gistfile1.txt

var links = document.getElementsByTagName("a");

for ( var i = 0 ; i < links.length ; i++ ){
 (function() {
   var n = i; 
   var link = links[i];
   link.href = "#";
   link.onclick = function(){ alert( n ) };
   link.innerHTML = n;
 })()
}

alert(i)したときに はじめて i の値をアクセスしにいき、どのリンクも同じ i を読んでしまう。
そこで、ループごとに変数を作成してaleartするときの 実体が違う n をよみにいくようにする。
aの数だけ新しい nを作っているという感じ。