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@ericdill

ericdill/scikit-xray python 2

Last active August 26, 2015 21:01
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Raw
scikit-xray python 2
edill@xf28id1-ws2:~$ cat ~/.condarc
channels:
- Nikea
# - edill
- anaconda
edill@xf28id1-ws2:~$ cat ~/.config/binstar/config.yaml
sites:
alpha: {url: 'http://api.alpha.binstar.org'}
binstar: {url: 'https://api.binstar.org'}
url: https://conda.nsls2.bnl.gov/api
edill@xf28id1-ws2:~$ conda create -n skxray2 scikit-xray python=2.7 ipython
Fetching package metadata: ....
Solving package specifications: ................
Package plan for installation in environment /home/edill/anaconda/envs/skxray2:
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
python-2.7.10 | 0 13.5 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
cairo: 1.12.18-4
curl: 7.38.0-0
decorator: 3.4.2-py27_0
fontconfig: 2.11.1-4
freetype: 2.5.2-2
hdf5: 1.8.14-0
ipython: 3.2.0-py27_0
jpeg: 8d-0
libnetcdf: 4.3.2-1
libpng: 1.6.17-0
libtiff: 4.0.2-1
libxml2: 2.9.0-0
lmfit: 0.8.1-nppy27_0
matplotlib: 1.4.3-np19py27_2
netcdf4: 1.1.8-np19py27_0
networkx: 1.9.1-py27_0
numpy: 1.9.2-py27_0
openssl: 1.0.1k-1
pillow: 2.8.2-py27_0
pip: 7.0.3-py27_0
pixman: 0.26.2-0
py2cairo: 1.10.0-py27_2
pyparsing: 2.0.3-py27_0
pyqt: 4.11.3-py27_1
python: 2.7.10-0
python-dateutil: 2.4.2-py27_0
pytz: 2015.4-py27_0
qt: 4.8.6-3
readline: 6.2-2
scikit-image: 0.11.3-np19py27_0
scikit-xray: v0.0.4-nppy27_0
scipy: 0.15.1-np19py27_0
setuptools: 17.1.1-py27_0
sip: 4.16.5-py27_0
six: 1.9.0-py27_0
sqlite: 3.8.4.1-1
system: 5.8-2
tk: 8.5.18-0
xraylib: 3.1.0.post3-3_g81f5d6e_np19py27
zlib: 1.2.8-0
Proceed ([y]/n)? y
Fetching packages ...
python-2.7.10- 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:02 6.89 MB/s
Extracting packages ...
[ COMPLETE ] |#######################################################################################################################################################| 100%
Linking packages ...
[ COMPLETE ] |#######################################################################################################################################################| 100%
#
# To activate this environment, use:
# $ source activate skxray2
#
# To deactivate this environment, use:
# $ source deactivate
#
edill@xf28id1-ws2:~$ source activate skxray2
discarding /home/edill/anaconda/bin from PATH
prepending /home/edill/anaconda/envs/skxray2/bin to PATH
(skxray2)edill@xf28id1-ws2:~$ ipython
Python 2.7.10 |Continuum Analytics, Inc.| (default, May 28 2015, 17:02:03)
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.
IPython 3.2.0 -- An enhanced Interactive Python.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
? -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help -> Python's own help system.
object? -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.
In [1]: from skxray.core import dpc
In [2]: import skxray
In [3]: import os
In [4]: skxray.__version__
Out[4]: u'0.0.4'
In [5]: os.uname()
Out[5]:
('Linux',
'xf28id1-ws2',
'3.2.0-4-amd64',
'#1 SMP Debian 3.2.60-1+deb7u3',
'x86_64')
In [6]: exit
Raw
scikit-xray python 3
(skxray2)edill@xf28id1-ws2:~$ conda create -n skxray3 python=3.4 scikit-xray ipython
Fetching package metadata: ....
Solving package specifications: ..............
