save_am.cs

        private void savebutton_Click(object sender, EventArgs e)
        {
          
            string template = File.ReadAllText("template.txt");

            template = template.Replace("{n}", (layerNum.Maximum+1).ToString());
            template = template.Replace("{zstart}", "0");
            template = template.Replace("{zend}", Convert.ToString((layerNum.Maximum+1)/*/ 5.0*/));

            byte[] predata = GetBytes(template);

          // в поток fs будет записываться результат
            FileStream fs = new System.IO.FileStream(settings.output, System.IO.FileMode.Create,
                                  System.IO.FileAccess.Write);

            // поток чтобы записать маркеры для сегментации методом водораздела из файла
            FileStream fsmarkers = new System.IO.FileStream(settings.markers, System.IO.FileMode.Create,
                                  System.IO.FileAccess.Write);
                                  
            // записываем заголовок файла
            fs.Write(predata,0,predata.Length);

            // WRITE SEGMENTATION DATA

            for (int k = 0; k <= layerNum.Maximum; k++)
            {

                byte[] markersdata = new byte[markersa[k].ImageSize];
                Marshal.Copy(markersa[k].ImageData, markersdata, 0, markersdata.Length);
                fsmarkers.Write(markersdata, 0, markersdata.Length);


                IplImage markers2 = markersa[k].Clone();
                // вызывается OpenCV метод сегментации Watershed
                sources[k].Watershed(markers2);
                


                int length = markers2.Width * markers2.Height;
                byte[] data = new byte[length];
                int n = markers2.Height;

                // копирование данных из OpenCV в обычный двумерный массив
                for (int i = 0; i < markers2.Height; i++)
                    for (int j = 0; j < markers2.Width; j++)
                    {
                        byte d = (byte)markers2.Get2D(i, j);
                        switch (d)
                        {
                            case 1:
                                data[i * n + j] = 0;
                                break;
                            case 30:
                                data[i * n + j] = 1;
                                break;
                            case 90:
                                data[i * n + j] = 2;
                                break;
                            default:
                                data[i * n + j] = 0;
                                break;
                        }

                    }
                // сохраняем двоичные данные в файл
                fs.Write(data, 0, data.Length);
           }
            /////

            fs.Close();
            fsmarkers.Close();
            
            MessageBox.Show("OK");
        }

template.txt

# AmiraMesh BINARY-LITTLE-ENDIAN 2.1


define Lattice 600 600 {n}

Parameters {
    Materials {
        Exterior {
            Name "Exterior"
        }
        Dent {
            Id 2,
            Color 0.184314 0.309804 0.309804
        }
    }
    ImageData "RESHETNYAK-MARIYA-KIRILLOVNA3",
    Content "600x600x{n} byte, uniform coordinates",
    BoundingBox 0 119.8 0 119.8 {zstart} {zend},
    CoordType "uniform"
}

Lattice { byte Labels } @1

# Data section follows
@1