ctypes的使用测试

ctypes-hw.py

"""
7万个SNP的hw平横检验MAF的过滤

纯 python ver：
pypy 约 20s
python 约 25s

用 ctypes 调用 c ver:
pypy 约 18s
python 约 12s <- 比pypy还要好 

pypy ver : 2.0.2
python ver : 2.7
"""



from ctypes import *
dll_path = "./nande/hw.so"
hw = CDLL(dll_path)
hw.hw.restype = c_double
hw.hw.argtypes = [c_int] * 3

def __cal_hw(self):
    """
    计算Hardy-Wenberg平衡p值
    """
    [aa, ab, bb] = self.geno_count[:-1]
    return hw.hw(aa, ab, bb)