Filtrando página de listagem de taxonomias usando pre_get_posts e post type.

functions.php

<?php

// registering the taxonomy "class-formation"
function theme_register_taxonomy(){

    $labels = apply_filters( 'tax_class_formation_labels' ,array(
        'name'                       => _x( 'Formações Acadêmicas', 'Taxonomy General Name', 'theme_slug' ),
        'singular_name'              => _x( 'Formação Acadêmica', 'Taxonomy Singular Name', 'theme_slug' ),
        'menu_name'                  => __( 'Formações', 'theme_slug' ),
        'all_items'                  => __( 'Todos as Formações', 'theme_slug' ),
        'parent_item'                => __( 'Formação Pai', 'theme_slug' ),
        'parent_item_colon'          => __( 'Formação Pai:', 'theme_slug' ),
        'new_item_name'              => __( 'Novo nome de Formação', 'theme_slug' ),
        'add_new_item'               => __( 'Adicionar nova Formação', 'theme_slug' ),
        'edit_item'                  => __( 'Editar Formação', 'theme_slug' ),
        'update_item'                => __( 'Atualizar Formação', 'theme_slug' ),
        'separate_items_with_commas' => __( 'Separe formações acadêmicas com vírgulas', 'theme_slug' ),
        'search_items'               => __( 'Pesquisar formações', 'theme_slug' ),
        'add_or_remove_items'        => __( 'Adiciona ou remova formações', 'theme_slug' ),
        'choose_from_most_used'      => __( 'Escolha entre as formações mais usadas', 'theme_slug' ),
    ) );

    $rewrite = array(
        'slug'                       => apply_filters( 'tax_class_formation_slug', _x( 'formacao-academica', 'Taxonomy Slug', 'theme_slug' ) ),
        'with_front'                 => true,
        'hierarchical'               => false,
    );

    $args = apply_filters( 'tax_class_formation_args', array(
        'labels'                     => $labels,
        'hierarchical'               => false,
        'public'                     => true,
        'show_ui'                    => true,
        'show_admin_column'          => true,
        'query_var'                  => true,
        'show_in_nav_menus'          => true,
        'show_tagcloud'              => false,
        'rewrite'                    => $rewrite,
    ) );

    register_taxonomy( 'class-formation', array( 'theme-courses', 'product' ), $args );

}

add_action( 'init', 'theme_register_taxonomy' );

// filtering the archive taxonomy page to get posts with "theme-courses" CPT
add_action( 'pre_get_posts', 'filter_tax_archive', 1 );

function filter_tax_archive( $query ) {
    if ( is_admin() || ! $query->is_main_query() )
        return;

    if ( $query->is_main_query() && $query->is_tax( 'class-formation' ) ) {
        $query->set( 'post_type', array( 'theme-courses' ) );
        return;
    }
}