Script to install FreeSurfer for Windows with WSL

install_freesurfer.sh

#!/bin/bash
########################################################################################
########################## INSTALL FREESURFER FOR WSL UBUNTU ##########################
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# Guilherme Bauer Negrini (2021)
# Base source: https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FS7_wsl_ubuntu
# Tested on: Ubuntu 18.04.

# REQUIREMENTS
# 1. License file. See: https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html
# 2. WSL2. See: https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install-win10
# 3. X-server (required for GUI). Some options below:
# - GWSL -> Super easy, available at Microsoft Store. See: https://opticos.github.io/gwsl/
# - Xming -> Used in the offical documentation of Free Surfer. See: https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FSL_wsl_xming

########################################################################################
# Help

Help()
{
	echo "########################################################################################"
   	echo "########################## INSTALL FREESURFER FOR WSL UBUNTU ##########################"
	echo "########################################################################################"
   # Display Help
	echo "REQUIREMENTS"
	echo "1. License file"
	echo "2. X-server"
	echo "3. WSL2"
	echo "--------------------------------------------------------------"
	echo "Syntax: ./install_freesurfer.sh <license_filepath> [-h]"
	echo
	echo "args:"
	echo "license_filepath: Full system path to license.txt"
	echo "                  default: license.txt in the same folder"
	echo
	echo "options:"
	echo "-h     Print this Help."
	echo
}

# Get the options
while getopts ":h" option; do
   case $option in
      h)
         Help
         exit;;
     \?)
         echo "Error: Invalid option"
         exit;;
   esac
done

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#################################### MAIN SCRIPT #######################################
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# Download and install Free Surfer
wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.1.1/freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.1.1.tar.gz
sudo tar -C /usr/local -zxvpf freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.1.1.tar.gz

# Setup X-graphics for GUI
echo "export XDG_RUNTIME_DIR=$HOME/.xdg" >> $HOME/.bashrc
grep nameserver /etc/resolv.conf > ip.txt
awk '{print "export DISPLAY="$2":0"}' ip.txt >> $HOME/.bashrc
rm ip.txt
echo "export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer" >> $HOME/.bashrc
echo "export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects" >> $HOME/.bashrc

# Setup license file
if [ $# -eq 0 ]
  then
	  license="$(pwd)/license.txt"
else
	license=$1
fi

echo "export FS_LICENSE=$license" >> $HOME/.bashrc
echo "source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh" >> $HOME/.bashrc

exit