Problema 1 del folleto "A The first look at the Code of Life" de Cleopatra Kozlowski http://emblog.embl.de/ells/teachingbase/code-of-life-2/. Se trata de encontrar secuencias de péptidos en una secuencia de ADN dada, para ello este pequeño programa genera una expresión regular basada en la secuencia de aminoácidos para encontrar la posición en l…

Gene_finding_game.py

# coding: utf-8

import re
def secuencia_degenerada(sequencia):
    seq = []
    aa_degenerados = { 
                        'A': ['GC.'],
                        'C': ['TG[CT]'],
                        'D': ['GA[CT]'],
                        'E': ['GA[AG]'],
                        'F': ['TT[CT]'],
                        'G': ['GG.'],
                        'H': ['CA[CT]'],
                        'I': ['AT[CAT]'],
                        'K': ['AA[AG]'],
                        'L': ['[CT]T.'],
                        'M': ['ATG'],
                        'N': ['AA[CT]'],
                        'P': ['CC.'],
                        'Q': ['CA[AG]'],
                        'R': ['[AC]G.'],
                        'S': ['[AT][CG].'],
                        'T': ['AC.'],
                        'V': ['GT.'],
                        'W': ['TGG'],
                        'Y': ['TA[CT]'],
                        '*': ['T[AG][AG]']
    }

    for i in range(len(sequencia)):
      seq.append(aa_degenerados[sequencia[i]])
    regexp = ''.join(str(e) for e in seq)
    return regexp.replace("['", "").replace("']", "")

def encuentra_motivo(regexp, DNA_sequence):
    return re.search(regexp, DNA_sequence).group()

def main():
    DNA_sequence = "TGGTCCTGCAGTCCTCTCCTGGCGCCCCGGGGGCGAGCGGATGTCGATTCTCGTGGAAAGATAGTCCCGCTGCCTGCGGGCGGAGGGACCGTGCTGACCAAGATGTACCCGCGCGGCAACCACTGGGCGGTGGGGCACTTAATGGGGAAAAAGAGCACAGGGGAGTCTTCTTCTGTATGTTCTGAGAGAGGGAGCCTGAAGCAGCAGCTGAGAGATGTGTCGAACGTGAAGTACATCAGGTGGGAAGAAGCTGCAAGGAATTTGCTGGGTCTCATAGAAGCTAAAGGAGAACAGAAACCACCAGCCACCTCAACCCAAGATGTCGATTCTACTTTATTAAGCCCTGGGCAATCAGCAGCCTTCGTGGGATATGTCAGAGGATAGCAGCCAACTGAATAGC"
    #Met Ser Ile Leu Val Glu Arg Stop
    peptido_1 = "MSILVER*"
    #Met Cys Arg Thr Stop
    peptido_2 = "MCRT*"
    #Met Ser Ile Leu Leu Tyr Stop
    peptido_3 = "MSILLY*"
    peptidos = [peptido_1, peptido_2, peptido_3]
    for peptido in peptidos:
        regexp = secuencia_degenerada(peptido)
        match = encuentra_motivo(regexp, DNA_sequence)
        print(peptido + "\n" + str(DNA_sequence.find(match) + 1 ) + " " + match + " " + str((DNA_sequence.find(match) + len(match))) + "\n")

if __name__ == '__main__':
    main()

Output

MSILVER*
41 ATGTCGATTCTCGTGGAAAGATAG 64

MCRT*
215 ATGTGTCGAACGTGA 229

MSILLY*
320 ATGTCGATTCTACTTTATTAA 340