Package plan for installation in environment /home/edill/anaconda/envs/skxray3:
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
xz-5.0.5 | 0 504 KB
decorator-3.4.2 | py34_0 5 KB
ipython-3.2.0 | py34_0 3.4 MB
networkx-1.9.1 | py34_0 977 KB
numpy-1.9.2 | py34_0 7.7 MB
netcdf4-1.1.8 | np19py34_0 1.5 MB
pillow-2.8.2 | py34_0 791 KB
pyparsing-2.0.3 | py34_0 66 KB
python-3.4.3 | 1 23.1 MB
pytz-2015.4 | py34_0 173 KB
scipy-0.15.1 | np19py34_0 36.6 MB
setuptools-17.1.1 | py34_0 345 KB
sip-4.16.5 | py34_0 221 KB
six-1.9.0 | py34_0 17 KB
lmfit-0.8.1 | nppy34_0 163 KB
pip-7.0.3 | py34_0 1.5 MB
pyqt-4.11.3 | py34_1 3.5 MB
python-dateutil-2.4.2 | py34_0 221 KB
xraylib-3.1.0 | nppy34_0 30.2 MB
matplotlib-1.4.3 | np19py34_2 44.9 MB
scikit-image-0.11.3 | np19py34_0 24.1 MB
scikit-xray-v0.0.4 | nppy34_0 188 KB
------------------------------------------------------------
Total: 180.1 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
curl: 7.38.0-0
decorator: 3.4.2-py34_0
fontconfig: 2.11.1-4
freetype: 2.5.2-2
hdf5: 1.8.14-0
ipython: 3.2.0-py34_0
jpeg: 8d-0
libnetcdf: 4.3.2-1
libpng: 1.6.17-0
libtiff: 4.0.2-1
libxml2: 2.9.0-0
lmfit: 0.8.1-nppy34_0
matplotlib: 1.4.3-np19py34_2
netcdf4: 1.1.8-np19py34_0
networkx: 1.9.1-py34_0
numpy: 1.9.2-py34_0
openssl: 1.0.1k-1
pillow: 2.8.2-py34_0
pip: 7.0.3-py34_0
pyparsing: 2.0.3-py34_0
pyqt: 4.11.3-py34_1
python: 3.4.3-1
python-dateutil: 2.4.2-py34_0
pytz: 2015.4-py34_0
qt: 4.8.6-3
readline: 6.2-2
scikit-image: 0.11.3-np19py34_0
scikit-xray: v0.0.4-nppy34_0
scipy: 0.15.1-np19py34_0
setuptools: 17.1.1-py34_0
sip: 4.16.5-py34_0
six: 1.9.0-py34_0
sqlite: 3.8.4.1-1
system: 5.8-2
tk: 8.5.18-0
xraylib: 3.1.0-nppy34_0
xz: 5.0.5-0
zlib: 1.2.8-0
Proceed ([y]/n)? y
Fetching packages ...
xz-5.0.5-0.tar 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 8.20 MB/s
decorator-3.4. 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.80 MB/s
ipython-3.2.0- 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.99 MB/s
networkx-1.9.1 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.47 MB/s
numpy-1.9.2-py 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 9.11 MB/s
netcdf4-1.1.8- 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 9.89 MB/s
pillow-2.8.2-p 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.72 MB/s
pyparsing-2.0. 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.86 MB/s
python-3.4.3-1 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:02 8.16 MB/s
pytz-2015.4-py 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.75 MB/s
scipy-0.15.1-n 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:04 7.73 MB/s
setuptools-17. 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 9.22 MB/s
sip-4.16.5-py3 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 8.69 MB/s
six-1.9.0-py34 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.76 MB/s
lmfit-0.8.1-np 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 7.93 MB/s
pip-7.0.3-py34 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 8.80 MB/s
pyqt-4.11.3-py 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 8.73 MB/s
python-dateuti 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 983.87 kB/s
xraylib-3.1.0- 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:03 8.17 MB/s
matplotlib-1.4 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:05 8.22 MB/s
scikit-image-0 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:03 6.72 MB/s
scikit-xray-v0 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.35 MB/s
Extracting packages ...
[ COMPLETE ] |#######################################################################################################################################################| 100%
Linking packages ...
[ COMPLETE ] |#######################################################################################################################################################| 100%
#
# To activate this environment, use:
# $ source activate skxray3
#
# To deactivate this environment, use:
# $ source deactivate
#
(skxray2)edill@xf28id1-ws2:~$ source activate skxray3
discarding /home/edill/anaconda/envs/skxray2/bin from PATH
prepending /home/edill/anaconda/envs/skxray3/bin to PATH
(skxray3)edill@xf28id1-ws2:~$ ipython
Python 3.4.3 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Jun 4 2015, 15:29:08)
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.
IPython 3.2.0 -- An enhanced Interactive Python.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
? -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help -> Python's own help system.
object? -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.
