Sugerencias para la respuesta en https://es.stackoverflow.com/questions/106206/ejecutar-archivo-python-desde-un-archivo-php/106221#106221

proggie.py

#!/usr/bin/env python
# −*− coding: UTF−8 −*−
# Las dos lineas anteriores se aseguran #1 de localizar el
# interpretador para poder usar el script directamente
# y #2 de definir la codificacion de la fuente. Solo es
# buena educacion, =)

#import sys              # con argparse y la linea shebang! (#!) ya no lo ocupas
import argparse          # modulo utilisimo para lineas de comando
import RPi.GPIO as GPIO

def principal():
    ''' Secuencia principal a ejecutar cuando se llama desde
        la linea de comando en shell '''

    GPIO.setmode(GPIO.BOARD)

    GPIO.setup(11, GPIO.OUT)
    GPIO.setup(12, GPIO.OUT)

    pwm = GPIO.PWM(12, 100) # (1): pwm asignado pero nunca usado
    pwm2 = GPIO.PWM(11, 100)

    pwm.start(0)            # (1): Tal vez hacia falta esto?
    pwm2.start(0)

    #  vel = float(sys.argv[1])  # (6): Esto ya no es necesario,
    #  p1 = int(sys.argv[2])     # puedes hacer referencia al objeto
    #  p2 = int(sys.argv[3])     # args (linea 59) donde las propiedades
    #  p3 = int(sys.argv[4])     # corresponden a tus variables. argparse
                                 # ya se encargo de que sean del tipo correcto

    if args.verbose:
        print(args.vel)
        print(args.p1)
        print(args.p2)
        print(args.p3)

    while args.p3 != 2:
        if args.p1 == 1:                   # (2): Faltaba indentar tu bloque if para
            pwm.ChangeDutyCycle(args.vel)  # incluirlo en el bucle while
            pwm2.ChangeDutyCycle(0)
        elif args.p2 == 1:                 # (3): Revisa tu logica. la condicion
            pwm.ChangeDutyCycle(0)         # elif esta en una variable distinta al
            pwm2.ChangeDutyCycle(args.vel) # if original! seguro que asi debe ser?
    # (4): Este bucle if es infinito, el valor de p3 nunca cambiara!

    pwm.stop()
    GPIO.cleanup()
    print("fin")

if __name__ == '__main__':  # (5) Recurso idiomatico en python: de esta manera
                            # te aseguras que el programa se pueda ejecutar desde
                            # el shell, o que igual se pueda incluir como modulo
                            # en otro porgrama mas grande, mandando llamar al
                            # metodo principal()

    parser = argparse.ArgumentParser(description='Mi programa para controlar motores \
                                    con la Raspberry PI')
    parser.add_argument('vel', type=float, help='velocidad (punto flotante)')
    parser.add_argument('p1', type=int, help='velocidad (punto flotante)')
    parser.add_argument('p2', type=int, help='velocidad (punto flotante)')
    parser.add_argument('p3', type=int, help='velocidad (punto flotante)')
    parser.add_argument('-v', '--verbose', dest='verbose', action='store_true',
                        help='genera salida explicita (opcional)')

    args = parser.parse_args()

    principal()