Se entendi corretamente, o problema é o seguinte: Um determinado contribuidor pode, no momento da elaboração do documento, estar afiliado a uma ou mais instituições, e todas devem ser devidamente identificadas com um determinado nível de detalhe. Além disso, o crédito (estou chamando de crédito a frase formatada em que aparece a afiliação no PDF ou versão impressa) deve ser preservado e vinculado com o contribuidor.
#1 - Usar aff-alternatives (logo eu percebi que é uma má idéia.. pois alternativas devem ser equivalentes, e não é o caso):
<contrib-group>
<contrib contrib-type="author">
<name>
<surname>Soares</surname>
<given-names>Ana Cristina Fontenele</given-names>
</name>