In [1]: import skxray
In [2]: skxray.__version__
Out[2]: '0.0.4'
In [3]: import os
In [4]: os.uname()
Out[4]: posix.uname_result(sysname='Linux', nodename='xf28id1-ws2', release='3.2.0-4-amd64', version='#1 SMP Debian 3.2.60-1+deb7u3', machine='x86_64')
In [5]: import skxra
KeyboardInterrupt
In [5]: from skxray.core
KeyboardInterrupt
In [5]: import skxray.diffraction
---------------------------------------------------------------------------
ImportError Traceback (most recent call last)
/home/edill/anaconda/envs/skxray3/lib/python3.4/site-packages/IPython/utils/zmqrelated.py in check_for_zmq(minimum_version, required_by)
9 try:
---> 10 import zmq
11 except ImportError:
ImportError: No module named 'zmq'
During handling of the above exception, another exception occurred:
ImportError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-5-46de401b14d7> in <module>()
----> 1 import skxray.diffraction
/home/edill/anaconda/envs/skxray3/lib/python3.4/site-packages/skxray/diffraction.py in <module>()
45
46 # import fitting models
---> 47 from skxray.core.fitting import Lorentzian2Model
48 from skxray.core.fitting import gaussian
49 from skxray.core.fitting import lorentzian
/home/edill/anaconda/envs/skxray3/lib/python3.4/site-packages/skxray/core/fitting/__init__.py in <module>()
42 import numpy as np
43 from .background import snip_method
---> 44 from .models import (Lorentzian2Model, ComptonModel, ElasticModel)
45
46 from .lineshapes import (gaussian, lorentzian, lorentzian2, voigt, pvoigt,
/home/edill/anaconda/envs/skxray3/lib/python3.4/site-packages/skxray/core/fitting/models.py in <module>()
46 import logging
47
---> 48 from lmfit import Model
49 from .lineshapes import (elastic, compton, lorentzian2)
50 from .base.parameter_data import get_para
/home/edill/anaconda/envs/skxray3/lib/python3.4/site-packages/lmfit-0.8.1-py3.4.egg/lmfit/__init__.py in <module>()
47 from .uncertainties import ufloat, correlated_values
48
---> 49 from .ui import Fitter
50
51 ## versioneer code
/home/edill/anaconda/envs/skxray3/lib/python3.4/site-packages/lmfit-0.8.1-py3.4.egg/lmfit/ui/__init__.py in <module>()
36
37 if has_ipython:
---> 38 from .ipy_fitter import NotebookFitter
39 BaseFitter = BaseFitter
40 MPLFitter = MPLFitter
/home/edill/anaconda/envs/skxray3/lib/python3.4/site-packages/lmfit-0.8.1-py3.4.egg/lmfit/ui/ipy_fitter.py in <module>()
21 else:
22 # as of IPython 3.x:
---> 23 from IPython.html.widgets import Dropdown
24 from IPython.html.widgets import Button
25 from IPython.html.widgets import Box
/home/edill/anaconda/envs/skxray3/lib/python3.4/site-packages/IPython/html/widgets/__init__.py in <module>()
----> 1 from .widget import Widget, DOMWidget, CallbackDispatcher, register
2
3 from .trait_types import Color
4
5 from .widget_bool import Checkbox, ToggleButton
/home/edill/anaconda/envs/skxray3/lib/python3.4/site-packages/IPython/html/widgets/widget.py in <module>()
17
18 from IPython.core.getipython import get_ipython
---> 19 from IPython.kernel.comm import Comm
20 from IPython.config import LoggingConfigurable
21 from IPython.utils.importstring import import_item
/home/edill/anaconda/envs/skxray3/lib/python3.4/site-packages/IPython/kernel/__init__.py in <module>()
2
3 # just for friendlier zmq version check
----> 4 from . import zmq
5
6 from .connect import *
/home/edill/anaconda/envs/skxray3/lib/python3.4/site-packages/IPython/kernel/zmq/__init__.py in <module>()
6 from IPython.utils.zmqrelated import check_for_zmq
7
----> 8 check_for_zmq('13', 'IPython.kernel.zmq')
9
10 from .session import Session
/home/edill/anaconda/envs/skxray3/lib/python3.4/site-packages/IPython/utils/zmqrelated.py in check_for_zmq(minimum_version, required_by)
10 import zmq
11 except ImportError:
---> 12 raise ImportError("%s requires pyzmq >= %s"%(required_by, minimum_version))
13
14 pyzmq_version = zmq.__version__
ImportError: IPython.kernel.zmq requires pyzmq >= 13
In [6]: import
KeyboardInterrupt
In [6]: exit
co(skxray3)edill@xf28id1-ws2:~$ conda install pyzmq
Fetching package metadata: ....
Solving package specifications: .
Package plan for installation in environment /home/edill/anaconda/envs/skxray3:
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
zeromq-4.0.5 | 0 2.6 MB
pyzmq-14.7.0 | py34_0 770 KB
------------------------------------------------------------
Total: 3.4 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
libsodium: 0.4.5-0
pyzmq: 14.7.0-py34_0
zeromq: 4.0.5-0
Proceed ([y]/n)? y
Fetching packages ...
zeromq-4.0.5-0 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 9.08 MB/s
pyzmq-14.7.0-p 100% |#####################################################################################################################################| Time: 0:00:00 8.79 MB/s
Extracting packages ...
[ COMPLETE ] |#######################################################################################################################################################| 100%
Linking packages ...
[ COMPLETE ] |#######################################################################################################################################################| 100%
(skxray3)edill@xf28id1-ws2:~$ ipython
Python 3.4.3 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Jun 4 2015, 15:29:08)
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.
IPython 3.2.0 -- An enhanced Interactive Python.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
? -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help -> Python's own help system.
object? -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.
In [1]: from skxray import diffraction
:0: FutureWarning: IPython widgets are experimental and may change in the future.
In [2]: from skxray import
NullHandler absolute_import diffraction fluorescence logger print_function testing
_version core division io logging six tests
In [2]: from skxray import
NullHandler absolute_import diffraction fluorescence logger print_function testing
_version core division io logging six tests
In [2]: from skxray import fluorescence
In [3]: import skxray
In [4]: skxray.__version__
Out[4]: '0.0.4'
In [5]: import os
In [6]: os.uname()
Out[6]: posix.uname_result(sysname='Linux', nodename='xf28id1-ws2', release='3.2.0-4-amd64', version='#1 SMP Debian 3.2.60-1+deb7u3', machine='x86_64')
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