Stan で increment_log_prob() ref: http://qiita.com/hoxo_m/items/56a63faf29e1af4db27d

file0.txt

model{
  for(i in 1:N)
    y[i] ~ normal(alpha + beta * x[i], s);
  s ~ inv_gamma(0.001, 0.001);
}

file1.txt

model{
  for(i in 1:N)
    increment_log_prob(-0.5 * log(2 * pi() * s^2) -0.5 * ((y[i] - (alpha + beta * x[i])))^2/s^2);
  s ~ inv_gamma(0.001, 0.001);
}

file4.txt

model{
  for(i in 1:N)
    increment_log_prob(-0.5 * log(s^2) -0.5 * ((y[i] - (alpha + beta * x[i])))^2/s^2);
  s ~ inv_gamma(0.001, 0.001);
}

モデル式バージョンの結果

          mean se_mean   sd     2.5%      25%      50%      75%    97.5% n_eff Rhat
alpha     8.69    0.06 1.18     6.27     7.90     8.72     9.43    10.99   371 1.00
beta      0.83    0.00 0.02     0.78     0.81     0.83     0.84     0.88   373 1.00
s         7.01    0.01 0.17     6.66     6.91     7.01     7.12     7.33   478 1.01
lp__  -2449.55    0.07 1.34 -2453.09 -2450.15 -2449.17 -2448.58 -2448.10   362 1.03

定数項を除いた対数尤度関数バージョンの結果

          mean se_mean   sd     2.5%      25%      50%      75%    97.5% n_eff Rhat
alpha     8.83    0.05 1.11     6.66     8.09     8.86     9.56    10.93   413 1.01
beta      0.83    0.00 0.02     0.78     0.81     0.82     0.84     0.87   409 1.01
s         7.02    0.01 0.16     6.73     6.91     7.02     7.13     7.35   597 1.00
lp__  -2449.44    0.05 1.13 -2452.24 -2450.02 -2449.18 -2448.59 -2448.09   545 1.01

対数尤度関数バージョンの結果

          mean se_mean   sd     2.5%      25%      50%      75%    97.5% n_eff Rhat
alpha     8.77    0.05 1.18     6.40     7.97     8.76     9.61    11.08   480 1.00
beta      0.83    0.00 0.02     0.78     0.81     0.83     0.84     0.87   477 1.01
s         7.02    0.01 0.15     6.71     6.92     7.01     7.12     7.31   593 1.01
lp__  -3368.42    0.05 1.17 -3371.37 -3369.02 -3368.13 -3367.55 -3367.04   527 1.00