app.js

// Dependências
const express = require('express');
const models = require('./models.js');
const routes = require('./routes.js');

// Iniciar o express
const app = express();

// Iniciar a BD
models.openDB();

// Rotas
routes(app);

app.listen(3000, function(){
  console.log('Server no ar');
});

controllerX.js

module.exports = function(req, res){
  res.json({
     message: "Okapa"
  });
}

controllerY.js

module.exports = function(req, res){
  res.json({
     message: "Okapa"
  });
}

models.js

module.exports.openDB = function(){
  // Código da conexão com a base de dados
}

routes.js

const ctrlX = require('./controllerX.js');
const ctrlY = require('./controllerY.js');

module.exports = function(app){
  
  app.get('/x', ctrlX);
  app.get('/x', ctrlY);
  
}