Com essa função é possível programaticamente baixar todos os dados que se queira do datasus apenas alterando os parâmetros de uma função.

gistfile1.txt

hack_datasus <- function(sistema, modalidade, tipo_arquivo, ano, UF, mes){
  
  #Função gera dataframe a partir de ftp feita na página do datasus
  
  #sistema ex:'SIHSUS' Verificar os sistemas disponíveis em http://www2.datasus.gov.br/DATASUS/index.php?area=0901&item=1
  #modalidade  'dados'
  #tipo_arquivo ex: 'RD'#Varia conforme o sistema
  #ano ex: 17 Dois últimos dígitos do ano 
  #UF ex:'AL' Sigla de UF Brasileira
  #mes ex:'12' strings entre 01 e 12
  
  
  dest_file<- paste0(tipo_arquivo,UF,ano,mes,".dbc")
  str_download <- paste0("ftp://ftp.datasus.gov.br/dissemin/publicos/",sistema,"/","200801","_/",modalidade,"/",tipo_arquivo,UF,ano,mes,".dbc")
  download.file(str_download,destfile = dest_file, mode='wb')
  library(read.dbc)
  datasus<- read.dbc(dest_file)
  
  
}

sistema <- 'SIASUS' #Verificar os sistemas disponíveis em http://www2.datasus.gov.br/DATASUS/index.php?area=0901&item=1
modalidade <- 'dados'
tipo_arquivo<- 'ACF'#Varia conforme o sistema
ano <- 18 #Dois últimos dígitos do ano 
UF <- 'SP' #Siglas das UFs Brasileiras
mes<- '01' #strings entre 01 e 12


#Carrega em df_datasus os dados relativos à base de dados montada a partir dos parãmetros
df_datasus<- hack_datasus(sistema, modalidade, tipo_arquivo, ano, UF, mes)