je suis en python3 je ne changerai pas :-(

Pour le faire fonctionner en python 3, il faut remplacer LatLon par LatLon23 :

from LatLon23 import string2latlon

et ne pas oublier de préciser l'encodage quand on ouvre centres_dept.txt :

with open("centres_dept.txt","r", encoding='utf-8') as f:

Merci, je ne le savais pas !

Ok , j'arrive à lancer avec les fix de @LefrancoisJean (merci à lui) et avec Jupyter Notebook, mais

• quel est le fichier à utiliser car ils ont changé de nom , j'ai utilisé 'sursaud-covid19-quotidien.........csv
• j'ai utilisé votre image de la France mais le résultat global est pauvre ....

Je ne sais pas ce que vous vouliez faire apparaitre au depart , mais il me semble qu'avec votre code chaque fois qu'un département apparait dans le fichier vous ajoutez un point sur la carte , donc si un departement est présent 30 jours vous avez 30 points aleatoirement répartis d'où ce brouillard

Si vous vouliez faire apparaitre les départements en fonction d'un critère de nombre il faudrait faire un filtre et ne prendre qu'une fois le departement ) , mais peut etre n'ai je pas compris votre intention

Edit : autre idée commmunement utilisée danns tous les dashboard, faire un cercle proportionnel au nombre avec une liste des rayons en // des lat lon

Oui, le code n'est absolument pas une version "finalisée": il ne fait que mettre en place tous les éléments pour réaliser cet affichage, i.e. le fond de carte, les coordonnées GPS des départements, l'import du fichier de données, etc.
L'idée de base est de créer une animation jour par jour, car effectivement, tout afficher d'un coup n'est plus très utile au bout d'un moment.
Il y a encore des paramètres à régler pour améliorer la lisibilité: l'écart de la distribution "random" par département, peut-être aussi le calibrage des coordonnées GPS qui me semblent étrange... Mais le code n'est pas loin de cet objectif.

Bref, ce n'est qu'un débroussaillage, utile en tant que librairie pas en tant qu'application finalisée.