Sphinx LaTeX modify stylefile.

sphinx-jsbook-mod.sty

% sphinx-jsbook-mod.sty
%
% by hidaruma <hidaruma@outlook.jp> 
%
% Please load after sphinx.sty. Cause this sty using some macros in sphinx.sty

\NeedsTeXFormat{LaTeX2e}[1995/12/01]
\ProvidesPackage{sphinx-jsbook-mod}[2019/07/05 v0.0.1  LaTeX package (Sphinx markup)]


% In 2019, jsbook has defined \plainifnotempty.
% This command is used in \chapter command,
% and it overwrites chapter page from  sphinx manual pagestyle.
% Following codes overwrite \plainifnotempty.

\@ifpackageloaded{fancyhdr}{%
  \ltx@ifundefined{c@chapter}{%
  }{%
    \fancypagestyle{chapterfoot}{%
      \fancyhf{}%
      \fancyfoot[LE,RO]{{\py@HeaderFamily\thepage}}%
      \fancyfoot[LO]{{\py@HeaderFamily\nouppercase{\rightmark}}}%
      \fancyfoot[RE]{{\py@HeaderFamily\nouppercase{\leftmark}}}%
      \renewcommand\headrulewidth{0pt}%
    }
  }
}%


\ifdefined\plainifnotempty %
\@ifpackageloaded{fancyhdr}{%
  \renewcommand{\plainifnotempty}{%
    \ltx@ifundefined{c@chapter}{%    
    }{%
    \ifx \@oddhead \@empty%
      \ifx \@oddfoot \@empty%
      \else%
           \thispagestyle{chapterfoot}%
      \fi%
    \else%
      \thispagestyle{chapterfoot}%
    \fi}%
   }%
 }%
\fi%

スタイルファイル名はjsbookでしか検証していないため暫定。多分日本語（jsclasses）環境でしか起きないしPR出すかは判断がつかない。
Sphinxでjsbookをロードしたクラスファイルを使ったとき、章題ページのページ番号位置が微妙だったので他のページによせる処理をします。

コピーして、conf.pyの
latex_additional_files でビルド時コピーできる場所に置いて設定し、

latex_elements = { 'preamble': '''
\\usepackage{sphinx-jsbook-mod}
'''}

としましょう。