Como enviar template customizada pelo magento e como setar variáveis na template. Outra opção é como criar invoice auto e ou apos pagamento no modulo de pagamento enviando email de invoice

send-custom-template.php

<?php

    public function sendCustomMail($CustomerName, $email, $increment_id, $template) {

        // Load from magento config..
        $sender = Array('name' => Mage::getStoreConfig('trans_email/ident_sales/name'), 'email' => Mage::getStoreConfig('trans_email/ident_sales/email') );
        $storeId = Mage::app()->getStore()->getId();
        $translate = Mage::getSingleton('core/translate');

        $datetime = new DateTime();
        $dtcancel = $datetime->format('d/m/Y H:i:s');

        // Add some custom variables here to pass into the template.
        $emailTemplateVariables['CustomerName']  = $CustomerName;
        $emailTemplateVariables['increment_id']  = $increment_id;
        $emailTemplateVariables['CreatedCancel']  = $dtcancel;
        $emailTemplateVariables['store_url'] = Mage::getBaseUrl(Mage_Core_Model_Store::URL_TYPE_WEB);

        Mage::getModel('core/email_template')
        ->sendTransactional($template, $sender, $email, $username, $emailTemplateVariables, $storeId);
        $translate->setTranslateInline(true);
    }
    
    
    // Dispara email de cancelamento para o cliente - ID da template de cancelamento é 15
    $this->sendCustomMail($order->getCustomerName(),$order->getCustomerEmail(),$order->getIncrementId(),"15");
    
    
    /*
    Pode passar objeto dessa forma :O
    
    array(
        'rastreamento'  => $rastreamento,
        'order'         => $rastreamento->getOrder()
    )    
    
    Assim lê na template assim: {{var order.increment_id}} ou {{htmlescape var=$order.getCustomerName()}}
    */

Create invoice online: http://inchoo.net/ecommerce/magento/how-to-create-magento-invoice-from-order/

Variaveis nas templates: http://go.magento.com/support/kb/entry/name/defining-transactional-variables/

Observer para invoice:

http://www.brainre.org/magento-automatically-send-invoice-email-after-invoice-is-created/
http://inchoo.net/ecommerce/magento/magento-orders/automatically-invoice-ship-complete-order-in-magento/