array

Array
(
    [Agencia] => Array
        (
            [joins] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [table] => cidades
                            [alias] => Cidade
                            [type] => left
                            [conditions] => Array
                                (
                                    [Cidade.id] => AgenciaConfig.cidade_id
                                    [Cidade.status] => 1
                                )

                        )

                    [1] => Array
                        (
                            [table] => estados
                            [alias] => Estado
                            [type] => left
                            [conditions] => Array
                                (
                                    [Estado.id] => Cidade.estado_id
                                    [Estado.sigla] => SP
                                )

                        )

                )

            [conditions] => Array
                (
                    [Agencia.status] => 1
                )

        )

)

controller

<?php

// ...

$joins = array();
$condtAg = array('Agencia.status' => 1);

if (!empty($this->request->data['Agency'])) :
	$reqAg = $this->request->data['Agency'];

	if (!empty($reqAg['state'])) {
		$joins = array(
			array(
				'table' => 'cidades',
				'alias' => 'Cidade',
				'type' => 'left',
				'conditions' => array(
					'Cidade.id' => 'AgenciaConfig.cidade_id',
					'Cidade.status' => 1
				)
			),
			array(
				'table' => 'estados',
				'alias' => 'Estado',
				'type' => 'left',
				'conditions' => array(
					'Estado.id' => 'Cidade.estado_id',
					'Estado.sigla' => $reqAg['state']
				)

			)
		);
	}

	if (!empty($reqAg['typeAgency'])) {
		$condtAg .= "AgenciaTipo.id = {$reqAg['typeAgency']}";
	}
endif;


$this->paginate = array(
	'Agencia' => array(
		'joins' => $joins,
		'conditions' => $condtAg
	)
);
pr($this->paginate);
$agencies = $this->paginate('Agencia');

sql

SELECT * FROM agencias ag
INNER JOIN agencia_configs agc ON(agc.agencia_id = ag.id)

INNER JOIN cidades cd ON(cd.id = agc.cidade_id)
INNER JOIN estados est ON(est.id = cd.estado_id AND est.sigla = 'SP')

WHERE ag.status = 1;