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Clonar un repositorio git a un directorio que no está vacío
# Ingresa al directorio donde quieres clonar el repositorio; por ejemplo
cd /var/www/mi-proyecto
# Clona el repositorio en un nuevo directorio bajo el que deseas reutilizar, de modo que quede /var/www/mi-proyecto/repositorio-git
git clone git@github.com:felipelavinz/mi-proyecto.git repositorio-git
# Mueve los directorios (y archivos, si es necesario) ya existentes en el proyecto antiguo y que también existen en el repositorio.
# Si en el primer nivel de tu proyecto sólo tienes directorios y no muchos archivos sueltos es más fácil
# Por ej; en el primer nivel siempre tengo los directorios ddbb y htdocs (y otros si es necesario) para tener todo más ordenado
mv htdocs htdocs-backup && mv ddbb ddbb-backup
# Mueve los directorios del repositorio hacia el repositorio que vas a reutilizar:
mv repositorio-git/* .
# Recuerda mover los archivos ocultos, tales como la información del repositorio de git y los ignores:
mv repositorio-git/.gitignore repositorio-git/.git .
# El directorio donde clonaste el repositorio debiese estar vacío; compruébalo...
ls -lha repositorio-git
# ... y si es así puedes borrarlo:
rm -rf repositorio-git
# Copia los archivos que son parte del proyecto pero no están versionados, tales como archivos de configuración, uploads, etc:
cp htdocs-backup/wp-config.php htdocs/ && cp htdocs-backup/.htaccess htdocs/.htaccess && cp -r htdocs-backup/wp-content/uploads htdocs/wp-content
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