В PhpStorm выбрать кодстиль PSR: Settings → Editor → Code Style → PHP → Set from... → Predefinded Style → PSR1/PSR2
Настроить в PhpStorm правильные переносы файлов: Settings → Editor → Code Style → Line Separator (for new files): Unix and OS X (\n)
В существующих файлах справа внизу в PhpStorm везде должен быть LF (там может быть еще CRLF или CR).
В настройках Directories у каждого проекта .idea, web/assets и runtime ставить Excluded Если фреймворк находится в другом месте, то добавить папку yii/framework и отметить Resource Root
Убираем лишние директории из шторм и репозитория В репозитории не должно быть ничего лишнего. Если что-то не используется, то это надо обязательно удалять! Папки .idea, vendor, runtime, web/assets так же следует исключать из репозитория с помощью .gitignore Настройка шторма: открыть конфиги выбрать Directories, выбрать папки .idea, web/assets, runtime и нажать exluded, так же добавить эти папки в файл .gitignore