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@drj11

drj11/log.txt

Created March 6, 2018 11:20
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Log file for bcbio upgrade
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log.txt
INFO: <cloudbio.flavor.Flavor instance at 0x2b4165870d40>
INFO: This is a ngs_pipeline_minimal flavor
INFO: Reading default fabricrc.txt
DBG [config.py]: Using config file /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../config/fabricrc.txt
INFO: Distribution __auto__
INFO: Get local environment
INFO: CentOS setup
DBG [distribution.py]: NixPkgs: Ignored
INFO: Now, testing connection to host...
INFO: Connection to host appears to work!
DBG [utils.py]: Expand paths
DBG [config.py]: Using config file /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/main.yaml
INFO: Meta-package information from /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/main.yaml
- Packages: minimal,libraries,perl,python,java,r,ruby,bio_nextgen
- Libraries: r-libs
DBG [config.py]: Using config file /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/custom.yaml
INFO: Reading /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/custom.yaml
DBG [shared.py]: Packages to install:
DBG [config.py]: Using config file /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../config/chef_recipes.yaml
INFO: Reading /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../config/chef_recipes.yaml
DBG [shared.py]: Packages to install:
DBG [config.py]: Using config file /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../config/puppet_classes.yaml
INFO: Reading /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../config/puppet_classes.yaml
DBG [shared.py]: Packages to install:
DBG [config.py]: Using config file /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/main.yaml
INFO: Meta-package information from /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/main.yaml
- Packages: minimal,libraries,perl,python,java,r,ruby,bio_nextgen
- Libraries: r-libs
DBG [config.py]: Using config file /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/packages-homebrew.yaml
INFO: Reading /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/packages-homebrew.yaml
DBG [shared.py]: Packages to install:
DBG [config.py]: Using config file /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/main.yaml
INFO: Meta-package information from /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/main.yaml
- Packages: minimal,libraries,perl,python,java,r,ruby,bio_nextgen
- Libraries: r-libs
DBG [config.py]: Using config file /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/packages-conda.yaml
INFO: Reading /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/packages-conda.yaml
DBG [shared.py]: Packages to install: age-metasv,atropos;env=python3,bamtools=2.4.0,bamutil,bcbio-prioritize,bcbio-rnaseq,bcbio-variation,bcbio-variation-recall,bcbreport,bcftools,bedtools=2.27.1,bio-vcf,biobambam,bowtie,bowtie2=2.2.8,break-point-inspector,bwa,bwakit,cage,cancerit-allelecount,chipseq-greylist,cnvkit,coincbc,cpat,cramtools,crossmap,cufflinks,cutadapt,cyvcf2,deeptools,delly,dkfz-bias-filter,ensembl-vep=91.*,ericscript;env=samtools0,express,extract-sv-reads,fastp,fastqc,fgbio,freebayes=1.1.0.46,gatk,gatk4,gemini,geneimpacts,genesplicer,gffcompare,goleft,grabix,gridss,gsort,gvcf-regions,gvcftools,h5py,hap.py,hisat2,hmmlearn,hts-nim-tools,htseq,htslib,impute2,kallisto>=0.43.1,kraken,lofreq,lumpy-sv,macs2,manta,maxentscan,mbuffer,metasv,minimap2,mintmap,mirdeep2=2.0.0.7,mirtop,moreutils,mosdepth,multiqc,multiqc-bcbio,ngs-disambiguate,novoalign,oncofuse,optitype,parallel,pbgzip,peddy,perl-sanger-cgp-battenberg,phylowgs,picard,pindel,pizzly,platypus-variant,preseq,pyloh,pysam>=0.13.0,pytabix,pythonpy,qsignature,qualimap,rapmap,razers3=3.5.0,rtg-tools,sailfish,salmon,sambamba,samblaster,samtools,scalpel,sentieon,seq2c,seqbuster,seqtk,sickle-trim,simple_sv_annotation,singlecell-barcodes,snap-aligner=1.0dev.97,snpeff=4.3.1t,spades,star,strelka,stringtie,subread,svtools,svtyper,tdrmapper,theta2,tophat,tophat-recondition,ucsc-bedgraphtobigwig,ucsc-bedtobigbed,ucsc-bigbedinfo,ucsc-bigbedsummary,ucsc-bigbedtobed,ucsc-bigwiginfo,ucsc-bigwigsummary,ucsc-bigwigtobedgraph,ucsc-bigwigtowig,ucsc-fatotwobit,ucsc-gtftogenepred,ucsc-liftover,ucsc-wigtobigwig,umis,vardict,vardict-java,variantbam,varscan,vawk,vcf2db,vcfanno,vcflib,viennarna,vt,wham,anaconda-client,awscli,bzip2,ncurses,nodejs,p7zip,readline,s3gof3r,xz,perl-app-cpanminus,perl-archive-extract,perl-archive-zip,perl-bio-db-sam,perl-cgi,perl-dbi,perl-encode-locale,perl-file-fetch,perl-file-sharedir,perl-file-sharedir-install,perl-ipc-system-simple,perl-lwp-protocol-https,perl-lwp-simple,perl-statistics-descriptive,perl-time-hires,perl-vcftools-vcf,bioconductor-annotate,bioconductor-biocgenerics,bioconductor-biocinstaller,bioconductor-biocstyle,bioconductor-biostrings,bioconductor-biovizbase,bioconductor-bubbletree,bioconductor-cn.mops,bioconductor-degreport,bioconductor-deseq2,bioconductor-dexseq,bioconductor-dnacopy,bioconductor-genomicranges,bioconductor-iranges,bioconductor-limma,bioconductor-rtracklayer,bioconductor-titancna,r-cghflasso,r-chbutils,r-devtools,r-dplyr,r-dt,r-ggdendro,r-ggplot2,r-gplots,r-gsalib,r-knitr,r-pheatmap,r-plyr,r-pscbs,r-reshape,r-rmarkdown,r-rsqlite,r-sleuth,r-snow,r-stringi,r-wasabi,r=3.4.1
Fetching package metadata ...............
Solving package specifications: .
Package plan for installation in environment /usr/local/extras/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda:
The following NEW packages will be INSTALLED:
libgfortran-ng: 7.2.0-h9f7466a_2
libopenblas: 0.2.20-h9ac9557_4
libstdcxx-ng: 7.2.0-h7a57d05_2
The following packages will be DOWNGRADED:
blas: 1.1-openblas conda-forge --> 1.0-noblas conda-forge
coincbc: 2.9.9-blas_openblas_2 conda-forge [blas_openblas] --> 2.9.8-1 conda-forge
numpy: 1.12.1-py27_blas_openblas_201 conda-forge [blas_openblas] --> 1.12.1-py27_nomkl_0 [nomkl]
openblas: 0.2.20-7 conda-forge --> 0.2.19-2 conda-forge
scikit-learn: 0.19.1-py27_blas_openblas_201 conda-forge [blas_openblas] --> 0.19.1-py27_nomklh6479e79_0 [nomkl]
scipy: 1.0.0-py27_blas_openblas_201 conda-forge [blas_openblas] --> 1.0.0-py27_nomklhc4f40eb_0 [nomkl]
blas-1.0-nobla 0% | | ETA: --:--:-- 0.00 B/s
blas-1.0-nobla 100% |###############################| ETA: 0:00:00 86.18 kB/s
blas-1.0-nobla 100% |###############################| Time: 0:00:00 79.33 kB/s
libgfortran-ng 0% | | ETA: --:--:-- 0.00 B/s
libgfortran-ng 4% |# | Time: 0:00:00 3.26 MB/s
libgfortran-ng 9% |## | Time: 0:00:00 4.67 MB/s
libgfortran-ng 13% |#### | Time: 0:00:00 4.22 MB/s
libgfortran-ng 18% |##### | Time: 0:00:00 4.90 MB/s
libgfortran-ng 22% |####### | Time: 0:00:00 5.75 MB/s
libgfortran-ng 27% |######## | Time: 0:00:00 5.47 MB/s
libgfortran-ng 32% |######### | Time: 0:00:00 6.18 MB/s
libgfortran-ng 36% |########### | Time: 0:00:00 6.81 MB/s
libgfortran-ng 41% |############ | Time: 0:00:00 7.40 MB/s
libgfortran-ng 45% |############## | Time: 0:00:00 7.93 MB/s
libgfortran-ng 50% |############### | Time: 0:00:00 8.51 MB/s
libgfortran-ng 54% |################# | Time: 0:00:00 9.05 MB/s
libgfortran-ng 59% |################## | Time: 0:00:00 8.70 MB/s
libgfortran-ng 64% |################### | Time: 0:00:00 9.16 MB/s
libgfortran-ng 68% |##################### | Time: 0:00:00 9.62 MB/s
libgfortran-ng 73% |###################### | Time: 0:00:00 10.07 MB/s
libgfortran-ng 77% |######################## | Time: 0:00:00 10.50 MB/s
libgfortran-ng 82% |######################### | Time: 0:00:00 10.93 MB/s
libgfortran-ng 86% |########################## | Time: 0:00:00 11.34 MB/s
libgfortran-ng 91% |############################ | Time: 0:00:00 11.75 MB/s
libgfortran-ng 96% |############################# | Time: 0:00:00 12.14 MB/s
libgfortran-ng 100% |###############################| Time: 0:00:00 12.45 MB/s
libgfortran-ng 100% |###############################| Time: 0:00:00 8.82 MB/s
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Fetching package metadata ...............
