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#
# /HRA001149/HRR339728/HRR339728_f1.fastq.gz
# /HRA001149/HRR339728/HRR339728_r2.fastq.gz
# /HRA001149/HRR339728/HRR339728_sta.xml
# 
# for dirname=HRR339728


fname=all_dirs_list.txt

(
while read -r line; do
 dldir=download/HRA001149/$line
 mkdir -p ${dldir}
 ftp_cmdf=${dldir}/ftp.cmd
 f1_file=${line}_f1.fastq.gz
 r2_file=${line}_r2.fastq.gz
 xm_file=${line}_sta.xml
 touch ${dldir}/${f1_file}
 touch ${dldir}/${r2_file}
 touch ${dldir}/${xm_file}
 echo cd HRA001149     >  ${ftp_cmdf}
 echo cd $line         >> ${ftp_cmdf}
 echo dir              >> ${ftp_cmdf}
 echo '! echo start'   >> ${ftp_cmdf}
 echo '! date'         >> ${ftp_cmdf}
 echo prompt           >> ${ftp_cmdf}
 echo reget ${f1_file} >> ${ftp_cmdf}
 echo '! echo f1 done' >> ${ftp_cmdf}
 echo reget ${r2_file} >> ${ftp_cmdf}
 echo '! echo r2 done' >> ${ftp_cmdf}
 echo reget ${xm_file} >> ${ftp_cmdf}
 echo '! echo xm done' >> ${ftp_cmdf}
 echo '! date'         >> ${ftp_cmdf}
 echo '! echo end  '   >> ${ftp_cmdf}
 echo bye              >> ${ftp_cmdf}
 ftp_driver=${dldir}/ftpdo.sh  
 echo "#!/bin/bash "    > ${ftp_driver}
 echo "cd "${dldir}    >> ${ftp_driver}
 echo "ftp human.big.ac.cn < ftp.cmd"  >> ${ftp_driver}
 echo "cd -"           >> ${ftp_driver}
 chmod +x ${ftp_driver}
done 
) < ${fname}

# head -1 all_file_list.txt | awk -F/ '{print "cd "$2"\n""cd "$3"\nprompt\nmget *\nbye"}'