Função para formatar CNPJ e CPF, disponível em PHP e JS

formatar_cnpj_cpf.md

PHP

function formatCnpjCpf($value)
{
  $CPF_LENGTH = 11;
  $cnpj_cpf = preg_replace("/\D/", '', $value);
  
  if (strlen($cnpj_cpf) === $CPF_LENGTH) {
    return preg_replace("/(\d{3})(\d{3})(\d{3})(\d{2})/", "\$1.\$2.\$3-\$4", $cnpj_cpf);
  } 
  
  return preg_replace("/(\d{2})(\d{3})(\d{3})(\d{4})(\d{2})/", "\$1.\$2.\$3/\$4-\$5", $cnpj_cpf);
}

JS

function formatCnpjCpf(value) {
  const CPF_LENGTH = 11;
  const cnpjCpf = value.replace(/\D/g, '');
  
  if (cnpjCpf.length === CPF_LENGTH) {
    return cnpjCpf.replace(/(\d{3})(\d{3})(\d{3})(\d{2})/g, "\$1.\$2.\$3-\$4");
  } 
  
  return cnpjCpf.replace(/(\d{2})(\d{3})(\d{3})(\d{4})(\d{2})/g, "\$1.\$2.\$3/\$4-\$5");
}

Oracle PL/SQL (by @claudioacioli)

create function formatCnpjCpf(value varchar2) return varchar2
is
  cnpj_cpf varchar2(14) := regexp_replace(value, '(\D)', ''); 
begin
  if length(cnpj_cpf) = 11 then
    return regexp_replace(cnpj_cpf, '(\d{3})(\d{3})(\d{3})(\d{2})','\1.\2.\3-\4');
  end if;  
  return regexp_replace(lpad(cnpj_cpf, 14, '0'),'(\d{2})(\d{3})(\d{3})(\d{4})(\d{2})','\1.\2.\3/\4-\5');
end;

OK, obrigado pelas observações!

Hey @FlavioSuarez, obrigado pela contribuição. Como optou por separar as funções de CPF e CNPJ, não vejo a necessidade de fazer a validação, pois você já sabe quantos caracteres deve ter o CNPJ ou CPF. Assim, é só adicionar os 0 a esquerda antes de fazer a formatação, mais ou menos assim:

function format_CNPJ($value)
{
    $CNPJ_LENGTH = 14;
    $cnpj = str_pad(preg_replace("/\D/", '', $value), $CNPJ_LENGTH, 0, STR_PAD_LEFT);

    return preg_replace("/(\d{2})(\d{3})(\d{3})(\d{4})(\d{2})/", "\$1.\$2.\$3/\$4-\$5", $cnpj);        
}

Ainda se preferir deixar em uma função só (que é a minha opção nesse caso), pode só mudar a verificação:

function formatCnpjCpf($value)
{
  $CPF_LENGTH = 11;
  $CNPJ_LENGTH = 14;

  $clear_value = preg_replace("/\D/", '', $value);
  $is_cpf = strlen($clear_value) <= $CPF_LENGTH;
  $pad_length = $is_cpf ? $CPF_LENGTH : $CNPJ_LENGTH;
  $cnpj_cpf = str_pad($clear_value, $pad_length, 0, STR_PAD_LEFT);
  
  if ($is_cpf) {
    return preg_replace("/(\d{3})(\d{3})(\d{3})(\d{2})/", "\$1.\$2.\$3-\$4", $cnpj_cpf);
  } 
  
  return preg_replace("/(\d{2})(\d{3})(\d{3})(\d{4})(\d{2})/", "\$1.\$2.\$3/\$4-\$5", $cnpj_cpf);
}

var_dump(formatCnpjCpf("11111111111")); // string(14) "111.111.111-11"
var_dump(formatCnpjCpf("22222222222222")); // string(18) "22.222.222/2222-22"
var_dump(formatCnpjCpf("3333333333")); // string(14) "033.333.333-33"
var_dump(formatCnpjCpf("4444444444444")); // string(18) "04.444.444/4444-44"

Ainda assim, tem muita lógica fazendo dessa forma e, na minha visão, deixa muita responsabilidade para o método que deveria apenas formatar.

Inclusive, @FlavioSuarez, se ainda estiver no projeto que percebeu essa circunstância, se possível, verifique ou se o campo esteja como númerio no banco de dados ou se em algum lugar o PHP antes da inserção/alteração ele esteja convertendo em numerico.
Caso seja numerico, ele remove o 0 da esquerda e acaba fazendo você necessitar adicionar depois.

Vou verificar...
Obrigado @davidalves1 e @kllaudyo pelas dicas!!

Brigadão, David!

Muito obrigado! \o/