Solving package specifications: .
# All requested packages already installed.
# packages in environment at /usr/local/extras/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/envs/python3:
#
atropos 1.1.16 py36_0 bioconda
Fetching package metadata ...............
Solving package specifications: .
# All requested packages already installed.
# packages in environment at /usr/local/extras/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/envs/samtools0:
#
ericscript 0.5.5 pl5.22.0r3.4.1_2 bioconda
DBG [config.py]: Using config file /home/md1xdrj/job/out/tmpbcbio-install/cloudbiolinux/cloudbio/../contrib/flavor/ngs_pipeline_minimal/r-libs.yaml
--2018-03-06 10:30:37-- https://github.com/chapmanb/cloudbiolinux/archive/master.tar.gz
Resolving github.com (github.com)... 192.30.253.113, 192.30.253.112
Connecting to github.com (github.com)|192.30.253.113|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 302 Found
Location: https://codeload.github.com/chapmanb/cloudbiolinux/tar.gz/master [following]
--2018-03-06 10:30:38-- https://codeload.github.com/chapmanb/cloudbiolinux/tar.gz/master
Resolving codeload.github.com (codeload.github.com)... 192.30.253.121, 192.30.253.120
Connecting to codeload.github.com (codeload.github.com)|192.30.253.121|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 5167560 (4.9M) [application/x-gzip]
Saving to: ‘STDOUT’
0K ........ ........ ........ ........ ........ ........ 60% 1.71M 1s
3072K ........ ........ ........ ...... 100% 1.87M=2.8s
2018-03-06 10:30:41 (1.77 MB/s) - written to stdout [5167560/5167560]
mv: cannot stat ‘master’: No such file or directory
INFO: <cloudbio.flavor.Flavor instance at 0x2b41659a5a70>
INFO: <cloudbio.flavor.Flavor instance at 0x2b41659a5a70>
INFO: This is a ngs_pipeline_minimal flavor
INFO: This is a ngs_pipeline_minimal flavor
INFO: Distribution __auto__
INFO: Distribution __auto__
INFO: Get local environment
INFO: Get local environment
INFO: CentOS setup
INFO: CentOS setup
WARN [distribution.py(206)]: NixPkgs are currently not supported for centos
WARN [distribution.py(206)]: NixPkgs are currently not supported for centos
DBG [distribution.py]: NixPkgs: Ignored
DBG [distribution.py]: NixPkgs: Ignored
INFO: Now, testing connection to host...
INFO: Now, testing connection to host...
INFO: Connection to host appears to work!
INFO: Connection to host appears to work!
