Script to count aminoacids from a protein sequence

getAAsecs.sh

#! /bin/bash
##Este script cuenta el número de aminoácidos que contiene una serie de proteínas definidas por el usuario
##This script counts aminoacids from a series of proteins defined by the user
#Requiere de un archivo de entrada "input.txt" que contenga las claves NCBI separados por espacios (p.ej. AAA84121.1 BAA83246.1)
#It requires an input file "input.txt" containing NCBI keys saparated by spaces for the desired proteins (e.g. AAA84121.1 BAA83246.1)
#Genera un directorio de trabajo
#Generates a working directory
mkdir Amino
#Baja las secuencias en formato fasta y genera archivos intermedios que contienen sólo la secuencia de aminoácidos
#Downloads sequences in fasta format then it generates intermediate files containing only aminoacid sequences
for i in `cat input.txt`;
do curl -s "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&rettype=fasta&id=$i"|grep -v " * "|tr -d '[:space:]' > Amino/$i.fasta;
done
#Cuenta los caracteres dentro de los archivos intermedios y genera el archivo final
#Counts the characters from intermediate files and generates the final file
wc -m Amino/*fasta > Amino/conteo.txt
#Fin del script
#End of script