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from math import sqrt


class Point:
    def __init__(self,x_init,y_init):
        self.x = x_init
        self.y = y_init

    def shift(self, x, y):
        self.x += x

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SciPyで任意の関数にカーブフィッティング

レーベンバーグ・マーカート法による非線形最小二乗法でのフィッティングをscipy.optimize.curve_fitで行うことができる。

以下は、シグモイド関数にフィッティングする例。

import numpy as np
from scipy.optimize import curve_fit
import matplotlib.pyplot as plt

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FFmpegで動画から一定時間間隔のスナップショットを取得する

FFmpegは動画の変換や静止画との変換などが行えるコマンドラインツール。様々なフォーマットに対応しているので便利。

インストール

• ここからバイナリをダウンロードして適当なフォルダに置き、パスを通す。
• あるいはMacPortsやHomeBrewを使っているならば、sudo port install ffmpegやbrew install ffmpegでも良い。

私自身は、バイナリをダウンロードして使用している。

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色々意見はあると思われるが、現状以下の組み合わせが良さそう（更新： 2019/5/30）。

• 環境：
  • Macの場合は、Homebrew → Pyenv → Anacondaという順でインストールするのが良い。（http://qiita.com/oct_itmt/items/2d066801a7464a676994）
• IDE/Editor： Visual Studio Codeが設定がほとんど不要，動作が軽く，機能も充実して良い。
• ライブラリ：
  • 表データ読み込み・操作： Pandas
  • 数値計算・画像処理： Numpy, SciPy
  • プロット： Matplotlib, Seaborn
• データ処理ジョブの依存性管理： Luigi

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参考文献

• [1] https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acsami.7b03124
• [2] https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0956566318305153?via%3Dihub

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Google sheetsのデータは、URLで共有（限定公開）することでローカルのスクリプトから読み込むことができる。その際、https://docs.google.com/spreadsheets/d/#{sheet_id}/export?format=csv&gid=#{page_id}というURLでアクセスすることで、CSV形式で読み込める。{sheet_id} はワークシートのID、{page_id}はページのIDで、シートを開いた時のURLに表示されているものと同じ。

Rubyでの読み込み

SSLで読み込むために、

require 'openssl'
OpenSSL::SSL::VERIFY_PEER = OpenSSL::SSL::VERIFY_NONE

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# -*- coding: utf-8 -*-

import csv
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import math
import os
import operator

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# tools_fiji.py

from ij import ImagePlus, ImageStack, IJ

print('tools_fiji.py loaded.')


# Image load/save

# Open a list of files.

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# Example of Fiji script for calculating a radial profile.

from ij import IJ
from ij.process import ImageStatistics as IS
from ij.gui import Roi, OvalRoi
import csv


# Get mean pixel intensity in a specified donut-shaped area
def get_mean_in_donut(imp, cx, cy, min_r, max_r):

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from ij import IJ
from ij.process import ImageStatistics as IS
import os
 
options = IS.MEAN | IS.MEDIAN | IS.MIN_MAX | IS.AREA
 
 
def getStatistics(imp):
    """ Return statistics for the given ImagePlus """
    global options