Extract Journal of Cheminformatics DOIs from https://github.com/egonw/jcheminform-kb

extract_jcheminform_dois.py

"""Get Journal of Cheminformatics DOIs."""

import requests
import pystow

MODULE = pystow.module("jcheminf", "volumes")
USER = "egonw"  # alternative use first-party jcheminform if it ever gets updated
REPO = "jcheminform-kb"
BRANCH = "main"
PREFIX = "https://doi.org/10.1186/"


def main():
    response = requests.get(f"https://api.github.com/repos/{USER}/{REPO}/git/trees/{BRANCH}?recursive=1")
    response.raise_for_status()

    results = set()
    for element in response.json()["tree"]:
        if not element["path"].endswith(".ttl"):
            continue
        graph = MODULE.ensure_rdf(
            url=f'https://raw.githubusercontent.com/{USER}/{REPO}/{BRANCH}/{element["path"]}',
            parse_kwargs={"format": "turtle"},
        )
        for entity in graph.subjects():
            if entity.startswith(PREFIX):
                results.add(entity.removeprefix(PREFIX))

    results = sorted(results)
    MODULE.join(name="dois.txt").write_text("\n".join(results))


if __name__ == '__main__':
    main()

jcheminform_dois.txt

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