I use this script to detect bom file recursively, and delete bom with sublime text.

delBom.php

<?php
/**
 * 用法：复制以下代码至新建的php文件中，将该php文件放置项目目录，运行即可。代码来源于网络。
 * chenwei 注。
 */
header('content-Type: text/html; charset=utf-8');
$auto=0;/* 设置为1标示检测BOM并去除，设置为0标示只进行BOM检测，不去除 */
$basedir='.';
$loop=true;
echo '当前查找的目录为：'.$basedir.'当前的设置是：';
echo '（1）',$loop?'检查当前目录以及当前目录的子目录':'只针对当前目录进行检测';
echo '（2）',$auto?'检测文件BOM同时去除检测到BOM文件的BOM<br />':'只检测文件BOM不执行去除BOM操作<br />';

checkdir($basedir,$loop);
function checkdir($basedir='',$loop=true){
    $basedir=empty($basedir)?'.':$basedir;
    if($dh=opendir($basedir)){
        while (($file=readdir($dh))!==false){
            if($file!='.'&&$file!='..'){
                if(!is_dir($basedir.'/'.$file)){
                    echo '文件: '.$basedir.'/'.$file .checkBOM($basedir.'/'.$file).' <br>';
                }else{
                    if(!$loop) continue;
                    $dirname=$basedir.'/'.$file;
                    checkdir($dirname);
                }
            }
        }
        closedir($dh);
    }
}
function checkBOM($filename){
    global $auto;
    $contents=file_get_contents($filename);
    $charset[1]=substr($contents,0,1);
    $charset[2]=substr($contents,1,1);
    $charset[3]=substr($contents,2,1);
    if(ord($charset[1])==239&&ord($charset[2])==187&&ord($charset[3])==191){
        if($auto==1){
            $rest=substr($contents,3);
            rewrite($filename,$rest);
            return (' <font color=red>找到BOM并已自动去除</font>');
        }else{
            return (' <font color=red>找到BOM</font>');
        }
    }else{
        return (' 没有找到BOM');
    }
}
function rewrite($filename,$data){
    $filenum=fopen($filename,'w');
    flock($filenum,LOCK_EX);
    fwrite($filenum,$data);
    fclose($filenum);
}