Map from OBO Foundry prefixes to Bioregistry prefixes

make_mapping.py

import json
import sys

import click

import bioregistry


@click.command()
@click.option('--output', default=sys.stdout)
def main(output):
    json.dump(obj=get_map(), fp=output, indent=2)


def get_map() -> dict[str, str]:
    rv = {}
    for prefix in bioregistry.read_registry():
        obo_prefix = bioregistry.get_obofoundry_prefix(prefix)
        if obo_prefix is None:
            continue
        rv[obo_prefix] = prefix
    return rv


if __name__ == '__main__':
    main()

obofoundry_bioregistry_mapping.json

{
  "AAO": "aao",
  "ADW": "adw",
  "AEO": "aeo",
  "AGRO": "agro",
  "AISM": "aism",
  "AMPHX": "amphx",
  "APO": "apo",
  "APOLLO_SV": "apollo_sv",
  "ARO": "aro",
  "BCO": "bco",
  "BFO": "bfo",
  "BILA": "bila",
  "KISAO": "biomodels.kisao",
  "BSPO": "bspo",
  "BTO": "bto",
  "CARO": "caro",
  "CDAO": "cdao",
  "CDNO": "cdno",
  "CEPH": "ceph",
  "CHEBI": "chebi",
  "CHEMINF": "cheminf",
  "CHIRO": "chiro",
  "CHMO": "chmo",
  "CIDO": "cido",
  "CIO": "cio",
  "CL": "cl",
  "CLAO": "clao",
  "CLO": "clo",
  "CLYH": "clyh",
  "CMF": "cmf",
  "CMO": "cmo",
  "COB": "cob",
  "CRO": "cro",
  "CTENO": "cteno",
  "CTO": "cto",
  "CVDO": "cvdo",
  "DDANAT": "ddanat",
  "DDPHENO": "ddpheno",
  "DIDEO": "dideo",
  "DOID": "doid",
  "FBcv": "fbcv",
  "DRON": "dron",
  "DUO": "duo",
  "ECAO": "ecao",
  "ECO": "eco",
  "ECOCORE": "ecocore",
  "ECTO": "ecto",
  "EFO": "efo",
  "EHDA": "ehda",
  "EHDAA": "ehdaa",
  "EHDAA2": "ehdaa2",
  "EMAPA": "emapa",
  "ENVO": "envo",
  "ERO": "ero",
  "EUPATH": "eupath",
  "EV": "ev",
  "ExO": "exo",
  "FAO": "fao",
  "FBbi": "fbbi",
  "FBbt": "fbbt",
  "FBdv": "fbdv",
  "FIDEO": "fideo",
  "FIX": "fix",
  "FLOPO": "flopo",
  "FMA": "fma",
  "FOBI": "fobi",
  "FOODON": "foodon",
  "FOVT": "fovt",
  "FYPO": "fypo",
  "GAZ": "gaz",
  "GECKO": "gecko",
  "GENEPIO": "genepio",
  "GENO": "geno",
  "GEO": "geogeo",
  "GNO": "gno",
  "GO": "go",
  "GSSO": "gsso",
  "HANCESTRO": "hancestro",
  "HAO": "hao",
  "HOM": "hom",
  "HP": "hp",
  "HsapDv": "hsapdv",
  "HSO": "hso",
  "HTN": "htn",
  "IAO": "iao",
  "ICEO": "iceo",
  "ICO": "ico",
  "IDO": "ido",
  "IDOMAL": "idomal",
  "INO": "ino",
  "LABO": "labo",
  "MA": "ma",
  "MAMO": "mamo",
  "MAT": "mat",
  "MAXO": "maxo",
  "MCO": "mco",
  "MF": "mf",
  "MFMO": "mfmo",
  "MFO": "mfo",
  "MFOEM": "mfoem",
  "MFOMD": "mfomd",
  "MI": "mi",
  "MIAPA": "miapa",
  "MICRO": "micro",
  "MIRO": "miro",
  "MMO": "mmo",
  "MmusDv": "mmusdv",
  "MO": "mo",
  "MOD": "mod",
  "MONDO": "mondo",
  "MOP": "mop",
  "MP": "mp",
  "MPATH": "mpath",
  "MPIO": "mpio",
  "MRO": "mro",
  "MS": "ms",
  "NBO": "nbo",
  "NCBITaxon": "ncbitaxon",
  "NCIT": "ncit",
  "NCRO": "ncro",
  "NMR": "nmr",
  "NOMEN": "nomen",
  "OAE": "oae",
  "OARCS": "oarcs",
  "OBA": "oba",
  "OBCS": "obcs",
  "OBI": "obi",
  "OBIB": "obib",
  "OGG": "ogg",
  "OGI": "ogi",
  "OGMS": "ogms",
  "OGSF": "ogsf",
  "OHD": "ohd",
  "OHMI": "ohmi",
  "OHPI": "ohpi",
  "OlatDv": "olatdv",
  "OMIABIS": "omiabis",
  "OMIT": "omit",
  "OMO": "omo",
  "OMP": "omp",
  "OMRSE": "omrse",
  "ONE": "one",
  "ONS": "ons",
  "ONTONEO": "ontoneo",
  "OOSTT": "oostt",
  "OPL": "opl",
  "OPMI": "opmi",
  "ORNASEQ": "ornaseq",
  "OVAE": "ovae",
  "PATO": "pato",
  "PCO": "pco",
  "PDRO": "pdro",
  "PdumDv": "pdumdv",
  "PECO": "peco",
  "PHIPO": "phipo",
  "PLANA": "plana",
  "PLANP": "planp",
  "PLO": "plo",
  "PO": "po",
  "PORO": "poro",
  "PPO": "ppo",
  "PR": "pr",
  "PSDO": "psdo",
  "PSO": "pso",
  "PW": "pw",
  "RBO": "rbo",
  "RESID": "resid",
  "REX": "rex",
  "RNAO": "rnao",
  "RO": "ro",
  "RS": "rs",
  "RXNO": "rxno",
  "SAO": "sao",
  "SBO": "sbo",
  "SCDO": "scdo",
  "SEPIO": "sepio",
  "SIBO": "sibo",
  "SO": "so",
  "SPD": "spd",
  "STATO": "stato",
  "SWO": "swo",
  "SYMP": "symp",
  "TADS": "tads",
  "TAO": "tao",
  "TAXRANK": "taxrank",
  "TGMA": "tgma",
  "TO": "to",
  "TRANS": "trans",
  "TTO": "tto",
  "TXPO": "txpo",
  "UBERON": "uberon",
  "UO": "uo",
  "UPA": "upa",
  "UPHENO": "upheno",
  "VARIO": "vario",
  "VHOG": "vhog",
  "VO": "vo",
  "VSAO": "vsao",
  "VT": "vt",
  "VTO": "vto",
  "WBbt": "wbbt",
  "WBls": "wbls",
  "WBPhenotype": "wbphenotype",
  "XAO": "xao",
  "XCO": "xco",
  "XLMOD": "xlmod",
  "XPO": "xpo",
  "ZEA": "zea",
  "ZECO": "zeco",
  "ZFA": "zfa",
  "ZFS": "zfs",
  "ZP": "zp"
}