DBG [utils.py]: Expand paths
DBG [utils.py]: Expand paths
INFO: List of genomes to get (from the config file at '{'install_liftover': False, 'genome_indexes': ['star', 'bwa', 'bowtie2', 'rtg'], 'genomes': [{'name': 'Human (GRCh37)', 'validation': ['giab-NA12878', 'giab-NA24385', 'giab-NA24631', 'dream-syn3', 'dream-syn4', 'giab-NA12878-NA24385-somatic'], 'annotations': ['GA4GH_problem_regions', 'capture_regions', 'MIG', 'prioritize', 'dbsnp', 'hapmap', '1000g_omni_snps', 'ACMG56_genes', '1000g_snps', 'mills_indels', 'clinvar', 'cosmic', 'ancestral', 'qsignature', 'genesplicer', 'effects_transcripts', 'vcfanno', 'viral', 'transcripts', 'RADAR', 'mirbase'], 'dbkey': 'GRCh37', 'indexes': ['seq', 'twobit']}, {'name': 'Human (hg38) full', 'validation': ['giab-NA12878', 'giab-NA24385', 'giab-NA24631', 'platinum-genome-NA12878', 'giab-NA12878-remap', 'giab-NA12878-crossmap', 'dream-syn4-crossmap', 'dream-syn3-crossmap', 'giab-NA12878-NA24385-somatic'], 'annotations': ['ccds', 'coverage', 'prioritize', 'dbsnp', 'hapmap_snps', '1000g_omni_snps', 'ACMG56_genes', '1000g_snps', 'mills_indels', '1000g_indels', 'clinvar', 'qsignature', 'genesplicer', 'effects_transcripts', 'vcfanno', 'viral', 'transcripts', 'RADAR'], 'dbkey': 'hg38', 'indexes': ['seq', 'twobit', 'bwa', 'hisat2']}], 'install_uniref': False}'): Human (GRCh37), Human (hg38) full
INFO: List of genomes to get (from the config file at '{'install_liftover': False, 'genome_indexes': ['star', 'bwa', 'bowtie2', 'rtg'], 'genomes': [{'name': 'Human (GRCh37)', 'validation': ['giab-NA12878', 'giab-NA24385', 'giab-NA24631', 'dream-syn3', 'dream-syn4', 'giab-NA12878-NA24385-somatic'], 'annotations': ['GA4GH_problem_regions', 'capture_regions', 'MIG', 'prioritize', 'dbsnp', 'hapmap', '1000g_omni_snps', 'ACMG56_genes', '1000g_snps', 'mills_indels', 'clinvar', 'cosmic', 'ancestral', 'qsignature', 'genesplicer', 'effects_transcripts', 'vcfanno', 'viral', 'transcripts', 'RADAR', 'mirbase'], 'dbkey': 'GRCh37', 'indexes': ['seq', 'twobit']}, {'name': 'Human (hg38) full', 'validation': ['giab-NA12878', 'giab-NA24385', 'giab-NA24631', 'platinum-genome-NA12878', 'giab-NA12878-remap', 'giab-NA12878-crossmap', 'dream-syn4-crossmap', 'dream-syn3-crossmap', 'giab-NA12878-NA24385-somatic'], 'annotations': ['ccds', 'coverage', 'prioritize', 'dbsnp', 'hapmap_snps', '1000g_omni_snps', 'ACMG56_genes', '1000g_snps', 'mills_indels', '1000g_indels', 'clinvar', 'qsignature', 'genesplicer', 'effects_transcripts', 'vcfanno', 'viral', 'transcripts', 'RADAR'], 'dbkey': 'hg38', 'indexes': ['seq', 'twobit', 'bwa', 'hisat2']}], 'install_uniref': False}'): Human (GRCh37), Human (hg38) full
--2018-03-06 10:31:07-- http://downloads.sourceforge.net/project/snpeff/databases/v4_3_1/snpEff_v4_3_1_GRCh37.75.zip
Resolving downloads.sourceforge.net (downloads.sourceforge.net)... 216.105.38.13
Connecting to downloads.sourceforge.net (downloads.sourceforge.net)|216.105.38.13|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 404 Not Found
2018-03-06 10:31:07 ERROR 404: Not Found.
Upgrading bcbio
Upgrading third party tools to latest versions
Setting up virtual machine
[localhost] local: echo $HOME
[localhost] local: uname -m
[localhost] local: whoami
[localhost] local: echo $PATH
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda info --envs --json
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda info --json
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda install -y -c conda-forge -c bioconda conda
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda list --json r-tximport
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda list --json py2cairo
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda list --json libedit
