Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

View diffracteD's full-sized avatar

AMondal diffracteD

0 followers · 1 following
View GitHub Profile
@diffracteD
diffracteD / EMA.v.0.2.py
Last active September 16, 2021 23:17
EM MOVIE ASSEMBLE (EMA) v.0.1 -- Program to copy cryoEM movies (generated by EPU) in one place.
#! /usr/bin/env python
######################################################################################################################
################## File Copier (by walking nested directory) #####################################################################
########################### v.1.0 (06/03/2020) ##########################################################
########################### Author: Abhisek Mondal, UCSF ############################################################
######################################################################################################################
"""
Program Description and input:
> Takes a parent directory path containing all *fractions.tiff (MOVIE) files
> Walks along the directory to search and analyze TIFF files
@diffracteD
diffracteD / HB_radar_walk_m062x.v.3.1.py
Last active November 19, 2019 00:30
Hydrogen bond extraction from .pdb files after H addition from -reduce program. Takes .atom file extension. Performs quantum mechanical analysis of each bond. Please contact in case of complicated error messages.
#! /usr/bin/env python
'''
################################################################################################################
PHASE 3: Generating all H-bond info.
PROGRAM NAME: HB_radar_walk_m062x.v.3.1 (27.05.2015)
_______________________________________________________________________________________________________________
1. calculate the DHA angle...
2. calculate HAAA angle...
3. calculate DAAj angle...
@diffracteD
diffracteD / SEC_Data_Analyzer(SDA)_v.1.0.py
Last active November 20, 2019 05:46
For FSEC data analysis(UCSF_MInorLab). Reads CSV files kept in a directory and give maximum intensity vs time/vol in csv format.
#! /usr/bin/env python
######################################################################################################################
################## SEC Data Analyzer (SDA) #####################################################################
########################### v.1.0 (11/18/2019) ##########################################################
########################### Author: Abhisek Mondal, UCSF ############################################################
######################################################################################################################
"""
Program Description and input:
> Takes a directory path containing all csv files
> Walks along the directory to search and analyze CSV files
@diffracteD
diffracteD / README.md
Created August 29, 2016 07:32 — forked from amroamroamro/README.md
[Python] Fitting plane/surface to a set of data points

Python version of the MATLAB code in this Stack Overflow post: http://stackoverflow.com/a/18648210/97160

The example shows how to determine the best-fit plane/surface (1st or higher order polynomial) over a set of three-dimensional points.

Implemented in Python + NumPy + SciPy + matplotlib.

quadratic_surface