Módulo y programa para reemplazar puntuación por espacios.

programa.py

from reemplazar import borrarpuntuacion

entrada = raw_input(">>>")

print borrarpuntuacion(entrada)

reemplazar.py

def borrarpuntuacion(lin,signos = [".",",",";","(",")",'"']):
  largo = len(lin)
  for indice in range(largo):
    if lin[indice] in signos:
      lin= lin.replace(lin[indice],' ')
  return lin

Place both files in the same directory