Clonar un repositorio git a un directorio que no está vacío

gistfile1.sh

# Ingresa al directorio donde quieres clonar el repositorio; por ejemplo 
cd /var/www/mi-proyecto

# Clona el repositorio en un nuevo directorio bajo el que deseas reutilizar, de modo que quede /var/www/mi-proyecto/repositorio-git
git clone git@github.com:felipelavinz/mi-proyecto.git repositorio-git

# Mueve los directorios (y archivos, si es necesario) ya existentes en el proyecto antiguo y que también existen en el repositorio. 
# Si en el primer nivel de tu proyecto sólo tienes directorios y no muchos archivos sueltos es más fácil
# Por ej; en el primer nivel siempre tengo los directorios ddbb y htdocs (y otros si es necesario) para tener todo más ordenado
mv htdocs htdocs-backup && mv ddbb ddbb-backup

# Mueve los directorios del repositorio hacia el repositorio que vas a reutilizar: 
mv repositorio-git/* .

# Recuerda mover los archivos ocultos, tales como la información del repositorio de git y los ignores: 
mv repositorio-git/.gitignore repositorio-git/.git .

# El directorio donde clonaste el repositorio debiese estar vacío; compruébalo...
ls -lha repositorio-git 

# ... y si es así puedes borrarlo: 
rm -rf repositorio-git

# Copia los archivos que son parte del proyecto pero no están versionados, tales como archivos de configuración, uploads, etc: 
cp htdocs-backup/wp-config.php htdocs/ && cp htdocs-backup/.htaccess htdocs/.htaccess && cp -r htdocs-backup/wp-content/uploads htdocs/wp-content