PatchEditor.java

import java.util.List;

public class PatchEditor {

    /**
     * @param diffHeader diff全体のヘッダー
     * @param hunkHeader hunkのヘッダー
     * @param hunkLines  hunkのボディ
     * @param range      選択範囲
     * @param unstage    unstageかどうか
     * @return 選択範囲を反映したパッチ文字列
     */
    static String edit(final String diffHeader,
                       final String hunkHeader,
                       final List<String> hunkLines,
                       final Range range,
                       final boolean unstage) {
        // @@ -2,7 +2,7 @@
        // @@ -1 +1,2 @@
        final String hunkStart = hunkHeader.split(" ")[1].split(",")[0].split("-")[1];
        final int offset = Integer.parseInt(hunkStart);

        final PreContextBuffer pre_context = new PreContextBuffer();

        int before = 0;
        int after = 0;
        final StringBuilder patch = new StringBuilder();
        // （選択範囲外にある）applyしないためcontext lineとして扱う行のprefix
        final String to_context = unstage ? "+" : "-";

        for (int i = 0; i < hunkLines.size(); i++) {

            final String line = hunkLines.get(i);

            // 選択範囲内の、プラスまたはマイナスで始まる行
            if (range.contains(i) && (line.startsWith("-") || line.startsWith("+"))) {
                // a line to stage/unstage
                if (line.startsWith("-")) {
                    before++;
                    patch.append(pre_context.flush());
                    patch.append(line);
                    patch.append("\n");
                } else {
                    after++;
                    patch.append(line);
                    patch.append("\n");
                }
            }
            // 選択範囲かどうかに関係なく、プラスまたはマイナスで始まらない行
            else if (!line.startsWith("-") && !line.startsWith("+")) {
                // context line
                patch.append(pre_context.flush());
                patch.append(line);
                patch.append("\n");

                // Skip the "\ No newline at end of
                // file". Depending on the locale setting
                // we don't know what this line looks
                // like exactly. The only thing we do
                // know is that it starts with "\ "
                if (!line.startsWith("\\ ")) {
                    // No newline at end of fileの行以外
                    before++;
                    after++;
                }
            }
            // 選択範囲外の、プラスまたはマイナスで始まる行のうち
            // apply先（※）には存在しているため、context lineとして扱うもの
            // ※stageではindex、unstageではワークスペース
            else if (line.startsWith(to_context)) {
                // turn change line into context line
                final String contextLine = " " + line.substring(1); // 2文字目以降
                if (line.startsWith("-")) {
                    pre_context.appendLine(contextLine);
                } else {
                    patch.append(contextLine);
                    patch.append("\n");
                }
                before++;
                after++;
            }
            // 選択範囲外の、プラスまたはマイナスで始まる行のうち
            // apply先には存在しないため行を削除するもの
            else {
                // a change in the opposite direction of
                // to_context which is outside the range of
                // lines to apply.
                patch.append(pre_context.flush());
            }
        }
        patch.append(pre_context.flush());
        final String newHunkHeader = String.format("@@ -%d,%d +%d,%d @@\n", offset, before, offset, after);
        final String wholePatch = newHunkHeader + patch.toString();
        return diffHeader + wholePatch;
    }
}

PreContextBuffer.java

import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.stream.Collector;
import java.util.stream.Collectors;

class PreContextBuffer {

    static final Collector<CharSequence, ?, String> WITH_LINE_BREAK = Collectors.joining(
            "\n",
            "",
            "\n");

    private final List<String> lines = new ArrayList<>();

    void appendLine(String line) {
        lines.add(line);
    }

    String flush() {
        if (lines.isEmpty()) {
            return "";
        } else {
            final String collect = lines.stream().collect(WITH_LINE_BREAK);
            lines.clear();
            return collect;
        }
    }
}

Range.java

class Range {

    final int begin;
    final int end; // 含む

    Range(int begin, int end) {
        this.begin = begin;
        this.end = end;
    }

    boolean exists() {
        return 0 <= begin && 0 <= end && 0 <= end - begin;
    }

    boolean contains(int target) {
        return exists() && begin <= target && target <= end;
    }

    @Override
    public String toString() {
        return begin + " , " + end;
    }
}

git-guiのapply_range_or_lineのjavaへの改変移植です。
apply_range_or_lineとの違いは以下です。

• 複数のhunkを扱わず、1つのhunkのみ扱う
• コマンドは作成せず、パッチのみ作成