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda install -y -c conda-forge -c bioconda age-metasv bamtools=2.4.0 bamutil bcbio-prioritize bcbio-rnaseq bcbio-variation bcbio-variation-recall bcbreport bcftools bedtools=2.27.1 bio-vcf biobambam bowtie bowtie2=2.2.8 break-point-inspector bwa bwakit cage cancerit-allelecount chipseq-greylist cnvkit coincbc cpat cramtools crossmap cufflinks cutadapt cyvcf2 deeptools delly dkfz-bias-filter ensembl-vep=91.* express extract-sv-reads fastp fastqc fgbio freebayes=1.1.0.46 gatk gatk4 gemini geneimpacts genesplicer gffcompare goleft grabix gridss gsort gvcf-regions gvcftools h5py hap.py hisat2 hmmlearn hts-nim-tools htseq htslib impute2 kallisto>=0.43.1 kraken lofreq lumpy-sv macs2 manta maxentscan mbuffer metasv minimap2 mintmap mirdeep2=2.0.0.7 mirtop moreutils mosdepth multiqc multiqc-bcbio ngs-disambiguate novoalign oncofuse optitype parallel pbgzip peddy perl-sanger-cgp-battenberg phylowgs picard pindel pizzly platypus-variant preseq pyloh pysam>=0.13.0 pytabix pythonpy qsignature qualimap rapmap razers3=3.5.0 rtg-tools sailfish salmon sambamba samblaster samtools scalpel sentieon seq2c seqbuster seqtk sickle-trim simple_sv_annotation singlecell-barcodes snap-aligner=1.0dev.97 snpeff=4.3.1t spades star strelka stringtie subread svtools svtyper tdrmapper theta2 tophat tophat-recondition ucsc-bedgraphtobigwig ucsc-bedtobigbed ucsc-bigbedinfo ucsc-bigbedsummary ucsc-bigbedtobed ucsc-bigwiginfo ucsc-bigwigsummary ucsc-bigwigtobedgraph ucsc-bigwigtowig ucsc-fatotwobit ucsc-gtftogenepred ucsc-liftover ucsc-wigtobigwig umis vardict vardict-java variantbam varscan vawk vcf2db vcfanno vcflib viennarna vt wham anaconda-client awscli bzip2 ncurses nodejs p7zip readline s3gof3r xz perl-app-cpanminus perl-archive-extract perl-archive-zip perl-bio-db-sam perl-cgi perl-dbi perl-encode-locale perl-file-fetch perl-file-sharedir perl-file-sharedir-install perl-ipc-system-simple perl-lwp-protocol-https perl-lwp-simple perl-statistics-descriptive perl-time-hires perl-vcftools-vcf bioconductor-annotate bioconductor-biocgenerics bioconductor-biocinstaller bioconductor-biocstyle bioconductor-biostrings bioconductor-biovizbase bioconductor-bubbletree bioconductor-cn.mops bioconductor-degreport bioconductor-deseq2 bioconductor-dexseq bioconductor-dnacopy bioconductor-genomicranges bioconductor-iranges bioconductor-limma bioconductor-rtracklayer bioconductor-titancna r-cghflasso r-chbutils r-devtools r-dplyr r-dt r-ggdendro r-ggplot2 r-gplots r-gsalib r-knitr r-pheatmap r-plyr r-pscbs r-reshape r-rmarkdown r-rsqlite r-sleuth r-snow r-stringi r-wasabi r=3.4.1
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda list --json
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda install -y -n python3 -c conda-forge -c bioconda atropos
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda list --json -n python3
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda install -y -n samtools0 -c conda-forge -c bioconda ericscript
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda list --json -n samtools0
[localhost] local: /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/bin/conda list --json
Creating manifest of installed packages in /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/manifest
Third party tools upgrade complete.
Upgrading bcbio-nextgen data files
Setting up virtual machine
[localhost] local: echo $HOME
[localhost] local: uname -m
Installing snpEff database GRCh37.75 in /usr/local/community/bcbio-nextgen/2017-08/data/genomes/Hsapiens/GRCh37/snpeff
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/extras/bcbio-nextgen/2017-08/tool/bin/bcbio_nextgen.py", line 215, in <module>
install.upgrade_bcbio(kwargs["args"])
File "/usr/local/extras/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/lib/python2.7/site-packages/bcbio/install.py", line 96, in upgrade_bcbio
upgrade_bcbio_data(args, REMOTES)
File "/usr/local/extras/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/lib/python2.7/site-packages/bcbio/install.py", line 296, in upgrade_bcbio_data
_upgrade_snpeff_data(s["fabricrc_overrides"]["galaxy_home"], args, remotes)
File "/usr/local/extras/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/lib/python2.7/site-packages/bcbio/install.py", line 361, in _upgrade_snpeff_data
subprocess.check_call(["wget", "-c", "-O", dl_file, dl_url])
File "/usr/local/extras/bcbio-nextgen/2017-08/data/anaconda/lib/python2.7/subprocess.py", line 186, in check_call
raise CalledProcessError(retcode, cmd)
subprocess.CalledProcessError: Command '['wget', '-c', '-O', 'snpEff_v4_3_1_GRCh37.75.zip', 'http://downloads.sourceforge.net/project/snpeff/databases/v4_3_1/snpEff_v4_3_1_GRCh37.75.zip']' returned non-zero exit status 8
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